| 研究課題/領域番号 |
24K10425
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| 研究種目 |
基盤研究(C)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 審査区分 |
小区分50020:腫瘍診断および治療学関連
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| 研究機関 | 九州大学 |
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研究代表者 |
藤原 謙次 九州大学, 医学研究院, 共同研究員 (10727184)
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| 研究分担者 |
進藤 幸治 九州大学, 大学病院, 講師 (00788432)
堀岡 宏平 九州大学, 大学病院, 助教 (10783699)
水内 祐介 九州大学, 大学病院, 助教 (20849088)
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| 研究期間 (年度) |
2024-04-01 – 2025-03-31
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| 研究課題ステータス |
中断 (2024年度)
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| 配分額 *注記 |
4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円)
2026年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2025年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2024年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
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| キーワード | Mass Spectrometry / 膵臓癌 / リガンドーム / HLA / 膵癌 / 膵癌HLAリガンドーム / Direct identification / De novo searching |
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| 研究開始時の研究の概要 |
オプジーボの登場以降、躍進著しい免疫治療だが膵癌はその恩恵を受けていない。しかし、併用療法によってその改善の可能性があり、免疫機構の更なる解明が必要とされる。免疫治療において、Database searchを使用したDirect identificationによりHLAに提示された抗原ペプチドの直接同定に膵癌でも成功した。本研究ではマウス膵癌組織、ヒトオルガノイド、ヒト手術検体を使用することで、膵癌MHC（HLA）リガンドームの解明を目指す。
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| 研究実績の概要 |
本研究の目的は、Mass Spectrometryを使用したDirect identificationによるペプチドの網羅的解析技術を使用し、膵癌自然発生モデル、膵癌オルガノイド、ヒト膵癌組織研究に関するこれまでの研究成果に、MHC（もしくはHLA）に提示された抗原ペプチドの解析結果を加え、腫瘍特異的抗原のMHCにおける提示の経時的変化を検証することで、膵癌免疫機構MHC（HLA）リガンドームの解明を目指すことである。
本研究では、がん組織のサンプル入手、タンパク抽出、HLA関連ペプチドの採取、Mass Spectrometry解析、そしてデータ解析の手技確立が必須となる。膵癌のサンプル採取はすでに研究室内で継続して行われており、組織の破砕、RNA/DNA採取、オルガノイド作成に関して憂慮点はなかったが、最も優先すべきはMass Spectrometryで抽出されたデータの解析であった。研究室内では申請者以外に行えるものがいないため、まずPCのセットアップ、ついで複数の解析ソフトの比較を行い、コントロールのソフトとしてMaxQuantの使用を決定した。UniProtよりHomo Sapiensのタンパク塩基配列のデータを入手した。テスト解析データはPRIDEより入手し、解析を開始したが、データが抽出されず複数回施行を余儀なくされた。セッティング変更にてpeptidesデータを入手でき、申請者のJohns Hopkins UniversityからのPublishedデータとの比較を行い、複数の重複するPeptidesを同定した。また、複数の癌細胞株のデータを入手し解析を進めている。
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