粗視化分子動力学法による大規模分子運動シミュレーションのためのフレームワーク構築

• 研究課題/領域番号: 24K15177
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 基金
• 応募区分: 一般
• 審査区分: 小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
• 研究機関: 広島大学
• 研究代表者: 藤井 雅史 広島大学, 統合生命科学研究科(理), 助教 (30725750)
• 研究期間 (年度): 2024-04-01 – 2029-03-31
• 研究課題ステータス: 交付 (2024年度)
• 配分額: 4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円); 2028年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円); 2027年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円); 2026年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円); 2025年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円); 2024年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
• キーワード: 粗視化分子動力学法 / 生化学反応 / シミュレーション / 分子運動・動態

研究開始時の研究の概要

本研究は、生体分子の粗視化モデル構築手法のフレームワークを開発する。アミノ酸ごとの粒子モデルを構築し、定量データと整合性のあるモデルを導く。振動解析と最適化手法を組み合わせて、定量的なモデルを獲得する。さらに、複数分子からなる生化学反応の分子動力学シミュレーションを行い、細胞内環境下での反応素過程を詳細に解明する。このアプローチは、粗視化モデルの定量性を向上させ、独自のデータ駆動的手法によって整合性を高める。生命科学分野において、細胞内の動態をより詳細に理解するための重要な一歩となりうる。