| 研究課題/領域番号 |
25240044
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| 研究種目 |
基盤研究(A)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 研究分野 |
生命・健康・医療情報学
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| 研究機関 | 東京大学 |
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研究代表者 |
浅井 潔 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (30356357)
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| 研究分担者 |
浜田 道昭 早稲田大学, 理工学術院, 准教授 (00596538)
亀田 倫史 国立研究開発法人産業技術総合研究所, 創薬基盤研究部門, 主任研究員 (40415774)
石黒 亮 法政大学, 付置研究所, 研究員 (70373264)
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| 連携研究者 |
由良 敬 お茶の水女子大学, 人間文化創成科学研究科, 教授 (50252226)
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| 研究期間 (年度) |
2013-04-01 – 2016-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2016年度)
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| 配分額 *注記 |
47,710千円 (直接経費: 36,700千円、間接経費: 11,010千円)
2015年度: 14,300千円 (直接経費: 11,000千円、間接経費: 3,300千円)
2014年度: 15,210千円 (直接経費: 11,700千円、間接経費: 3,510千円)
2013年度: 18,200千円 (直接経費: 14,000千円、間接経費: 4,200千円)
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| キーワード | RNA２次構造 / RNA-タンパク質相互作用 / ドッキング計算 / RNAタンパク質相互作用 / RNA・タンパク質相互作用 / RNA立体構造 / RNA2次構造 |
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| 研究成果の概要 |
RNAとタンパク質の相互作用の有無及び複合体構造予測を行うことを目指した。PDBのRNA-タンパク質複合体の情報解析から、２次構造で塩基対を形成せずアミノ酸と水素結合を形成する塩基は、２次構造での塩基対形成もアミノ酸との水素結合もない塩基に比べて，低い塩基対確率を持つことがわかった。RNA２次構造を多面的に解析するため、参照構造からの２次構造のハミング距離毎の構造全ての確率の合計の分布を高速に計算する方法を開発した。RNAとタンパク質の物理化学的性質を考慮した力場を導入したRNA－タンパク質複合体のドッキング手法を開発し、既存の方法よりも大幅に性能が改善することを明らかとなり、論文発表した。
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