| 研究課題/領域番号 |
25250028
|
|---|
| 研究種目 |
基盤研究(A)
|
| 配分区分 | 補助金 |
|---|
| 応募区分 | 一般 |
|---|
| 研究分野 |
システムゲノム科学
|
|---|
| 研究機関 | 奈良先端科学技術大学院大学 |
|---|
研究代表者 |
森 浩禎 奈良先端科学技術大学院大学, バイオサイエンス研究科, 教授 (90182203)
|
|---|
| 研究分担者 |
山田 守 山口大学, 医学(系)研究科, 教授 (30174741)
松野 浩嗣 山口大学, 理工学研究科, 教授 (10181744)
田村 武幸 京都大学, 化学研究所, 助教 (00437261)
遠里 由香理 (遠里 由佳子) 理化学研究所, 生命システム研究センター, 研究員 (80346171)
牧 泰史 大阪医科, 大学物理学教室, 講師 (60401733)
中東 憲治 慶應義塾大学, 先端生命研, 准教授 (70322740)
斉藤 菜摘 (大橋 菜摘 / 斎藤菜摘) 鶴岡高専天, 准教授 (50287546)
片岡 正和 信州大学, 工学部, 准教授 (90332676)
|
|---|
| 連携研究者 |
高坂 智之 山口大学, 農学部, 助教 (70500453)
|
|---|
| 研究期間 (年度) |
2013-04-01 – 2016-03-31
|
| 研究課題ステータス |
完了 (2015年度)
|
| 配分額 *注記 |
46,410千円 (直接経費: 35,700千円、間接経費: 10,710千円)
2015年度: 13,650千円 (直接経費: 10,500千円、間接経費: 3,150千円)
2014年度: 14,430千円 (直接経費: 11,100千円、間接経費: 3,330千円)
2013年度: 18,330千円 (直接経費: 14,100千円、間接経費: 4,230千円)
|
|---|
| キーワード | E. coli / bar-code / deletion collection / population dynamics / chemical genomics / stationary phase / deep sequencing / バーコード解析 / 大腸菌population変動解析 / 長期定常期 / ケミカルバイオロジー / 大腸菌 / 分子バーコード / 一遺伝子欠失株 / deep sequence / 貞コピー可動型発現プラスミド / population変動 / Multiplex解析 / Chemical Genomics / 二重欠失株 / 遺伝的ネットワーク / 細胞内ネットワーク |
|---|
| 研究成果の概要 |
20塩基分子バーコードを持つ大腸菌一遺伝子欠失株ライブラリー構築を行い、1)全欠失株混合培養液の長期定常期中のpopulation変動、2)薬剤を含んだ培地中の各欠失株のpopulation変動解析、3)宿主のBW38029株のゲノム配列の決定と遺伝的背景の確認を行った。長期定常期における解析は、LB培地を用いた混合培養液中の各欠失株の相対的populationをバーコードシーケンスで決定した。さらに各サンプリング中の細胞の再生育能の違いを、取得各サンプルをLB培地で希釈し再増殖後、バーコードシーケンスで再生育能を調べた。バーコード株混合培養液でのシステマティック解析の有用性を示した。
|
