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長期定常期から分裂再開までの細胞の生存戦略

研究課題

研究課題/領域番号 25250028
研究種目

基盤研究(A)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 システムゲノム科学
研究機関奈良先端科学技術大学院大学

研究代表者

森 浩禎  奈良先端科学技術大学院大学, バイオサイエンス研究科, 教授 (90182203)

研究分担者 山田 守  山口大学, 医学(系)研究科, 教授 (30174741)
松野 浩嗣  山口大学, 理工学研究科, 教授 (10181744)
田村 武幸  京都大学, 化学研究所, 助教 (00437261)
遠里 由香理 (遠里 由佳子)  理化学研究所, 生命システム研究センター, 研究員 (80346171)
牧 泰史  大阪医科, 大学物理学教室, 講師 (60401733)
中東 憲治  慶應義塾大学, 先端生命研, 准教授 (70322740)
斉藤 菜摘 (大橋 菜摘 / 斎藤菜摘)  鶴岡高専天, 准教授 (50287546)
片岡 正和  信州大学, 工学部, 准教授 (90332676)
連携研究者 高坂 智之  山口大学, 農学部, 助教 (70500453)
研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2016-03-31
研究課題ステータス 完了 (2015年度)
配分額 *注記
46,410千円 (直接経費: 35,700千円、間接経費: 10,710千円)
2015年度: 13,650千円 (直接経費: 10,500千円、間接経費: 3,150千円)
2014年度: 14,430千円 (直接経費: 11,100千円、間接経費: 3,330千円)
2013年度: 18,330千円 (直接経費: 14,100千円、間接経費: 4,230千円)
キーワードE. coli / bar-code / deletion collection / population dynamics / chemical genomics / stationary phase / deep sequencing / バーコード解析 / 大腸菌population変動解析 / 長期定常期 / ケミカルバイオロジー / 大腸菌 / 分子バーコード / 一遺伝子欠失株 / deep sequence / 貞コピー可動型発現プラスミド / population変動 / Multiplex解析 / Chemical Genomics / 二重欠失株 / 遺伝的ネットワーク / 細胞内ネットワーク
研究成果の概要

20塩基分子バーコードを持つ大腸菌一遺伝子欠失株ライブラリー構築を行い、1)全欠失株混合培養液の長期定常期中のpopulation変動、2)薬剤を含んだ培地中の各欠失株のpopulation変動解析、3)宿主のBW38029株のゲノム配列の決定と遺伝的背景の確認を行った。長期定常期における解析は、LB培地を用いた混合培養液中の各欠失株の相対的populationをバーコードシーケンスで決定した。さらに各サンプリング中の細胞の再生育能の違いを、取得各サンプルをLB培地で希釈し再増殖後、バーコードシーケンスで再生育能を調べた。バーコード株混合培養液でのシステマティック解析の有用性を示した。

報告書

(4件)
  • 2015 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2014 実績報告書
  • 2013 実績報告書
  • 研究成果

    (42件)

すべて 2016 2015 2014 2013 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (13件) (うち国際共著 1件、 査読あり 13件、 オープンアクセス 9件、 謝辞記載あり 5件) 学会発表 (20件) (うち国際学会 3件、 招待講演 3件) 図書 (5件) 備考 (3件)

  • [国際共同研究] Harvard Medical School(米国)

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [雑誌論文] Comprehensive identification of translation start sites by Tetracycline-inhibited Ribosome Profiling (TetRP)2016

    • 著者名/発表者名
      Kenji Nakahigashi Yuki Takai Michiko Kimura Nozomi Abe Toru Nakayashiki Yuh Shiwa Hirofumi Yoshikawa Barry L. Wanner Yasushi Ishihama Hirotada Mori
    • 雑誌名

      DNA Res

      巻: Mar 23 号: 3 ページ: 1-8

    • DOI

      10.1093/dnares/dsw008

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Computational methods for modification of metabolic networks2015

    • 著者名/発表者名
      T. Tamura, W. Liu, T. Akutsu
    • 雑誌名

      Computational and Structural Biotechnology Journal

      巻: 12 ページ: 376-381

    • DOI

      10.1016/j.csbj.2015.05.004

    • NAID

      120005712915

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Computing smallest intervention strategies for multiple metabolic networks in a boolean model.2015

    • 著者名/発表者名
      Lu, W., Tamura, T., Song, J. & Akutsu, T.
    • 雑誌名

      Journal of computational biology

      巻: 22 号: 2 ページ: 85-110

    • DOI

      10.1089/cmb.2014.0274

    • NAID

      120005657917

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Colony-live -a high-throughput method for measuring microbial colony growth kinetics- reveals diverse growth effects of gene knockouts in Escherichia coli2014

    • 著者名/発表者名
      Takeuchi, R. Tamura, T. Nakayashiki, T. Tanaka, Y. Muto, A. Wanner, B. L. Mori, H.
    • 雑誌名

      BMC Microbiol

      巻: 14 号: 1 ページ: 171-182

    • DOI

      10.1186/1471-2180-14-171

    • NAID

      120005830845

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Systematic Production of Inactivating and Non-Inactivating Suppressor Mutations at the relA Locus That Compensate the Detrimental Effects of Complete spoT Loss and Affect Glycogen Content in Escherichia coli.2014

    • 著者名/発表者名
      Montero M, M Rahimpour, AM Viale, G Almagro, G Eydallin, A Sevilla, M Canovas, C Bernal, AB Lozano, FJ Munoz, E Baroja-Fernandez, A Bahaji, H Mori, FM Codoner, & J Pozueta-Romero
    • 雑誌名

      PloS one

      巻: 9 号: 9 ページ: e106938-e106938

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0106938

    • NAID

      120005830852

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Genome-scale identification and characterization of moonlighting proteins.2014

    • 著者名/発表者名
      Khan I, Y Chen, T Dong, X Hong, R Takeuchi, H Mori, & D Kihara
    • 雑誌名

      Biol Direct

      巻: 9 号: 1 ページ: 30-30

    • DOI

      10.1186/s13062-014-0030-9

    • NAID

      120005830842

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Unprecedented high-resolution view of bacterial operon architecture revealed by RNA sequencing.2014

    • 著者名/発表者名
      Conway T, Creecy JP, Maddox SM, Grissom JE, Conkle TL, Shadid TM, Teramoto J, San Miguel P, Shimada T, Ishihama A, Mori H, Wanner BL.
    • 雑誌名

      MBio

      巻: 5 号: 4

    • DOI

      10.1128/mbio.01442-14

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Integrating reductive and synthetic approaches in biology using man-made cell-like compartments.2014

    • 著者名/発表者名
      Aoki W, M Saito, R Manabe, H Mori, Y Yamaguchi, & E Tamiya
    • 雑誌名

      Scientific reports

      巻: 4 号: 1 ページ: 4722-4722

    • DOI

      10.1038/srep04722

    • NAID

      120005830854

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Effect of codon adaptation on codon-level and gene-level translation efficiency in vivo2014

    • 著者名/発表者名
      Nakahigashi K, Takai Y, Shiwa Y, Wada M, Honma M, Yoshikawa H, Tomita M, Kanai A, and Mori H
    • 雑誌名

      BMC Genomics

      巻: 15 号: 1 ページ: 1115-1115

    • DOI

      10.1186/1471-2164-15-1115

    • NAID

      120005830843

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Development of a system for discovery of genetic interactions for essential genes in Escherichia coli K-122013

    • 著者名/発表者名
      Yong Han Tek et al.
    • 雑誌名

      Genes Genet Syst

      巻: 88 ページ: 233-240

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Identification of key regulators in glycogen utilization in E. coli based on the simulations from a hybrid functional Petri net model2013

    • 著者名/発表者名
      Tian Zhongyan et al.
    • 雑誌名

      BMC Syst Biol

      巻: 7 号: S6

    • DOI

      10.1186/1752-0509-7-s6-s1

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The tRNA Thiolation Pathway Modulates the Intracellular Redox State in Escherichia coli.2013

    • 著者名/発表者名
      NakayashikiT., Saito N., Takeuchi R., Kadokura H., Nakahigashi K., Wanner B. L., & Mori H.
    • 雑誌名

      J Bacteriol

      巻: 195 号: 9 ページ: 2039-2049

    • DOI

      10.1128/jb.02180-12

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Genome-wide screening with hydroxyurea reveals a link between nonessential ribosomal proteins and reactive oxygen species production2013

    • 著者名/発表者名
      NakayashikiT. & Mori H
    • 雑誌名

      J Bacteriol

      巻: 195 号: 6 ページ: 1226-1235

    • DOI

      10.1128/jb.02145-12

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] リアルタイム細胞内pHセンサーによる大腸菌長期定常期の解明2016

    • 著者名/発表者名
      小林 美貴 淡路 健雄 片岡 正和
    • 学会等名
      日本農芸化学会年会
    • 発表場所
      北海道札幌市
    • 年月日
      2016-03-27
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] 接合伝達を用いた枯草菌への遺伝子導入法の最適化2016

    • 著者名/発表者名
      横井 崇紘 板谷光泰 森 浩禎 片岡 正和
    • 学会等名
      ゲノム微生物学会年会
    • 発表場所
      東京工業大学, 東京
    • 年月日
      2016-03-04
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] 放線菌プラスミド; pSN22 の接合伝達における必須タンパク質 TraB の膜局在及び ATPase 活性に関する解析2016

    • 著者名/発表者名
      矢野 嵩紘 宮武 徹 片岡 正和
    • 学会等名
      ゲノム微生物学会年会
    • 発表場所
      東京工業大学, 東京
    • 年月日
      2016-03-04
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] 長期定常期における大腸菌の増殖の可視化2016

    • 著者名/発表者名
      増田 知美 長光 博史 村田 正之 山田 守
    • 学会等名
      日本農芸化学会中四国支部第44回講演会(例会)
    • 発表場所
      岡山県総社市、岡山県立大学
    • 年月日
      2016-01-23
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] 大腸菌が耐熱性向上のために獲得した変異の解析2016

    • 著者名/発表者名
      加藤 薫平 石井 あやな 村田 正之 高坂 智之 山田 守
    • 学会等名
      日本農芸化学会中四国支部第44回講演会(例会)
    • 発表場所
      東京工業大学, 東京
    • 年月日
      2016-01-23
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Optimization of Gene Transfer by the RK2 between Cross-species2015

    • 著者名/発表者名
      Yokoi Takahiro Itaya Mitsuhiro Mori Hitrotada Kataoka Msakazu
    • 学会等名
      ACT 2015 (The 14th Asian Conference on Transcription)
    • 発表場所
      National University of Singapore, Singapore
    • 年月日
      2015-12-03
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] New tools for quantitating colony color on agar plates2015

    • 著者名/発表者名
      Makishi Kazuichi Mori Hirotada Wanner L Barry
    • 学会等名
      ASM General Meeting 2015
    • 発表場所
      New Orleans, Luisiana
    • 年月日
      2015-05-30
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Functional analysis of DNA channel protein, TraB, for Streptomyces conjugation2015

    • 著者名/発表者名
      Masakazu Kataoka, Tetsu Miyatake, Mai Kobe
    • 学会等名
      ASM General Meeting 2015
    • 発表場所
      New Orleans, Luisiana
    • 年月日
      2015-05-30
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Optimization of Gene Transfer by the RK2 between Cross-species2015

    • 著者名/発表者名
      Yokoi, Takahiro Itaya, Mitsuhiro Mori, Hitrotada Kataoka, Msakazu
    • 学会等名
      ASM General Meeting 2015
    • 発表場所
      New Orleans, Luisiana
    • 年月日
      2015-05-30
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 高温適応によって獲得した大腸菌耐熱化変異株の解析2015

    • 著者名/発表者名
      加藤 薫平
    • 学会等名
      日本農芸化学会2015年度(平成27年度)大会
    • 発表場所
      岡山大学津島キャンパス、岡山市、岡山
    • 年月日
      2015-03-27 – 2015-03-29
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Modeling of glycogen utilization in E.coli2015

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Matsuno
    • 学会等名
      The Third BMIRC International Symposium for Virtual Physiological Human
    • 発表場所
      Iizuka, Fukuoka, Japan
    • 年月日
      2015-03-05 – 2015-03-06
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] SulA 依存性溶菌における zwf の役割2015

    • 著者名/発表者名
      藤山 和也
    • 学会等名
      日本農芸化学会中四国第41回講演会(支部例会)
    • 発表場所
      水産大学校、下関市、山口
    • 年月日
      2015-01-24
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 大腸菌における長期定常期生存に有利な変異とその表現型2015

    • 著者名/発表者名
      脇 義賢
    • 学会等名
      日本農芸化学会中四国第41回講演会(支部例会)
    • 発表場所
      水産大学校、下関市、山口
    • 年月日
      2015-01-24
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] E. coli Systems Biology: from the Comprehensive Experimental Side.2014

    • 著者名/発表者名
      Mori, H
    • 学会等名
      Taiwan Proteomics Society Annual Conference & Translational and Systems Biology Symposium.
    • 発表場所
      Taipei, Taiwan
    • 年月日
      2014-11-12 – 2014-11-13
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Old is New? : New horizon of conjugation in the generation of synthetic biology.2014

    • 著者名/発表者名
      Kataoka, M.
    • 学会等名
      Plasmids: History & Biology of Cold Spring Harbor symposium
    • 発表場所
      Cold Spring Harbor Laboratory, New York, USA
    • 年月日
      2014-09-21 – 2014-09-23
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 放線菌への巨大遺伝子クラスター輸送系の開発2014

    • 著者名/発表者名
      片岡 正和
    • 学会等名
      2014年度グラム陽性菌ゲノム機能会議
    • 発表場所
      鶴岡, 山形
    • 年月日
      2014-09-03 – 2014-09-05
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Past, Present and Future of Science and Technology using E. coli2014

    • 著者名/発表者名
      Mori, H
    • 学会等名
      Diversity and Convergence of Life Science
    • 発表場所
      Busan, Korea
    • 年月日
      2014-09-02 – 2014-09-03
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Development and optimization of DNA transfer system in B. subtilis using heterogeneous conjugal transfer.2014

    • 著者名/発表者名
      Takahiro Yokoi
    • 学会等名
      IUMS 2014
    • 発表場所
      Montrial, Canada
    • 年月日
      2014-07-27 – 2014-08-01
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Properties of Dependent Subnets in a Retention-Free Petri Net2014

    • 著者名/発表者名
      Atsushi Mizuta
    • 学会等名
      The 29th International Technical Conference on Circuit/Systems Computers and Communications (ITC-CSCC)
    • 発表場所
      Phuket, Thailand
    • 年月日
      2014-07-01 – 2014-07-04
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Systematic analysis of genetic interaction between sRNA and protein coding genes in E. coli.2013

    • 著者名/発表者名
      Wataru Nomura and Hirotada Mori
    • 学会等名
      American Society of Microbiology. 113th General Meeting
    • 発表場所
      Denver, Colorado, USA
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [図書] Gene Essentiality: Methods and Protocols2016

    • 著者名/発表者名
      Hirotada Mori Katsushi Yokoyama Rikiya Takeuchi Kazuichi Makishi Wataru Nomura Yuta Otsuka Hitomi Dose Barry L. Wanner
    • 総ページ数
      245
    • 出版者
      Springer
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [図書] ゲノム・シーケンサー革命2015

    • 著者名/発表者名
      森 浩禎
    • 総ページ数
      13
    • 出版者
      化学同人
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [図書] Microbial Production From Genome Design to Cell Engineering2014

    • 著者名/発表者名
      Mori H, R Takeuchi, Y Otsuka, HT Yong, W Nomura, & BL Wanner
    • 総ページ数
      12
    • 出版者
      Springer
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [図書] Gene Essentiality: Methods and Protocols2014

    • 著者名/発表者名
      Mori H, K Yokoyama, R Takeuchi, K Makishi, W Nomura, Y Otsuka, H Dose, & BL Wanner
    • 総ページ数
      21
    • 出版者
      Springer
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [図書] Microbial Production. From Genome Design to Cell Engineering. Hideharu Anazawa and Sakayu Shimizu Editors.2014

    • 著者名/発表者名
      Hirotada Mori, et al.
    • 総ページ数
      306
    • 出版者
      Springer
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [備考] GenoBase

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [備考] GenoBase

    • URL

      http://ecoli.naist.jp/GB

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [備考] GenoBase

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書

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公開日: 2013-05-15   更新日: 2022-01-27  

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