研究課題
基盤研究(A)
DnaAを含む複製開始複合体につい、粗い分子モデルを用いたシミュレーションによって複合体構造を組み立て、次に高精度分子モデルに焼き直した。これにより従来不可能であった多数のタンパク質とDNAを含む複製開始複合体のコンピューター内で構築することに成功した。コンピューターで構築した複製開始複合体は、両側にある2組のDnaA 5量体と、中央で孤立したDnaA単量体と3つの部分構造に分かれていた。生化学的実験を通して、この複製開始複合体の構造は、実験結果と高い整合性があることがわかった。今回の研究成果により、開始複合体の構造や働きを原子レベルに近い精度で詳しく知ることができるようになった。
すべて 2017 2016 2015 2014 2013 その他
すべて 雑誌論文 (17件) (うち国際共著 2件、 査読あり 17件、 謝辞記載あり 6件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (46件) (うち国際学会 8件、 招待講演 17件) 図書 (2件)
Proceedings of the National Academy of Sciences USA
巻: 113 号: 50
10.1073/pnas.1609649113
Scientific Reports
巻: 6 号: 1
10.1038/srep34441
120005850270
J. Am. Chem. Soc.
巻: 138 号: 27 ページ: 8512-8522
10.1021/jacs.6b03729
Biochimica et Biophysica Acta - Bioenergetics
巻: 1857 号: 4 ページ: 332-340
10.1016/j.bbabio.2016.01.007
Accounts of Chemical Research
巻: 48 号: 12 ページ: 3026-3035
10.1021/acs.accounts.5b00338
巻: 5 号: 1 ページ: 17107-17107
10.1038/srep17107
120005758220
PLoS Computational Biology
巻: 11 号: 8 ページ: e1004443-e1004443
10.1371/journal.pcbi.1004443
120005947019
巻: 11 号: 7 ページ: e1004356-e1004356
10.1371/journal.pcbi.1004356
120005946993
巻: 1847 号: 10 ページ: 1101-1112
10.1016/j.bbabio.2015.05.018
Journal of Chemical Physics
巻: 142 号: 21 ページ: 212404-212404
10.1063/1.4914328
巻: 111(29) 号: 29 ページ: 10550-10555
10.1073/pnas.1402768111
Phys. Chem. Chem. Phys.
巻: 17 号: 7 ページ: 5006-5013
10.1039/c4cp05203j
Journal of Chemical Theory and Computation
巻: 10 号: 2 ページ: 711-721
10.1021/ct4007162
Journal of the American Chemical Society
巻: 135 (20) 号: 20 ページ: 7474-7485
10.1021/ja310548h
J. Comp. Chem
巻: vol. 34 号: 14 ページ: 1251-1257
10.1002/jcc.23250
J. Phys. Chem.
巻: 117 号: 42 ページ: 13212-13218
10.1021/jp4032817
J. Amer. Chem. Soc.
巻: (in press) 号: 24 ページ: 8908-891
10.1021/ja401540g
