データ識別子を活用した全生命科学データベースの統合化技術開発

• 研究課題/領域番号: 25280108
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 一部基金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 生命・健康・医療情報学
• 研究機関: 東海大学
• 研究代表者: 今西 規 東海大学, 医学部, 教授 (80270461)
• 研究期間 (年度): 2013-04-01 – 2016-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2015年度)
• 配分額: 18,460千円 (直接経費: 14,200千円、間接経費: 4,260千円); 2015年度: 4,810千円 (直接経費: 3,700千円、間接経費: 1,110千円); 2014年度: 5,850千円 (直接経費: 4,500千円、間接経費: 1,350千円); 2013年度: 7,800千円 (直接経費: 6,000千円、間接経費: 1,800千円)
• キーワード: 生命情報学 / 生体分子 / 統合データベース / 論理的データ検索

研究成果の概要

生命科学における世界の主要なデータベースについてデータIDの対応関係を解析し統合化したリンク自動管理システム（http://biodb.jp/）を発展させ、新たにゲノム多型分野の各種データベースを追加し、芋づる式検索が実行できるようにした。これはゲノム医科学分野での知識発見に役立つと期待される。また、データIDやURLを一括取得できるウェブサービスを開発した。今後は関連発見ツール等の新機能の導入を計画している。

研究成果

• [学会発表] ヒト遺伝子多型の疾患リスク情報データベースVaDEの開発 (2015)
  • 著者名/発表者名: 高橋定子、世良実穂、間宮健太郎、羽原拓哉、今西規
  • 学会等名: 第38回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 神戸国際会議場（兵庫県神戸市）
  • 年月日: 2015-12-01
• [学会発表] VaDE: a manually-curated database of reproducible associations between various traits and human genomic polymorphisms (2015)
  • 著者名/発表者名: Y. Nagai, Y. Takahashi, and T. Imanishi
  • 学会等名: ISMB/ECCB 2015
  • 発表場所: The Convention Center Dublin (Dublin, Ireland)
  • 年月日: 2015-07-10
  • 国際学会
• [学会発表] リンク自動管理システムによるデータベース統合化とデータマイニング基盤の構築 (2014)
  • 著者名/発表者名: 今西規、小尾信男
  • 学会等名: 第37回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜
  • 年月日: 2014-11-27
• [学会発表] Integration and data-mining of human transcriptome and proteome databases in H-InvDB. (2013)
  • 著者名/発表者名: Imanishi T
  • 学会等名: HUPO 2013
  • 発表場所: 横浜
  • 招待講演
• [学会発表] バイオデータベースの統合化とデータマイニングを推進するためのリンク自動管理システム (2013)
  • 著者名/発表者名: Imanishi T, Obi N
  • 学会等名: 日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 神戸
• [備考] リンク自動管理システム
  • URL: http://biodb.jp/