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量子・情報科学理論の融合による生体反応場の統合的解析

研究課題

研究課題/領域番号 25287099
研究種目

基盤研究(B)

配分区分一部基金
応募区分一般
研究分野 数理物理・物性基礎
研究機関兵庫県立大学

研究代表者

舘野 賢  兵庫県立大学, 生命理学研究科, 教授 (40291926)

研究分担者 山崎 和彦  国立研究開発法人産業技術総合研究所, その他部局等, 研究員 (00358243)
筒井 公子  岡山大学, 医歯(薬)学総合研究科, 名誉教授 (70144748)
連携研究者 木野 日織  独立行政法人物質・材料研究機構, 計算科学センター, 主任研究員 (70282605)
研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2017-03-31
研究課題ステータス 完了 (2016年度)
配分額 *注記
19,110千円 (直接経費: 14,700千円、間接経費: 4,410千円)
2015年度: 6,110千円 (直接経費: 4,700千円、間接経費: 1,410千円)
2014年度: 6,110千円 (直接経費: 4,700千円、間接経費: 1,410千円)
2013年度: 6,890千円 (直接経費: 5,300千円、間接経費: 1,590千円)
キーワード電子ダイナミクス / ハイブリッド触媒 / 電子状態理論 / パターン認識 / 情報微分幾何学 / ゲノムDNA / リボザイム / 転写制御 / 電子構造理論 / 情報理論 / 機械学習 / 情報幾何学 / ゲノム情報学 / 多様体 / 計算科学 / 情報科学 / 量子科学 / 生命物理学 / 生体高分子 / DNA / タンパク質 / 核酸 / 生体触媒反応における電子構造のダイナミクス / ゲノムDNAの高次構造モデル / 転写制御配列の自動同定システム / 自動解析ウェブサービスシステム / 細胞内情報伝達の生体反応 / GTP加水分解反応メカニズム / 結晶構造のリファインメント解析技術 / 情報科学・計算科学の融合
研究成果の概要

量子科学および情報科学の双方を生命科学の重要課題に応用し,以下の理論を創出した。i)生命に特有の反応メカニズムを見出し,電子状態がダイナミックに変化するその過程を初めて解明した(量子)。ii) ゲノムDNA全体に存在して重要な役割を有しながらも,従来は発見が困難であった弱いシグナル(塩基配列)を正確に検出できるアルゴリズムと理論を構築した(情報)。iii) このようにして見出したシグナル配列を,酵素タンパク質が認識するメカニズムについて電子レベルで解析し,ゲノムの細胞機能を電子ダイナミクスに基づいて理解する基礎を構築した(量子)。このように双方の科学を統合した,生命物理学の新領域を創出した。

報告書

(5件)
  • 2016 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2015 実績報告書
  • 2014 実績報告書
  • 2013 実績報告書
  • 研究成果

    (146件)

すべて 2017 2016 2015 2014 2013 その他

すべて 国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (9件) (うち国際共著 1件、 査読あり 9件、 オープンアクセス 7件、 謝辞記載あり 5件) 学会発表 (133件) (うち国際学会 35件、 招待講演 8件) 備考 (2件)

  • [国際共同研究] Institut de Biologie Structurale(France)

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [国際共同研究] 構造生物学研究所(グルノーブル)(フランス)

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [雑誌論文] Novel Strategy for Discrimination of Transcription Factor Binding Motif Employing Mathematical Neural Network2017

    • 著者名/発表者名
      Asuka Sugimoto, Takuya Sumi, Jiyoung Kang, and Masaru Tateno
    • 雑誌名

      J. Phys. Soc. Jpn.

      巻: 印刷中

    • NAID

      210000134453

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Effects of a Positive Feedback Loop upon the Stability of Bi-connected Elementary Biochemical Reaction Cycle2017

    • 著者名/発表者名
      Jiyoung kang, and Masaru Tateno
    • 雑誌名

      J. Phys. Soc. Jpn.

      巻: 印刷中

    • NAID

      40021254431

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Electronic Structure Rearrangements in Hybrid Ribozyme/Protein Catalysis2017

    • 著者名/発表者名
      Jiyoung Kang, Hiori Kino, Martin J. Field, and Masaru Tateno
    • 雑誌名

      J. Phys. Soc. Jpn.

      巻: 86 号: 4 ページ: 044801-044801

    • DOI

      10.7566/jpsj.86.044801

    • NAID

      210000134350

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Simulated Annealing-Extended Sampling for Multicomponent Decomposition of Spectral Data of DNA Complexed with Peptide2017

    • 著者名/発表者名
      Jiyoung Kang, Kazuhiko Yamasaki, Kuniaki Sano, Ken Tsutsui, Kimiko M. Tsutsui, and Masaru Tateno
    • 雑誌名

      J. Phys. Soc. Jpn.

      巻: 86 号: 1 ページ: 014802-014802

    • DOI

      10.7566/jpsj.86.014802

    • NAID

      40021057753

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Complex structure of cytochrome c-cytochrome c oxidase reveals a novel protein-protein interaction mode2017

    • 著者名/発表者名
      Satoru Shimada, Kyoko Shinzawa‐Itoh, Junpei Baba, Shimpei Aoe, Atsuhiro Shimada, Eiki Yamashita, Jiyoung Kang, Masaru Tateno, Shinya Yoshikawa, and Tomitake Tsukihara
    • 雑誌名

      EMBO J.

      巻: 86 号: 3 ページ: 291-300

    • DOI

      10.15252/embj.201695021

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] The combination of sequence-specific and nonspecific binding modes of transcription factor SATB12016

    • 著者名/発表者名
      Kazuhiko Yamasaki and Tomoko Yamasaki
    • 雑誌名

      Biochemical Journal

      巻: 473 号: 19 ページ: 3321-3339

    • DOI

      10.1042/bcj20160236

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Genomic regions targeted by DNA topoisomerase II frequently interact with a nuclear scafforld/matrix protein hnRNP U/SAF-A/SP1202015

    • 著者名/発表者名
      Miyaji, M., Furuta, R., Sano, K., Tsutsui, K. M. and Tsutsui, K.
    • 雑誌名

      J. Cell. Biochem.

      巻: 116 号: 4 ページ: 667-85

    • DOI

      10.1002/jcb.25024

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Nuclear dynamics of topoisomerase IIβ reflects its catalytic activity that is regulated by binding of RNA to the C-terminal domain.2014

    • 著者名/発表者名
      Onoda A, Hosoya O, Sano K, Kiyama K, Kimura H, Kawano S, Furuta R, Miyaji M, Tsutsui K, Tsutsui KM.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res

      巻: 42 号: 14 ページ: 9005-9020

    • DOI

      10.1093/nar/gku640

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] The CENP-O complex requirement varies among different cell types.2014

    • 著者名/発表者名
      Kagawa, N., Hori, T., Hoki, Y., Hosoya, O., Tsutsui, K., Saga, Y., Sado, T., and *Fukagawa, T.
    • 雑誌名

      Chrom. Research

      巻: in press 号: 3 ページ: 293-303

    • DOI

      10.1007/s10577-014-9404-1

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Structural and thermodynamic mechanisms of selectivity and cooperativity in recognition of supercoiled DNA-recognition (SDR) peptide and crossover DNA2017

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Nishigami, Jiyoung Kang, Kakeru Sakabe, Kuniaki Sano, Kimiko M. Tsutsui, Ken Tsutsui, Kazuhiko Yamasaki, Masaru Tateno
    • 学会等名
      2016 Leading Program Evaluation Conference
    • 発表場所
      Center for Advanced Science and Technology Hyogo (CAST)
    • 年月日
      2017-03-13
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Applicability augmented by extending of sampling space in molecular docking simulation for drug design2017

    • 著者名/発表者名
      Takuya Sumi, Jiyoung Kang, Ryuichiro Terada, Hiroshi Yamaguchi, and Masaru Tateno
    • 学会等名
      2016 Leading Program Evaluation Conference
    • 発表場所
      Center for Advanced Science and Technology Hyogo (CAST)
    • 年月日
      2017-03-13
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Development of novel strategy for discrimination of transcription factor binding motifs (TFBMs) employing mathematical neural network2017

    • 著者名/発表者名
      Masaru Tateno, Asuka Sugimoto, Takuya Sumi, Kakeru Sakabe, and Jiyoung Kang
    • 学会等名
      2016 Leading Program Evaluation Conference
    • 発表場所
      Center for Advanced Science and Technology Hyogo (CAST)
    • 年月日
      2017-03-13
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Genome-wide identification of broad-range diverse sequence motifs of topoisomerase IIβ operating sites2017

    • 著者名/発表者名
      Asuka Sugimoto, Jiyoung Kang, Kakeru Sakabe, Takuya Sumi, and Masaru Tateno
    • 学会等名
      2016 Leading Program Evaluation Conference
    • 発表場所
      Center for Advanced Science and Technology Hyogo (CAST)
    • 年月日
      2017-03-13
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Theoretical analysis of dynamical mechanisms of ligand recognition by cytochrome c oxidase2017

    • 著者名/発表者名
      Ryuichiro Terada, Jiyoung Kang, Kakeru Sakabe, and Masaru Tateno
    • 学会等名
      2016 Leading Program Evaluation Conference
    • 発表場所
      Center for Advanced Science and Technology Hyogo (CAST)
    • 年月日
      2017-03-13
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Theoretical study of editing reaction mechanism by the complex of valyl-tRNA synthetase and the mis-aminoacylated tRNAVal2017

    • 著者名/発表者名
      Kakeru Sakabe, Jiyoung Kang, and Masaru Tateno
    • 学会等名
      2016 Leading Program Evaluation Conference
    • 発表場所
      Center for Advanced Science and Technology Hyogo (CAST)
    • 年月日
      2017-03-13
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Dynamical rearrangements of electronic structure in editing reaction by hybrid ribozyme/protein catalyst2017

    • 著者名/発表者名
      Jiyoung Kang and Masaru Tateno
    • 学会等名
      2016 Leading Program Evaluation Conference
    • 発表場所
      Center for Advanced Science and Technology Hyogo (CAST)
    • 年月日
      2017-03-13
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Electronic structure analysis of O2-tolerance mechanisms of hydrogenase by hybrid ab initio quantum mechanics/molecular mechanics simulation2017

    • 著者名/発表者名
      Jaehyun Kim, Jiyoung Kang, and Masaru Tateno
    • 学会等名
      2016 Leading Program Evaluation Conference
    • 発表場所
      Center for Advanced Science and Technology Hyogo (CAST)
    • 年月日
      2017-03-13
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Dynamical mechanisms of structural transitions acting as functional switch induced by the ligand binding in cytochrome c oxidase2016

    • 著者名/発表者名
      Ryuichiro Terada, Jiyoung Kang, and Masaru Tateno
    • 学会等名
      The 39th Annual Meeting of The Molecular Biology Society of Japan
    • 発表場所
      Pacifico Yokohama
    • 年月日
      2016-11-30
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Structural modeling of initial ES complex of topoisomerase IIB and target DNA employing molecular dynamics simulation2016

    • 著者名/発表者名
      Kakeru Sakabe, Hiroshi Nishigami, Jiyoung Kang, and Masaru Tateno
    • 学会等名
      The 39th Annual Meeting of The Molecular Biology Society of Japan
    • 発表場所
      Pacifico Yokohama
    • 年月日
      2016-11-30
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Extended applicability of molecular docking simulation for ligand design by optimizing configurational and conformational sampling spaces2016

    • 著者名/発表者名
      Takuya Sumi, Hiroshi Yamaguchi, Ryuichiro Terada, Jiyoung Kang, and Masaru Tateno
    • 学会等名
      The 39th Annual Meeting of The Molecular Biology Society of Japan
    • 発表場所
      Pacifico Yokohama
    • 年月日
      2016-11-30
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Molecular dynamics docking simulation to elucidate selective binding mechanisms of supercoiled-DNA recognition (SDR) peptide and spatially-crossover DNA2016

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Nishigami, Kakeru Sakabe, Jiyoung Kang, Kuniaki Sano, Kimiko Tsutsui, Ken Tsutsui, Kazuhiko Yamasaki, and Masaru Tateno
    • 学会等名
      The 39th Annual Meeting of The Molecular Biology Society of Japan
    • 発表場所
      Pacifico Yokohama
    • 年月日
      2016-11-30
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Hybrid ab initio molecular dynamical simulation of cytochrome c oxidase: Mechanisms of structural changes by dynamical ligand recognition2016

    • 著者名/発表者名
      Ryuichiro Terada, Jiyoung Kang, and Masaru Tateno
    • 学会等名
      The 54th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • 発表場所
      Tsukuba International Congress Center
    • 年月日
      2016-11-25
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Hydrogenase : ab initio quantum mechanics study of oxygen-tolerance mechanism2016

    • 著者名/発表者名
      Jaehyun Kim, Jiyoung Kang, and Masaru Tateno
    • 学会等名
      The 54th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • 発表場所
      Tsukuba International Congress Center
    • 年月日
      2016-11-25
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Identification of optimal parameter values in ligand-receptor docking calculation to extend applicability2016

    • 著者名/発表者名
      Takuya Sumi, Hiroshi Yamaguchi, Ryuichiro Terada, Jiyoung Kang, and Masaru Tateno
    • 学会等名
      The 54th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • 発表場所
      Tsukuba International Congress Center
    • 年月日
      2016-11-25
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Complex structure of cytochrome c and cytochrome c oxidase shows a novel inter-protein interaction mode2016

    • 著者名/発表者名
      Satoru Shimada, Kyoko Shinzawa-Itoh, Junpei Baba, Shimpei Aoe, Atsuhiro Shimada, Eiki Yamashita, Jiyoung Kang, Masaru Tateno, Shinya Yoshikawa, and Tomitake Tsukihara
    • 学会等名
      The 54th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • 発表場所
      Tsukuba International Congress Center
    • 年月日
      2016-11-25
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Identification of initial ES complex of topoisomerase IIβ and target DNA employing molecular dynamics docking simulation2016

    • 著者名/発表者名
      Kakeru Sakabe, Hiroshi Nisihigami, Jiyoung Kang, Masaru Tateno
    • 学会等名
      The 54th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • 発表場所
      Tsukuba International Congress Center
    • 年月日
      2016-11-25
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Molecular dynamics docking study on selective binding mechanisms of supercoiled-DNA recognition (SDR) peptide and spatially-crossover DNA2016

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Nishigami, Kakeru Sakabe, Jiyoung Kang, Kuniaki Sano, Kimiko Tsutsui, Ken Tsutsui, Kazuhiko Yamasaki, and Masaru Tateno
    • 学会等名
      The 54th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • 発表場所
      Tsukuba International Congress Center
    • 年月日
      2016-11-25
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Enhancement of sampling space in multivariate analysis of experimental big data in various biological sciences2016

    • 著者名/発表者名
      Jiyoung Kang, Kazuhiko Yamasaki, and Masaru Tateno
    • 学会等名
      The 54th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • 発表場所
      Tsukuba International Congress Center
    • 年月日
      2016-11-25
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Development and Application of Algorithms to Identify Functionally-Clustered Genes in Eukaryotic Genomes2016

    • 著者名/発表者名
      Kakeru Sakabe, Jiyoung Kang, and Masaru Tateno
    • 学会等名
      5th Informatics in Biology Medicine and Pharmacology
    • 発表場所
      東京国際交流館プラザ平成(東京お台場)
    • 年月日
      2016-09-29
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Broad-range applicability of molecular docking calculation of ligand and receptor by optimizing configurational and conformational sampling spaces2016

    • 著者名/発表者名
      Takuya Sumi, Hiroshi Yamaguchi, Ryuichiro Terada, Jiyoung Kang, and Masaru Tateno
    • 学会等名
      5th Informatics in Biology Medicine and Pharmacology
    • 発表場所
      東京国際交流館プラザ平成(東京お台場)
    • 年月日
      2016-09-29
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Enhancement of spectral curve sampling in multivariate analysis of experimental big data of various biological sciences2016

    • 著者名/発表者名
      Jiyoung Kang and Masaru Tateno
    • 学会等名
      5th Informatics in Biology Medicine and Pharmacology
    • 発表場所
      東京国際交流館プラザ平成(東京お台場)
    • 年月日
      2016-09-29
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Structure of complex of cytochrome c and cytochrome c oxidase shows the novel protein-protein interaction style2016

    • 著者名/発表者名
      Satoru Shimada, Shinpei Aoe, Kyoko Shinzawa-Itoh, Jumpei Baba, Atsuhiro Shimada, Jiyoung Kang, Masaru Tateno, Eiki Yamashita, Shinya Yoshikawa, and Tomitake Tsukihara
    • 学会等名
      The 16th Annual Meeting of the Protein Science Society of Japan
    • 発表場所
      Fukuoka International Congress Center
    • 年月日
      2016-07-07
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Novel extended sampling method for multivariate analysis calculation of experimental big data in biochemistry and bioinformatics2016

    • 著者名/発表者名
      Jiyoung Kang, Kazuhiko Yamasaki, and Masaru Tateno
    • 学会等名
      The 16th Annual Meeting of the Protein Science Society of Japan
    • 発表場所
      Fukuoka International Congress Center
    • 年月日
      2016-07-07
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Hybrid ab initio QM/MM molecular dynamics study of catalytic reaction of cytidine deaminase2016

    • 著者名/発表者名
      Masaru Tateno, Jiyoung Kang, Takashi Taniguchi, and Kakeru Sakabe
    • 学会等名
      The 16th Annual Meeting of the Protein Science Society of Japan
    • 発表場所
      Fukuoka International Congress Center
    • 年月日
      2016-07-07
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Hybrid ab initio quantum mechanics analysis of O2-binding to the CuB-Fea3 binuclear center of cytochrome c oxidase2016

    • 著者名/発表者名
      Ryuichiro Terada, Jiyoung Kang, and Masaru Tateno
    • 学会等名
      The 16th Annual Meeting of the Protein Science Society of Japan
    • 発表場所
      Fukuoka International Congress Center
    • 年月日
      2016-07-07
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] ab initio electronic structure calculation of proximal cluster in membrane bound hydrogenases (MBH)2016

    • 著者名/発表者名
      Jaehyun Kim、Jiyoung Kang, and Masaru Tateno
    • 学会等名
      The 16th Annual Meeting of the Protein Science Society of Japan
    • 発表場所
      Fukuoka International Congress Center
    • 年月日
      2016-07-07
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Proton transfer mechanisms in photosystem II : hybrid ab inito quantum mechanics study2016

    • 著者名/発表者名
      Atsushi Nakamura, Jiyoung Kang, Yasufumi Umena, Keisuke Kawakami, Jian-Ren Shen, Nobuo Kamiya, and Masaru Tateno
    • 学会等名
      The 16th Annual Meeting of the Protein Science Society of Japan
    • 発表場所
      Fukuoka International Congress Center
    • 年月日
      2016-07-07
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Theoretical Analysis of Dynamical Mechanisms of Ligand-recognition by Cytochrome c Oxidase Employing Hybrid ab initio Quantum Mechanics/Molecular Mechanics Molecular Dynamics Simulation2016

    • 著者名/発表者名
      Jiyoung Kang, Ryuichiro Terada, Masaru Tateno
    • 学会等名
      BIT’s 7th Annual Global Congress of Catalysis-2016
    • 発表場所
      KINTEX, Goyang, Korea
    • 年月日
      2016-06-30
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Functional Mechanisms of Biological Macromolecular Systems Revealed by Hybrid ab initio Quantum Mechanics Molecular Dynamics2016

    • 著者名/発表者名
      Masaru Tateno
    • 学会等名
      BIT’s 7th Annual Global Congress of Catalysis-2016
    • 発表場所
      KINTEX, Goyang, Korea
    • 年月日
      2016-06-30
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Investigation of Oxygen Tolerance Mechanism of Membrane-bound Hydrogenase with use of ab initio Electronic Structure Calculation2016

    • 著者名/発表者名
      Jaehyun Kim, Jiyoung Kang, Masaru Tateno
    • 学会等名
      BIT’s 7th Annual Global Congress of Catalysis-2016
    • 発表場所
      KINTEX, Goyang, Korea
    • 年月日
      2016-06-30
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Stability of Bi-Connected Elementary Reaction Loop (bc-ERL) Involving Positive Feed-Back Loop2016

    • 著者名/発表者名
      Jiyoung Kang, Masaru Tateno
    • 学会等名
      International School and Conference on Networks Science, NetSci 2016,
    • 発表場所
      Seoul, Korea
    • 年月日
      2016-05-30
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Theoretical investigation of electronic structure of frontier orbitals of proximal cluster responsible for electron transfer from catalytic center to proximal cluster in membrane-bound hydrogenase (MBH) (oral)2016

    • 著者名/発表者名
      Jaehyun Kim, Jiyoung Kang, Masaru Tateno
    • 学会等名
      The 3rd Annual Evaluation Conference of the Leading Program, University of Hyogo for the school year of 2015
    • 発表場所
      先端科学技術センター(兵庫県赤穂郡)
    • 年月日
      2016-03-14
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Computational study of solvated structure of the complex of valyl-tRNA synthetase (ValRS) and the mis-aminoacylated tRNAVal (oral)2016

    • 著者名/発表者名
      Kakeru Sakabe, Jiyoung Kang, Masaru Tateno
    • 学会等名
      The 3rd Annual Evaluation Conference of the Leading Program, University of Hyogo for the school year of 2015
    • 発表場所
      先端科学技術センター(兵庫県赤穂郡)
    • 年月日
      2016-03-14
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Theoretical investigation of electronic structure of frontier orbitals of proximal cluster responsible for electron transfer from catalytic center to proximal cluster in membrane-bound hydrogenase (MBH) (poster)2016

    • 著者名/発表者名
      Jaehyun Kim, Jiyoung Kang, Masaru Tateno
    • 学会等名
      The 3rd Annual Evaluation Conference of the Leading Program, University of Hyogo for the school year of 2015
    • 発表場所
      先端科学技術センター(兵庫県赤穂郡)
    • 年月日
      2016-03-14
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Computational study of solvated structure of the complex of valyl-tRNA synthetase (ValRS) and the mis-aminoacylated tRNAVal (poster)2016

    • 著者名/発表者名
      Kakeru Sakabe, Jiyoung Kang, Masaru Tateno
    • 学会等名
      The 3rd Annual Evaluation Conference of the Leading Program, University of Hyogo for the school year of 2015
    • 発表場所
      先端科学技術センター(兵庫県赤穂郡)
    • 年月日
      2016-03-14
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Theoretical analysis of catalytic reaction mechanism in cytidine deaminase that is responsible for RNA editing2016

    • 著者名/発表者名
      Takashi Taniguchi, Jiyoung Kang, Masaru Tateno
    • 学会等名
      The 3rd Annual Evaluation Conference of the Leading Program, University of Hyogo for the school year of 2015
    • 発表場所
      先端科学技術センター(兵庫県赤穂郡)
    • 年月日
      2016-03-14
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Hybrid ab initio quantum mechanics/molecular mechanics simulation of ligand binding to Cu-Fe binuclear center of cytochrome c oxidase2016

    • 著者名/発表者名
      Ryuichiro Terada, Jiyoung Kang, Masaru Tateno
    • 学会等名
      The 3rd Annual Evaluation Conference of the Leading Program, University of Hyogo for the school year of 2015
    • 発表場所
      先端科学技術センター(兵庫県赤穂郡)
    • 年月日
      2016-03-14
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Computational docking study of glutamate transporter and drugs2016

    • 著者名/発表者名
      Takuya Sumi, Jiyoung Kang, Masaru Tateno
    • 学会等名
      The 3rd Annual Evaluation Conference of the Leading Program, University of Hyogo for the school year of 2015
    • 発表場所
      先端科学技術センター(兵庫県赤穂郡)
    • 年月日
      2016-03-14
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Novel algorithm designed for identification of widely-diverse sequence motifs recognized by topoisomerase IIB2016

    • 著者名/発表者名
      Asuka Sugimoto, Jiyoung Kang, Yuhya Takahashi, Kakeru Sakabe, Mary Miuyaji, , Kimiko M. Tsutsui, Ken Tsutsui, Masaru Tateno
    • 学会等名
      The 3rd Annual Evaluation Conference of the Leading Program, University of Hyogo for the school year of 2015
    • 発表場所
      先端科学技術センター(兵庫県赤穂郡)
    • 年月日
      2016-03-14
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Development and application on informatical system for identification of functional structure in eukaryotic genomes2016

    • 著者名/発表者名
      Yuhya Takahashi, Jiyoung Kang, Masaru Tateno
    • 学会等名
      The 3rd Annual Evaluation Conference of the Leading Program, University of Hyogo for the school year of 2015
    • 発表場所
      先端科学技術センター(兵庫県赤穂郡)
    • 年月日
      2016-03-14
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Novel algorithm for efficiently-extended sampling in multivariate analysis of biochemical and bioinformatical experimental data2016

    • 著者名/発表者名
      Jiyoung Kang, Masaru Tateno
    • 学会等名
      The 3rd Annual Evaluation Conference of the Leading Program, University of Hyogo for the school year of 2015
    • 発表場所
      先端科学技術センター(兵庫県赤穂郡)
    • 年月日
      2016-03-14
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Theoretical investigation of biological mechanisms based on quantum mechanical and information mathematical sciences (oral)2015

    • 著者名/発表者名
      Masaru Tateno
    • 学会等名
      3rd International Picobiology Institute Symposium
    • 発表場所
      先端科学技術センター(兵庫県赤穂郡)
    • 年月日
      2015-12-08
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Novel algorithm for protein-protein docking based on identification of interfacial hydrogen bond network2015

    • 著者名/発表者名
      Jiyoung Kang, Masaru Tateno
    • 学会等名
      3rd International Picobiology Institute Symposium
    • 発表場所
      先端科学技術センター(兵庫県赤穂郡)
    • 年月日
      2015-12-08
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Structural modeling of supercoiled DNA recognition peptide complexed wth crossover DNA2015

    • 著者名/発表者名
      Kakeru Sakabe, Jiyoung Kang, Kazuhiko Yamasaki, Masaru Tateno
    • 学会等名
      3rd International Picobiology Institute Symposium
    • 発表場所
      先端科学技術センター(兵庫県赤穂郡)
    • 年月日
      2015-12-08
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Identification of topoisomerase IIB recognition motifs using novel scheme designed for that of widely-diverse sequences2015

    • 著者名/発表者名
      Asuka Sugimoto, Jiyoung Kang, Yuhya Takahashi, Kakeru Sakabe, Mary Miuyaji, , Kimiko M. Tsutsui, Ken Tsutsui, Masaru Tateno
    • 学会等名
      3rd International Picobiology Institute Symposium
    • 発表場所
      先端科学技術センター(兵庫県赤穂郡)
    • 年月日
      2015-12-08
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Novel algorithm for identification of gene clusters in eukaryotic genome DNA2015

    • 著者名/発表者名
      Yuhya Takahashi, Jiyoung Kang, Masaru Tateno
    • 学会等名
      3rd International Picobiology Institute Symposium
    • 発表場所
      先端科学技術センター(兵庫県赤穂郡)
    • 年月日
      2015-12-08
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Theoretical analysis of proton transfer mechanisms of photosystem II employing hybrid quantum molecular dynamics simulation2015

    • 著者名/発表者名
      Atsushi Nakamura, Jiyoung Kang, Yasufumi Umena, Keisuke Kawakami, Shen Jian-Ren, Nobuo Kamiyama, Masaru Tateno
    • 学会等名
      3rd International Picobiology Institute Symposium
    • 発表場所
      先端科学技術センター(兵庫県赤穂郡)
    • 年月日
      2015-12-08
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Theoretical identification of electronic structures responsible for proton-transfer-coupled-electron-transfer between proximal cluster and cluster and catalytic center in membrane bound hydrogenases2015

    • 著者名/発表者名
      Jaehyun Kim, Jiyoung Kang, Masaru Tateno
    • 学会等名
      3rd International Picobiology Institute Symposium
    • 発表場所
      先端科学技術センター(兵庫県赤穂郡)
    • 年月日
      2015-12-08
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Computational study of dynamical mechanism of substrate dislocation in binuclear center of cytochrome c oxidase2015

    • 著者名/発表者名
      Ryuichiro Terada, Jiyoung Kang, Masaru Tateno
    • 学会等名
      3rd International Picobiology Institute Symposium
    • 発表場所
      先端科学技術センター(兵庫県赤穂郡)
    • 年月日
      2015-12-08
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Novel theoretical scheme for analysis of functional mechanism of biological systems based on identification of information flow modulated by Maxwell's deamon2015

    • 著者名/発表者名
      Takuya Sumi, Jiyoung Kang, Masaru Tateno
    • 学会等名
      3rd International Picobiology Institute Symposium
    • 発表場所
      先端科学技術センター(兵庫県赤穂郡)
    • 年月日
      2015-12-08
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Effects of hydroxide ligand in proximal cluster of membrane bound hydrogenases (MBH) (oral)2015

    • 著者名/発表者名
      Jaehyun Kim, Jiyoung Kang, Masaru Tateno
    • 学会等名
      第38回日本分子生物学会年会 第88回日本生化学大会 2015
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド(兵庫県神戸市)
    • 年月日
      2015-12-01
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Effects of hydroxide ligand in proximal cluster of membrane bound hydrogenases (MBH) (poster)2015

    • 著者名/発表者名
      Jaehyun Kim, Jiyoung Kang, Masaru Tateno
    • 学会等名
      第38回日本分子生物学会年会 第88回日本生化学大会 2015
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド(兵庫県神戸市)
    • 年月日
      2015-12-01
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Hybrid quantum molecular dynamics study of mechanisms of ligand recognition by bovine cytochrome c oxidase2015

    • 著者名/発表者名
      Jiyoung Kang, Toru Matsuoka, Masaru Tateno
    • 学会等名
      第38回日本分子生物学会年会 第88回日本生化学大会 2015
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド(兵庫県神戸市)
    • 年月日
      2015-12-01
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Proton transfer mechanisms in photosystem II : hybrid ab initio quantum mechanics study2015

    • 著者名/発表者名
      Atushi Nakamura, Jiyoung Kang, Yasufumi Umena, Keisuke Kawakami, Jian-Ren, Nobuo Kamiyama, Masaru Tateno
    • 学会等名
      第38回日本分子生物学会年会 第88回日本生化学大会 2015
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド(兵庫県神戸市)
    • 年月日
      2015-12-01
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Novel algorithm for identification of gene clusters in whole genome DNA sequences2015

    • 著者名/発表者名
      Yuhya Takahashi, Jiyoung Kang, Masaru Tateno
    • 学会等名
      第38回日本分子生物学会年会 第88回日本生化学大会 2015
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド(兵庫県神戸市)
    • 年月日
      2015-12-01
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Novel algorithm for protein-protein docking based on identification of interfacial hydrogen bond network2015

    • 著者名/発表者名
      Masaru Tateno, Takuya Takeda, Jiyoung Kang
    • 学会等名
      第38回日本分子生物学会年会 第88回日本生化学大会 2015
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド(兵庫県神戸市)
    • 年月日
      2015-12-01
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Structural modeling of negatively-supercoiled DNA recognition peptide complexed with crossover DNA2015

    • 著者名/発表者名
      Kakeru Sakabe, Jiyoung Kang, Kazuhiko Yamasaki, Kuniaki Sano, Kimiko M. Tsutsui, Ken Tsutsui, Masaru Tateno
    • 学会等名
      第38回日本分子生物学会年会 第88回日本生化学大会 2015
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド(兵庫県神戸市)
    • 年月日
      2015-12-01
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Novel strategy for genome-wide identification of widely-diverse transcriptional regulation motifs (oral)2015

    • 著者名/発表者名
      Asuka Sugimoto, Jiyoung Kang, Yuhya Takahashi, Mary Miuyaji, Ryohei Furuta, Kuniaki Sano, Kimiko M. Tsutsui, Ken Tsutsui, Masaru Tateno
    • 学会等名
      生命医薬情報学連合大会2015年大会
    • 発表場所
      京都大学宇治キャンパスおうばくプラザ(京都府宇治市)
    • 年月日
      2015-10-29
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Novel algorithm for identification of gene clusters in whole genome DNA sequences (oral)2015

    • 著者名/発表者名
      Yuhya Takahashi, Jiyoung Kang, Masaru Tateno
    • 学会等名
      生命医薬情報学連合大会2015年大会
    • 発表場所
      京都大学宇治キャンパスおうばくプラザ(京都府宇治市)
    • 年月日
      2015-10-29
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Development of structural analysis system of protein-protein complexes based on identification of hydrogen bond network s2015

    • 著者名/発表者名
      Jiyoung Kang, Takuya Takeda, Masaru Tateno
    • 学会等名
      生命医薬情報学連合大会2015年大会
    • 発表場所
      京都大学宇治キャンパスおうばくプラザ(京都府宇治市)
    • 年月日
      2015-10-29
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Novel algorithm for identification of gene clusters in whole genome DNA sequences (poster)2015

    • 著者名/発表者名
      Yuhya Takahashi, Jiyoung Kang, Masaru Tateno
    • 学会等名
      生命医薬情報学連合大会2015年大会
    • 発表場所
      京都大学宇治キャンパスおうばくプラザ(京都府宇治市)
    • 年月日
      2015-10-29
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Novel strategy for genome-wide identification of widely-diverse transcriptional regulation motifs (poster)2015

    • 著者名/発表者名
      Asuka Sugimoto, Jiyoung Kang, Yuhya Takahashi, Mary Miuyaji, Ryohei Furuta, Kuniaki Sano, Kimiko M. Tsutsui, Ken Tsutsui, Masaru Tateno
    • 学会等名
      生命医薬情報学連合大会2015年大会
    • 発表場所
      京都大学宇治キャンパスおうばくプラザ(京都府宇治市)
    • 年月日
      2015-10-29
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Electronic structures responsible for proton transfer coupled electron transfer between proximal cluster and catalytic center in membrane bound hydrogenases (MBH) (oral)2015

    • 著者名/発表者名
      Jaehyun Kim, Jiyoung Kang, Masaru Tateno
    • 学会等名
      Science and Business 2nd Joint Symposium
    • 発表場所
      先端科学技術センター(兵庫県赤穂郡)
    • 年月日
      2015-10-22
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Improvements and applications of hybrid ab initio quantum mechanics/molecular mechanics molecular dynamics simulation of biological macromolecular systems (oral)2015

    • 著者名/発表者名
      Kakeru Sakabe, Jiyoung Kang, Masaru Tateno
    • 学会等名
      Science and Business 2nd Joint Symposium
    • 発表場所
      先端科学技術センター(兵庫県赤穂郡)
    • 年月日
      2015-10-22
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Electronic structures responsible for proton transfer coupled electron transfer between proximal cluster and catalytic center in membrane bound hydrogenases (MBH) (poster)2015

    • 著者名/発表者名
      Jaehyun Kim, Jiyoung Kang, Masaru Tateno
    • 学会等名
      Science and Business 2nd Joint Symposium
    • 発表場所
      先端科学技術センター(兵庫県赤穂郡)
    • 年月日
      2015-10-22
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Improvements and applications of hybrid ab initio quantum mechanics/molecular mechanics molecular dynamics simulation of biological macromolecular systems (poster)2015

    • 著者名/発表者名
      Kakeru Sakabe, Jiyoung Kang, Masaru Tateno
    • 学会等名
      Science and Business 2nd Joint Symposium
    • 発表場所
      先端科学技術センター(兵庫県赤穂郡)
    • 年月日
      2015-10-22
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Development of structural analysis system of protein-protein complexes based on identification of hydrogen bond network (oral)2015

    • 著者名/発表者名
      Masaru Tateno, Takuya Takeda, Jiyoung Kang
    • 学会等名
      第53回生物物理学会年会 2015
    • 発表場所
      金沢大学角間キャンパス(石川県金沢市)
    • 年月日
      2015-09-13
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Mechanisms of selection of channel for substrate transport in GatCAB (oral)2015

    • 著者名/発表者名
      Jiyoung Kang, Masaru Tateno
    • 学会等名
      第53回生物物理学会年会 2015
    • 発表場所
      金沢大学角間キャンパス(石川県金沢市)
    • 年月日
      2015-09-13
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Novel algorithm for identification of gene clusters in whole genome DNA sequences by combining rigorous and heuristic schemes (oral)2015

    • 著者名/発表者名
      Yuhya Takahashi, Jiyoung Kang, Masaru Tateno
    • 学会等名
      第53回生物物理学会年会 2015
    • 発表場所
      金沢大学角間キャンパス(石川県金沢市)
    • 年月日
      2015-09-13
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Structural modeling of negatively supercoiled DNA recognition peptide with crossover DNA (oral)2015

    • 著者名/発表者名
      Kakeru Sakabe, Jiyoung Kang, Masaru Tateno
    • 学会等名
      第53回生物物理学会年会 2015
    • 発表場所
      金沢大学角間キャンパス(石川県金沢市)
    • 年月日
      2015-09-13
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Proton transfer mechanisms of photosystem II : Hybrid ab initio quantum mechanics study2015

    • 著者名/発表者名
      Atsushi Nakamura, Jiyoung Kang, Yasufumi Umena, Keisuke Kawakami, Jian-Ren, Nobuo Kamiyama, Masaru Tateno
    • 学会等名
      第53回生物物理学会年会 2015
    • 発表場所
      金沢大学角間キャンパス(石川県金沢市)
    • 年月日
      2015-09-13
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Determination of configurations of ligands bound to CuB site of bovine cytochrome c oxidases by using spatial mapping technique of energy2015

    • 著者名/発表者名
      Kang, J., Matsuoka, T., and Tateno, M.
    • 学会等名
      The annual evaluation conference of the leading program
    • 発表場所
      Center of Advanced Sciences and Technologies (CAST) (兵庫)
    • 年月日
      2015-03-16 – 2015-03-17
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Propagation pathways of structural changes for T/R transition: Modulation mechanism of O2 affinity of human adult haemoglobin2015

    • 著者名/発表者名
      Tateno, M., Itagaki, T., and Kang, J.
    • 学会等名
      The annual evaluation conference of the leading program
    • 発表場所
      Center of Advanced Sciences and Technologies (CAST) (兵庫)
    • 年月日
      2015-03-16 – 2015-03-17
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Development and application of structural analysis system of protein- protein complexes based on identifications of hydrogen bond network2015

    • 著者名/発表者名
      Takeda, T., Kang, J., and Tateno, M.
    • 学会等名
      The annual evaluation conference of the leading program
    • 発表場所
      Center of Advanced Sciences and Technologies (CAST) (兵庫)
    • 年月日
      2015-03-16 – 2015-03-17
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Structural modeling of negatively supercoiled DNA recognition peptide complexed with crossover double stranded DNA molecules2015

    • 著者名/発表者名
      Sato, C., Kang, J., and Tateno, M.
    • 学会等名
      The annual evaluation conference of the leading program
    • 発表場所
      Center of Advanced Sciences and Technologies (CAST) (兵庫)
    • 年月日
      2015-03-16 – 2015-03-17
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Identification of DNA binding motifs of topoisomerase IIb in rat whole genome DNA sequence : Mechanism of DNA recognition2015

    • 著者名/発表者名
      Sugimoto, A., Kang, J., and Tateno, M.
    • 学会等名
      The annual evaluation conference of the leading program
    • 発表場所
      Center of Advanced Sciences and Technologies (CAST) (兵庫)
    • 年月日
      2015-03-16 – 2015-03-17
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Novel algorithm for identification of gene clusters in whole genome DNA sequences by combining rigorous and heuristic schemes2015

    • 著者名/発表者名
      Takahashi, Y., Kang, J., and Tateno, M.
    • 学会等名
      The annual evaluation conference of the leading program
    • 発表場所
      Center of Advanced Sciences and Technologies (CAST) (兵庫)
    • 年月日
      2015-03-16 – 2015-03-17
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Theoretical analysis of proton transfer mechanisms of photosystem II employing hybrid quantum molecular dynamics simulation2015

    • 著者名/発表者名
      Nakamura, A., Kang, J., and Tateno, M.
    • 学会等名
      The annual evaluation conference of the leading program
    • 発表場所
      Center of Advanced Sciences and Technologies (CAST) (兵庫)
    • 年月日
      2015-03-16 – 2015-03-17
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Comparison of electronic structures of the proximal cluster in membrane bound hydrogenases (MBH) in the presence and absence of a hydroxide ligand2015

    • 著者名/発表者名
      Kim, J., Kang, J., and Tateno, M.
    • 学会等名
      The annual evaluation conference of the leading program
    • 発表場所
      Center of Advanced Sciences and Technologies (CAST) (兵庫)
    • 年月日
      2015-03-16 – 2015-03-17
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Dual catalytic pathways identified in complex of oncogenic product Ras and Ras-GAP2015

    • 著者名/発表者名
      Sakabe, K., Kang, J., and Tateno, M.
    • 学会等名
      The annual evaluation conference of the leading program
    • 発表場所
      Center of Advanced Sciences and Technologies (CAST) (兵庫)
    • 年月日
      2015-03-16 – 2015-03-17
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] トポイソメラーゼIIβの酵素活性と核内動態はC末端ドメインへのRNAの結合によって制御されている2014

    • 著者名/発表者名
      小野田彰久、細谷 修、佐野訓明、宮地まり、筒井 研、筒井公子
    • 学会等名
      第32回染色体ワークショップ・第13回細胞核ダイナミクス研究会
    • 発表場所
      安芸グランドホテル(広島県)
    • 年月日
      2014-12-15 – 2014-12-17
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] A novel domain of topoisomerase IIb regulates nuclear dynamics and catalytic activity of the enzyme by binding to RNA2014

    • 著者名/発表者名
      Tsutsui, K.M., Hosoya, O., Onoda, A., Sano, K., Kimura, H., Miyaji, M., and Tsutsui, K.
    • 学会等名
      第37回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜(横浜)
    • 年月日
      2014-11-25 – 2014-11-27
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] DNAトポイソメラーゼIIβによる核内構造変化と遺伝子発現調節2014

    • 著者名/発表者名
      古田良平、宮地まり、細谷 修、佐野訓明、筒井公子、筒井 研
    • 学会等名
      第37回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜(横浜)
    • 年月日
      2014-11-25 – 2014-11-27
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] RNA regulates nuclear dynamics and catalytic activity of topoisomerase IIbeta by binding to a novel domain of the enzyme2014

    • 著者名/発表者名
      Tsutsui, K.M., Hosoya, O., Onoda, A., Sano, K., Kawano, S., Miyaji, M., and Tsutsui, K.
    • 学会等名
      Cell Symposia “Regulatory RNAs”
    • 発表場所
      Berkeley (US)
    • 年月日
      2014-10-19 – 2014-10-21
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] RNAによるDNAトポイソメラーゼIIαの酵素活性制御機構の解析2014

    • 著者名/発表者名
      加藤佑梨、岡朶夏海、藤本薫平、池田正五、筒井公子、筒井 研、河野真二
    • 学会等名
      第87回日本生化学会大会
    • 発表場所
      京都国際会館(京都)
    • 年月日
      2014-10-15 – 2014-10-18
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Theoretical analysis of functional mechanisms of hydrogenases using ab initio electronic calculation and molecular mechanics calculations2014

    • 著者名/発表者名
      Kim, J., Kang, J., and Tateno, M.
    • 学会等名
      2nd International Picobiology Institute Symposium
    • 発表場所
      Center of Advanced Sciences and Technologies (CAST) (兵庫)
    • 年月日
      2014-10-09 – 2014-10-10
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Modulation of atomic electron densities of cytosine base through proton dislocation for catalytic enhancement by M. HhaI DNA methyltransferase2014

    • 著者名/発表者名
      Kang, J., and Tateno, M.
    • 学会等名
      2nd International Picobiology Institute Symposium
    • 発表場所
      Center of Advanced Sciences and Technologies (CAST) (兵庫)
    • 年月日
      2014-10-09 – 2014-10-10
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Theoretical and computational investigations of functional mechanisms of biological macromolecules2014

    • 著者名/発表者名
      Masaru Tateno
    • 学会等名
      International Picobiology Institute Symposium
    • 発表場所
      理化学研究所・放射光科学総合研究センター (兵庫県佐用郡佐用町)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 生命の計算科学: そのターゲットは?2014

    • 著者名/発表者名
      Masaru Tateno
    • 学会等名
      第2回放射光と計算科学の研究会
    • 発表場所
      姫路じばさんびる (兵庫県姫路市南駅前町)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Development and application of novel algorithm for protein-protein docking simulation based on intermolecular hydrogen-bond networks2014

    • 著者名/発表者名
      Takuya Takeda, Jiyoung Kang, Masaru Tateno
    • 学会等名
      International Picobiology Institute Symposium
    • 発表場所
      理化学研究所・放射光科学総合研究センター (兵庫県佐用郡佐用町)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Novel computational scheme for structural determination of multiple conformational segments of biological macromolecules employing crystallographic electron density data in low resolution regions2014

    • 著者名/発表者名
      Kiyohito Kihira, Jiyoung Kang, Hiroshi Nishigami, Masaru Tateno, Tomitake Tsukihara
    • 学会等名
      International Picobiology Institute Symposium
    • 発表場所
      理化学研究所・放射光科学総合研究センター (兵庫県佐用郡佐用町)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Is allosteric mechanism really required for cooperative O2 affinity of human adult haemoglobin ?2014

    • 著者名/発表者名
      Tetsuhiko Itagaki, Jiyoung Kang, Masaru Tateno
    • 学会等名
      International Picobiology Institute Symposium
    • 発表場所
      理化学研究所・放射光科学総合研究センター (兵庫県佐用郡佐用町)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Development and application of ab initio identification system of transcription factor binding motif in genome-wide data2014

    • 著者名/発表者名
      Yuya Takahashi, Jiyoung Kang, Kim Kyoung-tark, Masaru Tateno
    • 学会等名
      International Picobiology Institute Symposium
    • 発表場所
      理化学研究所・放射光科学総合研究センター (兵庫県佐用郡佐用町)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Functional mechanism of bovine cytochrome c oxidase (I) -- Double-stratified architecture of CuA site for electron transfer2014

    • 著者名/発表者名
      Jiyoung Kang, Masaru Tateno
    • 学会等名
      International Picobiology Institute Symposium
    • 発表場所
      理化学研究所・放射光科学総合研究センター (兵庫県佐用郡佐用町)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Functional mechanism of bovine cytochrome c oxidase (II) -- Dynamical mechanism of ligand recognition2014

    • 著者名/発表者名
      Toru Matsuoka, Jiyoung Kang, Masaru Tateno
    • 学会等名
      International Picobiology Institute Symposium
    • 発表場所
      理化学研究所・放射光科学総合研究センター (兵庫県佐用郡佐用町)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Cation-π vs. Water-π : Theoretical evaluation of structural stability of the active center of T1 lipase and identification of a novel protein structural element2014

    • 著者名/発表者名
      Atsushi Nakamura, Jiyoung Kang, Masaru Tateno
    • 学会等名
      International Picobiology Institute Symposium
    • 発表場所
      理化学研究所・放射光科学総合研究センター (兵庫県佐用郡佐用町)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Dynamical mechanism of catalysis by complex of oncogenic product Ras and Ras-GAP2014

    • 著者名/発表者名
      Masaru Tateno, Tetsuhiko Itagaki, Jiyoung Kang
    • 学会等名
      International Picobiology Institute Symposium
    • 発表場所
      理化学研究所・放射光科学総合研究センター (兵庫県佐用郡佐用町)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Catalytic mechanism of complex of valyl-tRNA synthetase and mis-aminoacylated tRNA2014

    • 著者名/発表者名
      Kakeru Sakabe, Jiyoung Kang, Masaru Tateno
    • 学会等名
      International Picobiology Institute Symposium
    • 発表場所
      理化学研究所・放射光科学総合研究センター (兵庫県佐用郡佐用町)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Hybrid Catalysis of Protein and RNA Enzyme2013

    • 著者名/発表者名
      Masaru Tateno
    • 学会等名
      Annual Global Congress of Catalysis
    • 発表場所
      Dalian (中国)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Theoretical Investigation of Catalytic Mechanisms of Biological Macromolecules: Toward Development of a Novel scheme for Molecular Design2013

    • 著者名/発表者名
      Masaru Tateno
    • 学会等名
      Annual International Conference of Medichem
    • 発表場所
      Haikou (中国)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 量子と情報による生命の理解2013

    • 著者名/発表者名
      Masaru Tateno
    • 学会等名
      第25回 異分野交流研究会
    • 発表場所
      アーバンエース三宮ビル (兵庫県神戸市中央区)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Multiple molecular dynamics simulations of human adult haemoglobin: Novel intra-molecular signal propagation pathways for nonlinear response in ligand-binding,2013

    • 著者名/発表者名
      Tetsuhiko Itagaki, Jiyoung Kang, Masaru Tateno
    • 学会等名
      International Conference on Molecular Simulation 2013
    • 発表場所
      神戸国際会議場 (兵庫県神戸市中央区)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Hybrid quantum mechanics (QM) / molecular mechanics (MM) molecular dynamics (MD) simulation of catalytic mechanism by complex of Ras and Ras-GAP: Full description of catalytic mechanisms2013

    • 著者名/発表者名
      Masaru Tateno, Tetsuhiko Itagaki, Jiyoung Kang
    • 学会等名
      International Conference on Molecular Simulation 2013
    • 発表場所
      神戸国際会議場 (兵庫県神戸市中央区)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Hybrid QM/MM simulation of bovine cytochrome c oxidase (II): Dynamical mechanisms of ligand recognition2013

    • 著者名/発表者名
      Toru Matsuoka, Jiyoung Kang, Masaru Tateno
    • 学会等名
      International Conference on Molecular Simulation 2013
    • 発表場所
      神戸国際会議場 (兵庫県神戸市中央区)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Cation-π vs. Water-π : Theoretical analysis of structural stability of the active center of T1 lipase employing a novel accurate and efficient description of effective potential2013

    • 著者名/発表者名
      Atsushi Nakamura, Jiyoung Kang, Masaru Tateno
    • 学会等名
      International Conference on Molecular Simulation 2013
    • 発表場所
      神戸国際会議場 (兵庫県神戸市中央区)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Hybrid QM/MM simulation of bovine cytochrome c oxidase (I) : Double-stratified architecture for electron transfer2013

    • 著者名/発表者名
      Jiyoung Kang, Masaru Tateno
    • 学会等名
      International Conference on Molecular Simulation 2013
    • 発表場所
      神戸国際会議場 (兵庫県神戸市中央区)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Catalytic mechanisms by Ras:hybrid quantum mechanics/molecular mechanics molecular dynamics simulations of the complex with the GAP2013

    • 著者名/発表者名
      Takuya Takeda, Tetsuhiko Itagaki, Jiyoung Kang, Masaru Tateno
    • 学会等名
      第13回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      とりぎん文化会館 (鳥取市尚徳町)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Theoretical analysis of fully-hydrated structures of human adult hemoglobin employing multiple molecular dynamics simulations2013

    • 著者名/発表者名
      Tetsuhiko Itagaki, Jiyoung Kang, Masaru Tateno
    • 学会等名
      第13回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      とりぎん文化会館 (鳥取市尚徳町)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Theoretical analysis of binding modes of CO ligand bound to the CuB site of bovine cytochrome c oxidase by using ab initio calculations2013

    • 著者名/発表者名
      Toru Matsuoka, Jiyoung Kang, Masaru Tateno
    • 学会等名
      第13回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      とりぎん文化会館 (鳥取市尚徳町)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Theoretical study of functional role of axial methionine ligand of CuA site in cytochrome c oxidases2013

    • 著者名/発表者名
      Jiyoung Kang, Masaru Tateno
    • 学会等名
      第13回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      とりぎん文化会館 (鳥取市尚徳町)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Unidirectional mechanistic valve for substrate transport in GatCAB revealed by multiple molecular dynamics simulations2013

    • 著者名/発表者名
      Masaru Tateno, Jiyoung Kang,
    • 学会等名
      第13回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      とりぎん文化会館 (鳥取市尚徳町)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Novel computational system for protein-protein docking simulation based on informatical extensive search of intermolecular hydrogen bond networks2013

    • 著者名/発表者名
      Takuya Takeda, Jiyoung Kang, Kazushi Kitta, Masaru Tateno
    • 学会等名
      第86回日本生化学会年会
    • 発表場所
      パシィフィコ横浜 (横浜市西区)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Modulation mechanism of oxygen affinity of human adult hemoglobin through novel pathways for structural propagation in T/R transition revealed by multiple molecular dynamics simulations2013

    • 著者名/発表者名
      Tetsuhiko Itagaki, Jiyoung Kang, Masaru Tateno
    • 学会等名
      第86回日本生化学会年会
    • 発表場所
      パシィフィコ横浜 (横浜市西区)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Dynamical enzymatic mechanisms of GTP hydrolysis by complex of oncogenic product Ras and Ras-GAP: hybrid quantum mechanics / molecular mechanics molecular dynamics simulations2013

    • 著者名/発表者名
      Masaru Tateno, Jiyoung Kang, Kyoung-Tark Kim
    • 学会等名
      第86回日本生化学会年会
    • 発表場所
      パシィフィコ横浜 (横浜市西区)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Dynamical mechanisms of ligand recognition of bovine cytochrome c oxidase: theoretical analysis using hybrid quantum mechanics / molecular mechanics (QM/MM) molecular dynamics (MD) simulation2013

    • 著者名/発表者名
      Toru Matsuoka, Jiyoung Kang, Masaru Tateno
    • 学会等名
      第86回日本生化学会年会
    • 発表場所
      パシィフィコ横浜 (横浜市西区)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] MODIC2: ab initio identification system of transcription factor binding motifs in genome-wide data2013

    • 著者名/発表者名
      Yuya Takahashi, Jiyoung Kang, Kyoung-tark Kim, Masaru Tateno
    • 学会等名
      第86回日本生化学大会
    • 発表場所
      パシィフィコ横浜 (横浜市西区)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] A novel algorithm for structural determination of multiple conformational segments in biological macromolecules employing electron density data involved in small scattering-angle regions2013

    • 著者名/発表者名
      Kiyohito Kihira, Jiyoung Kang, Hiroshi Nishigami, Masaru Tateno, Tomitake Tsukihara
    • 学会等名
      第86回日本生化学会大会
    • 発表場所
      パシィフィコ横浜 (横浜市西区)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] SBP75の選択的DNA高次構造認識2013

    • 著者名/発表者名
      佐野訓明、山崎和彦、筒井公子、筒井 研
    • 学会等名
      第86回 日本生化学会大会
    • 発表場所
      パシィフィコ横浜 (横浜市西区)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] DNA トポイソメラーゼIIβのC末端領域による酵素反応制御機構の解析2013

    • 著者名/発表者名
      河野真二、加藤佑梨、小野田彰久、木山和子、池田正五、筒井公子、筒井 研
    • 学会等名
      第86回 日本生化学会大会
    • 発表場所
      パシィフィコ横浜 (横浜市西区)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Biochemical and structural basis of epigenetic regulation: dynamical catalytic mechanism of HhaI DNA methyltransferase revealed by quantum mechanics/molecular mechanics molecular dynamics simulations2013

    • 著者名/発表者名
      Jiyoung Kang and Masaru Tateno
    • 学会等名
      第86回日本生化学会大会
    • 発表場所
      パシィフィコ横浜 (横浜市西区)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Novel computational system for protein-protein docking simulation using the intermolecular hydrogen-bond networks2013

    • 著者名/発表者名
      Takuya Takeda, Jiyoung Kang, Kazushi Kitta, Masaru Tateno
    • 学会等名
      日本バイオインフォマティクス学会2013年年会&第2回生命医薬情報学連大会
    • 発表場所
      タワーホール船堀 (東京都江戸川区)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Development and evaluation of a novel ab initio identification system of transcription factor binding motifs in genome DNA sequences2013

    • 著者名/発表者名
      Masaru Tateno, Ryu Nakaki and Jiyoung Kang
    • 学会等名
      日本バイオインフォマティクス学会2013年年会&第2回生命医薬情報学連合大会
    • 発表場所
      タワーホール船堀 (東京都江戸川区)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Novel structural determination algorithm of multiple conformational segments of biological macromolecules employing crystallographic electron density data in low-angle/low-resolution regions2013

    • 著者名/発表者名
      Jiyoung Kang, Kiyohito Kihira, Hiroshi Nishigami, Masaru Tateno and Tomitake Tsukihara
    • 学会等名
      日本バイオインフォマティクス学会2013年年会&第2回生命医薬情報学連合大会
    • 発表場所
      タワーホール船堀 (東京都江戸川区)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Novel algorithm for protein-protein docking simulation on the basis of intermolecular hydrogen-bond networks2013

    • 著者名/発表者名
      Takuya Takeda, Jiyoung Kang, Kazushi Kitta, Masaru Tateno
    • 学会等名
      第36回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      神戸国際会議場 (兵庫県神戸市中央区)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Modulation mechanism of oxygen affinity of human adult hemoglobin: Novel structural propagation pathways in T/R transition identified by multiple molecular dynamics simulations2013

    • 著者名/発表者名
      Tetsuhiko Itagaki, Jiyoung Kang, Masaru Tateno
    • 学会等名
      第36回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      神戸国際会議場 (兵庫県神戸市中央区)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Full description of reaction mechanism of GTP hydrolysis by complex of Ras and Ras-GAP revealed by hybrid quantum mechanics / molecular mechanics molecular dynamics simulations2013

    • 著者名/発表者名
      Masaru Tateno, Tetsuhiko Itagaki, Jiyoung Kang
    • 学会等名
      第36回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      神戸国際会議場 (兵庫県神戸市中央区)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Hybrid quantum molecular dynamics study of structural changes of bovine cytochrome c oxidase induced by ligand-binding,2013

    • 著者名/発表者名
      Toru Matsuoka, Jiyoung Kang, Masaru Tateno
    • 学会等名
      第36回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      神戸国際会議場 (兵庫県神戸市中央区)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Novel structural determination scheme of multiple conformational segments of biological macromolecules employing crystallographic electron density data in low-angle/low-resolution regions2013

    • 著者名/発表者名
      Kiyohito Kihira, Jiyoung Kang, Hiroshi Nishigami, Masaru Tateno, Tomitake Tukihara
    • 学会等名
      第36回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      神戸国際会議場 (兵庫県神戸市中央区)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Dynamical analysis of catalytic reaction of complex of valyl-tRNA synthetase and its cognate tRNA using hybrid ab initio quantum mechanics molecular dynamics simulation2013

    • 著者名/発表者名
      Kakeru Sakabe, Jiyoung Kang, Masaru Tateno
    • 学会等名
      第36回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      神戸国際会議場 (兵庫県神戸市中央区)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Development and application of ab initio transcription factor binding motif finder from genome-wide data2013

    • 著者名/発表者名
      Yuya Takahashi, Jiyoung Kang, Kyoung-tark Kim, Masaru Tateno
    • 学会等名
      第36回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      神戸国際会議場 (兵庫県神戸市中央区)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Theoretical study of catalytic mechanism of M. HhaI DNA methyltransferase using hybrid quantum mechanics molecular dynamics simulations2013

    • 著者名/発表者名
      Jiyoung Kang, Masaru Tateno
    • 学会等名
      第36回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      神戸国際会議場 (兵庫県神戸市中央区)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] DNAトポイソメラーゼIIβによる遺伝子制御と核構造2013

    • 著者名/発表者名
      古田良平、宮地まり、佐野訓明、細谷 修、筒井公子、筒井 研
    • 学会等名
      第36回 日本分子生物学会
    • 発表場所
      神戸国際会議場 (兵庫県神戸市中央区)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [備考] MODIC2 : ab initio Motif Finder(ウェブ解析サービスの提供)

    • URL

      http://164.125.114.200/~jykang/modic.html

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [備考] MODIC2: 転写制御配列・自動同定解析システム(自動解析ウェブ・サービスシステムの開発)

    • URL

      http://lat.pusan.ac.kr/~jykang/modic.html

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書

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公開日: 2013-05-21   更新日: 2019-07-29  

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