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単細胞トランスクリプトームによる細胞階層性構造の解明

研究課題

研究課題/領域番号 25290071
研究種目

基盤研究(B)

配分区分一部基金
応募区分一般
研究分野 ゲノム医科学
研究機関金沢大学

研究代表者

橋本 真一  金沢大学, 医学系, 特任教授 (00313099)

研究分担者 土井 晃一郎  東京大学, 新領域創成科学研究科, 特任講師 (10345126)
連携研究者 松島 綱治  東京大学, 医学系研究科, 教授 (50222427)
鳥越 俊彦  札幌医科大学, 医学部, 教授 (20301400)
研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2016-03-31
研究課題ステータス 完了 (2015年度)
配分額 *注記
18,330千円 (直接経費: 14,100千円、間接経費: 4,230千円)
2015年度: 5,330千円 (直接経費: 4,100千円、間接経費: 1,230千円)
2014年度: 6,240千円 (直接経費: 4,800千円、間接経費: 1,440千円)
2013年度: 6,760千円 (直接経費: 5,200千円、間接経費: 1,560千円)
キーワード遺伝子発現 / 1細胞 / 癌細胞 / がん幹細胞 / 1細胞 / モニタリング / single cell / gene expression / バイオテクノロジー / ゲノム / 癌 / シングルセル
研究成果の概要

細胞集団の1細胞ずつの性格を明らかにし、真の細胞状態を把握することは生物学の研究にとって非常に重要である。本研究では微量/1細胞トランスクリプトーム解析法を開発し、がん細胞や免疫細胞の細胞集団の階層性を明らかにし、真の細胞状態を把握することで将来的に臨床研究に役立てることを目的とする。本研究では単一細胞遺伝子発現解析の発展系として数百以上の1細胞の遺伝子発現を同時に観察出来る革新的な技術(Nx1-seq)を開発した。この方法を用いて新たにがん細胞株、免疫細胞の1細胞遺伝子解析を行い有用性を確認した。

報告書

(4件)
  • 2015 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2014 実績報告書
  • 2013 実績報告書
  • 研究成果

    (12件)

すべて 2015 2014 2013

すべて 雑誌論文 (8件) (うち国際共著 2件、 査読あり 8件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (2件) (うち国際学会 1件) 産業財産権 (2件)

  • [雑誌論文] Reduced supply of monocyte-derived macrophages leads to a transition from nodular to diffuse lesions and tissue cell activation in silica-induced pulmonary fibrosis in mice.2015

    • 著者名/発表者名
      Shigeyuki Shichino, Jun Abe, Satoshi Ueha, Mikiya Otsuji, Tatsuya Tsukui, Mizuha Kosugi-Kanaya, Francis HW Shand, Shin-ichi Hashimoto, Hiroshi I. Suzuki, Teppei Morikawa, Yutaka Inagaki, and Kouji Matsushima:
    • 雑誌名

      Am J Pathol

      巻: 185 号: 11 ページ: 2923-2938

    • DOI

      10.1016/j.ajpath.2015.07.013

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Associations between nucleosome phasing, sequence asymmetry, and tissue-specific expression in a set of inbred Medaka species.2015

    • 著者名/発表者名
      Nakatani Y, Mello CC, Hashimoto S, Shimada A, Nakamura R, Tsukahara T, Qu W, Yoshimura J, Suzuki Y, Sugano S, Takeda H, Fire A, Morishita S.
    • 雑誌名

      BMC Genomics

      巻: 16(1) 号: 1 ページ: 978-978

    • DOI

      10.1186/s12864-015-2198-5

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Lymph Node Stromal Cells Negatively Regulate Antigen-Specific CD4+ T Cell Responses.2014

    • 著者名/発表者名
      Abe J, Shichino S, Ueha S, Hashimoto S, Tomura M, Inagaki Y, Stein JV, Matsushima K.
    • 雑誌名

      J Immunol.

      巻: 193 号: 4 ページ: 1636-1644

    • DOI

      10.4049/jimmunol.1302946

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Pro-inflammatory/Th1 gene expression shift in high glucose stimulated mesangial cells and tubular epithelial cells.2014

    • 著者名/発表者名
      Iwata Y, Furuichi K, Hashimoto S, Yokota K, Yasuda H, Sakai N, Kitajima S, Toyama T, Shinozaki Y, Sagara A, Matsushima K, Kaneko S, Wada T.
    • 雑誌名

      Biochem Biophys Res Commun

      巻: 443 号: 3 ページ: 969-974

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2013.12.072

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] The transcription start site landscape of C. elegans2013

    • 著者名/発表者名
      Saito TL, Hashimoto S, Gu SG, Morton JJ, Stadler M, Blumenthal T, Fire A, Morishita S
    • 雑誌名

      Genome Research

      巻: 23(8) 号: 8 ページ: 1348-61

    • DOI

      10.1101/gr.151571.112

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Coordinated Changes in DNA Methylation in Antigen-Specific Memory CD4 T Cells2013

    • 著者名/発表者名
      Hashimoto S, Ogoshi K, Sasaki A, Abe J, Qu W, Nakatani Y, Ahsan B, Oshima K, Shand FH, Ametani A, Suzuki Y, Kaneko S, Wada T, Hattori M, Sugano S,Morishita S, Matsushima K
    • 雑誌名

      J Immunol

      巻: 190 号: 8 ページ: 4076-4091

    • DOI

      10.4049/jimmunol.1202267

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Qualitative Rather than Quantitative Changes Are Hallmarks of Fibroblasts in Bleomycin-Induced Pulmonary Fibrosis2013

    • 著者名/発表者名
      Tatsuya Tsukui, Satoshi Ueha, Jun Abe, Shin-ichi Hashimoto, Shigeyuki Shichino, Takeshi Shimaoka, Francis H. W. Shand, Yasuka Arakawa, Kenshiro Oshima, Masahira Hattori, Yutaka
    • 雑誌名

      The American Journal of Pathology

      巻: 3 号: 3 ページ: 758-773

    • DOI

      10.1016/j.ajpath.2013.06.005

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A unique dermal dendritic cell subset that skews the immune response toward Th2.2013

    • 著者名/発表者名
      2.Murakami R, Denda-Nagai K, Hashimoto S, Nagai S, Hattori M, Irimura T.
    • 雑誌名

      PLoS One.

      巻: 8 号: 9 ページ: e73270-e73270

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0073270

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Comprehensive single-cell transcriptome reveals heterogeneity in cancer tissue2015

    • 著者名/発表者名
      Shinichi Hashimoto
    • 学会等名
      Cold Spring Harbor Laboratory, Single cell meeting
    • 発表場所
      Cold Spring Harbor Laboratory
    • 年月日
      2015-11-11
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] がん組織における包括的1細胞遺伝子発現解析2015

    • 著者名/発表者名
      鳥越俊彦、橋本真一
    • 学会等名
      第74回日本癌学会学術総会
    • 発表場所
      名古屋国際会議場
    • 年月日
      2015-10-08
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [産業財産権] 抗B型肝炎ウイルス薬2015

    • 発明者名
      橋本 真一、金子 周一、本多 政夫、白崎 尚芳、山下 太郎
    • 権利者名
      橋本 真一、金子 周一、本多 政夫、白崎 尚芳、山下 太郎
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      2015-219183
    • 出願年月日
      2015-11-09
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [産業財産権] 単一細胞由来核酸の解析方法2014

    • 発明者名
      橋本真一、金子周一、松島綱治
    • 権利者名
      橋本真一、金子周一、松島綱治
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      2014-095011
    • 出願年月日
      2014-05-02
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書

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公開日: 2013-05-21   更新日: 2019-07-29  

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