多次元プロテオミクスによる細胞内パスウェイ構造決定法の確立

• 研究課題/領域番号: 25290078
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 一部基金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: システムゲノム科学
• 研究機関: 九州大学
• 研究代表者: 松本 雅記 九州大学, 生体防御医学研究所, 准教授 (60380531)
• 連携研究者: 中山 敬一 九州大学生体防御医学研究所, 教授 (80291508)
• 研究期間 (年度): 2013-04-01 – 2016-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2015年度)
• 配分額: 18,460千円 (直接経費: 14,200千円、間接経費: 4,260千円); 2015年度: 5,330千円 (直接経費: 4,100千円、間接経費: 1,230千円); 2014年度: 5,330千円 (直接経費: 4,100千円、間接経費: 1,230千円); 2013年度: 7,800千円 (直接経費: 6,000千円、間接経費: 1,800千円)
• キーワード: 代謝 / プロテオミクス / シグナル伝達

研究成果の概要

本研究ではゲノムワイドな組換えタンパク質ライブラリーを用いたターゲットプロテオミクス解析プラットフォームであるiMPAQT(in vitro proteome assisted protein absolute quantification)法を構築し、これを用いて細胞内パスウェイを定量的な可視化を試みた。18000以上のヒト組換えタンパク質に対して質量分析によってターゲットプロテオミクスに必要な情報取得し、データベース化を完了した。本プラットフォームを用いて、代謝経路やシグナル伝達経路を構成するタンパク質の発現絶対量を複数の細胞に対して実施し、生化学パスウェイの定量的構造取得に成功した。

研究成果

• [雑誌論文] Akt1-mediated Gata3 phosphorylation controls the repression of IFNγ in memory-type Th2 cells (2016)
  • 著者名/発表者名: Hosokawa H, Tanaka T, Endo Y, Kato M, Shinoda K, Suzuki A, Motohashi S, Matsumoto M, Nakayama K, Nakayama T.
  • 雑誌名: Nat. Commun. 巻: - ページ: 11289-11289
  • DOI: 10.1038/ncomms11289
  • 査読あり / オープンアクセスとしている / 国際共著/国際学会である / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Identification of low-abundance proteins in serum via the isolation of HSP72 complexes (2016)
  • 著者名/発表者名: 2)Ozeki Y, Igarashi M, Doe M, Tamaru A, Kinoshita N, Ogura Y, Iwamoto T, Sawa R, Umekita M, Enany S, Nishiuchi Y, Osada-Oka M, Hayashi T, Niki M, Tateishi Y, Hatano M, Matsumoto S.
  • 雑誌名: J Proteomics 巻: 10 ページ: 214-221
  • DOI: 10.1016/j.jprot.2016.01.008
  • 査読あり / オープンアクセスとしている / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Truncation mutants of ASXL1 observed in myeloid malignancies are expressed at detectable protein levels (2016)
  • 著者名/発表者名: Inoue D, Matsumoto M, Nagase R, Saika M, Fujino T, Nakayama KI, Kitamura T.
  • 雑誌名: Exp Hematol 巻: 44 ページ: 172-176
  • DOI: 10.1016/j.exphem.2015.11.011
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] UV Damage-Induced Phosphorylation of HBO1 Triggers CRL4DDB2-Mediated Degradation to Regulate Cell proliferation. (2016)
  • 著者名/発表者名: Matsunuma R, Niida H, Ohhata T, Kitagawa K, Sakai S, Uchida C, Shiotani B, Matsumoto M, Nakayama KI, Ogura H, Shiiya N, Kitagawa M.
  • 雑誌名: Mol. Cell. Biol. 巻: 36 ページ: 394-406
  • DOI: 10.1128/mcb.00809-15
  • 査読あり / 国際共著/国際学会である / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Tissue-specific expression of histone H3 variants diversified after species separation. (2015)
  • 著者名/発表者名: Maehara K, Harada A, Sato Y, Matsumoto M, Nakayama KI, Kimura H, Ohkawa Y.
  • 雑誌名: Epigenetics Chromatin. 巻: 8 ページ: 1-17
  • DOI: 10.1186/s13072-015-0027-3
  • 査読あり / オープンアクセスとしている / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Reconstruction of insulin signal flow from phosphoproteome and metabolome data. (2014)
  • 著者名/発表者名: Yugi, K., Kubota, H., Toyoshima, Y., Noguchi, R., Kawata, K., Komori, Y., Uda, S., Kunida, K., Tomizawa, Y., Funato, Y., Miki, H., Matsumoto, M., Nakayama, K.I., Kashikura, K., Endo, K., Ikeda, K., Soga, T., Kuroda, S.
  • 雑誌名: Cell Rep 巻: 8 ページ: 1171-1183
  • DOI: 10.1016/j.celrep.2014.07.021
  • NAID: 120005537752
  • 査読あり / オープンアクセスとしている / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Hirano A, Yumimoto K, Tsunematsu R, Matsumoto M, Oyama M, Kozuka-Hata H, Nakagawa T, Lanjakornsiripan D, Nakayama KI, Fukada Y. (2013)
  • 著者名/発表者名: Arisa Hirano, Kanae Yumimoto, Ryosuke Tsunematsu, Masaki Matsumoto, Masaaki Oyama, Hiroko Kozuka-Hata, Tomoki Nakagawa, Darin Lanjakornsiripan, Keiichi I. Nakayama, and Yoshitaka Fukada
  • 雑誌名: Cell Stem Cell 巻: 152 ページ: 1106-1118
  • DOI: 10.1016/j.cell.2013.01.054
  • 査読あり
• [雑誌論文] F-box and WD repeat domain containing-7 (Fbxw7) targets endoplasmic reticulum-anchored osteogenic and chondrogenic transcriptional factors for degradation. (2013)
  • 著者名/発表者名: Yumimoto K., Matsumoto M., Onoyama I., Imaizumi K., Nakayama KI.
  • 雑誌名: Journal of Biological Chemistry 巻: 288 ページ: 28488-28502
  • DOI: 10.1074/jbc.m113.465179
  • 査読あり
• [学会発表] 大規模定量プロテオミクスで挑むがん代謝の実体解明 (2015)
  • 著者名/発表者名: 松本 雅記、中山 敬一
  • 学会等名: 第38回日本分子生物学会年会/第88回日本生化学会大会 合同大会
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 2015-12-01
• [学会発表] ハイスループットかつ精密な定量プロテオームのための試料調整法開発 (2015)
  • 著者名/発表者名: 松本 雅記
  • 学会等名: 日本プロテオーム学会年会
  • 発表場所: 熊本
  • 年月日: 2015-07-23
• [学会発表] 次世代ターゲットプロテオミクスによるヒト全代謝経路の絶対定量マッピング (2014)
  • 著者名/発表者名: 松本 雅記, 押川 清孝, 松崎 芙美子, 五島 直樹, 夏目 徹, 中山 敬一
  • 学会等名: 第87回日本生化学会大会
  • 発表場所: 国立京都国際会館
  • 年月日: 2014-10-15 – 2014-10-18
  • 招待講演
• [学会発表] プロテオーム研究を支えるインフォマティクス (2014)
  • 著者名/発表者名: 松本 雅記
  • 学会等名: 生命医薬情報学連合大会
  • 発表場所: 仙台国際センター
  • 年月日: 2014-10-02 – 2014-10-03
  • 招待講演
• [学会発表] 羅的ターゲットプロテオミクスによるヒトプロテオーム定量マップ作成 (2014)
  • 著者名/発表者名: 松本 雅記, 中山 敬一
  • 学会等名: 日本プロテオーム学会大会2014年会
  • 発表場所: つくば国際会議場
  • 年月日: 2014-07-17 – 2014-07-18
• [学会発表] リン酸化定量プロテオミクスによるシグナル伝達研究 (2014)
  • 著者名/発表者名: 松本 雅記、中津海 洋一、中山 敬一
  • 学会等名: 第１４回蛋白質科学会年会
  • 発表場所: ワークピア横浜
  • 年月日: 2014-06-25 – 2014-06-27
  • 招待講演
• [学会発表] 組み換えタンパク質を利用した大規模絶対定量 (2013)
  • 著者名/発表者名: 松本 雅記
  • 学会等名: 日本生化学会
  • 発表場所: 横浜
  • 招待講演
• [学会発表] 定量プロテオミクスの実際～装置と試料の取り扱い～ (2013)
  • 著者名/発表者名: 松本 雅記
  • 学会等名: Biological Mass Spectrometry Conference
  • 発表場所: 宮崎
  • 招待講演
• [備考] 九州大学生体防御医学研究所分子医科学分野
  • URL: http://www.bioreg.kyushu-u.ac.jp/saibou/index.html