蛋白質水和理論の新機軸：自己組織化および秩序化過程の統一的解明

• 研究課題/領域番号: 25291035
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 一部基金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 生物物理学
• 研究機関: 京都大学
• 研究代表者: 木下 正弘 京都大学, エネルギー理工学研究所, 教授 (90195339)
• 研究期間 (年度): 2013-04-01 – 2016-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2015年度)
• 配分額: 17,160千円 (直接経費: 13,200千円、間接経費: 3,960千円); 2015年度: 6,240千円 (直接経費: 4,800千円、間接経費: 1,440千円); 2014年度: 5,980千円 (直接経費: 4,600千円、間接経費: 1,380千円); 2013年度: 4,940千円 (直接経費: 3,800千円、間接経費: 1,140千円)
• キーワード: 自己組織化 / 構造形成 / フォールディング / 分子認識 / ATP駆動タンパク質 / 水和 / エントロピー / 積分方程式論 / ATP駆動蛋白質 / 秩序構造形成 / 水 / 蛋白質 / 生体分子 / 統計熱力学

研究成果の概要

生体分子の自己組織化によって形成された構造は，高圧をかけると崩れる（例：蛋白質の圧力変性，アクチンフィラメントのモノマーへの解離，アミロイド繊維の崩壊）。また，低温では構造形成力が弱まる（例：蛋白質の低温変性，ミオシンとアクチンの結合力の低下）。これらの実験事実を支配するのが，水の並進配置エントロピー効果の生体分子－水分子間多体相関成分であることを示した。蛋白質の折り畳み・種々の変性・共溶媒の添加効果を同じ理論的枠組みで説明できた。種々のタイプの分子認識を統一的に理解可能とした。ABCトランスポーターによる多剤排出の物理を明確にした。ATP駆動蛋白質の機能発現機構に対し，斬新な考え方を示した。

研究成果

• [雑誌論文] A highly efficient hybrid method for calculating the hydration free energy of a protein (2016)
  • 著者名/発表者名: H. Oshima, M. Kinoshita
  • 雑誌名: Journal of Computational Chemistry 巻: 37 号: 8 ページ: 712-723
  • DOI: 10.1002/jcc.24253
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Dynamics of the entropic insertion of a large sphere into a cylindrical vessel (2016)
  • 著者名/発表者名: Ryohei Hara, Ken-ichi Amano, Masahiro Kinoshita, and Akira Yoshimori
  • 雑誌名: The Journal of Chemical Physics 巻: 144 号: 10 ページ: 105103-105103
  • DOI: 10.1063/1.4943394
  • 査読あり
• [雑誌論文] Effects of Monohydric Alcohols and Polyols on the Thermal Stability of a Protein (2016)
  • 著者名/発表者名: S. Murakami and M. Kinoshita
  • 雑誌名: Journal of Chemical Physics 巻: 144 号: 12
  • DOI: 10.1063/1.4944680
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] An accurate and efficient computation method of the hydration free energy of a large, complex molecule (2015)
  • 著者名/発表者名: T. Yoshidome, T. Ekimoto, N. Matubayasi, Y. Harano, M. Kinoshita, and M. Ikeguchi
  • 雑誌名: J. Chem. Phys. 巻: 142 号: 17 ページ: 175101-11
  • DOI: 10.1063/1.4919636
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Physicochemical origin of high correlation between thermal stability of a protein and its packing efficiency: a theoretical study for staphylococcal nuclease mutants (2015)
  • 著者名/発表者名: K. Oda and M. Kinoshita
  • 雑誌名: Biophysics and Physicobiology 巻: 12 号: 0 ページ: 1-12
  • DOI: 10.2142/biophysico.12.0_1
  • NAID: 130005091756
  • ISSN: 2189-4779
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Penetration of platinum complex anions into porous silicon: Anomalous effect of pore diameter caused by surface-induced phase transition (2015)
  • 著者名/発表者名: Akira Koyama, Kazuhiro Fukami, Tetsuo Sakka, Takeshi Abe, Atsushi Kitada, Kuniaki Murase, Masahiro Kinoshita
  • 雑誌名: J. Phys. Chem. C 巻: 119 号: 33 ページ: 19105-19116
  • DOI: 10.1021/acs.jpcc.5b03852
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] On the physics of thermal-stability changes upon mutations of a protein (2015)
  • 著者名/発表者名: S. Murakami, H. Oshima, T. Hayashi, M. Kinoshita
  • 雑誌名: The Journal of Chemical Physics 巻: 143 号: 12 ページ: 125102-125102
  • DOI: 10.1063/1.4931814
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Mechanism of One-to-many Molecular Recognition Accompanying Target-dependent Structure Formation: For the Tumor Suppressor p53 Protein as an Example (2015)
  • 著者名/発表者名: T. Hayashi, H. Oshima, S. Yasuda, M. Kinoshita
  • 雑誌名: Journal of Physical Chemistry B 巻: 119 号: 44 ページ: 14120-14129
  • DOI: 10.1021/acs.jpcb.5b08513
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Statistical Thermodynamics for Functionally Rotating Mechanism of the Multidrug Efflux Transporter AcrB (2015)
  • 著者名/発表者名: H. Mishima, H. Oshima, S. Yasuda, M. Kinoshita
  • 雑誌名: Journal of Physical Chemistry B 巻: 119 号: 8 ページ: 3423-3433
  • DOI: 10.1021/jp5120724
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Essential roles of protein-solvent many-body correlation in solvent-entropy effect on protein folding and denaturation: Comparison between hard-sphere solvent and water (2015)
  • 著者名/発表者名: H. Oshima, M. Kinoshita
  • 雑誌名: The Journal of Chemical Physics 巻: 142 号: 14 ページ: 145103-145103
  • DOI: 10.1063/1.4917075
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Binding of an RNA aptamer and a partial peptide of a prion protein: crucial importance of water entropy in molecular recognition (2014)
  • 著者名/発表者名: T. Hayashi, H. Oshima, T. Mashima, T. Nagata, M. Katahira, M. Kinoshita
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 巻: 42 号: 11 ページ: 6861-6875
  • DOI: 10.1093/nar/gku382
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Changes in hydrophobic and hydrophilic hydration properties caused by raising the pressure or by lowering the temperature (2014)
  • 著者名/発表者名: M. Kinoshita, H. Oshima
  • 雑誌名: Chemical Physics Letters 巻: 610-611 ページ: 1-7
  • DOI: 10.1016/j.cplett.2014.07.010
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Effect of Cations Species on Surface-Induced Phase Transition Observed for Platinum Complex Anions in Platinum Electrodeposition Using Nanoporous Silicon (2014)
  • 著者名/発表者名: Ryo KODA, Akira KOYAMA, Kazuhiro FUKAMI, Naoya NISHI, Tetsuo SAKKA, Takeshi ABE, Atsushi KITADA, Kuniaki MURASE, and Masahiro KINOSHITA
  • 雑誌名: Journal of Chemical Physics 巻: 141 号: 7 ページ: 074701-074701
  • DOI: 10.1063/1.4892596
  • NAID: 120005477195
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Physical Origins of the High Structural Stability of CLN025 with Only Ten Residues (2014)
  • 著者名/発表者名: Satoshi YASUDA, Tomohiko HAYASHI, and Masahiro KINOSHITA
  • 雑誌名: Journal of Chemical Physics 巻: 141 号: 10
  • DOI: 10.1063/1.4894753
  • NAID: 120005702708
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Statistical Thermodynamics for the Molecular Recognition Accompanied by Global Structural Change of a Molecule upon Binding (2014)
  • 著者名/発表者名: Tomohiko Hayashi, Hiraku Oshima, Tsukasa Mashima, Takashi Nagata, Masato Katahira, and Masahiro Kinoshita
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 巻: in press
  • 査読あり
• [雑誌論文] Effects of sugars on the thermal stability of a protein (2013)
  • 著者名/発表者名: Hiraku Oshima and Masahiro Kinoshita
  • 雑誌名: The Journal of Chemical Physics 巻: 138 号: 24
  • DOI: 10.1063/1.4811287
  • 査読あり
• [雑誌論文] On the Physics of Multidrug Efflux through a Biomolecular Complex (2013)
  • 著者名/発表者名: H. Mishima, H. Oshima, S. Yasuda, K. Amano, M Kinoshita
  • 雑誌名: Journal of Chemical Physics 巻: 139 号: 20
  • DOI: 10.1063/1.4832896
  • 査読あり
• [雑誌論文] A New Theoretical Approach to Biological Self-Assembly (2013)
  • 著者名/発表者名: Masahiro Kinoshita
  • 雑誌名: Biophysical Reviews 巻: 5 号: 2 ページ: 283-293
  • DOI: 10.1007/s12551-012-0072-0
  • NAID: 120005477197
  • 査読あり
• [学会発表] Identification of thermostabilizing mutations for membrane proteins: Rapid method based on statistical thermodynamics (2016)
  • 著者名/発表者名: S. Yasuda, Y. Kajiwara, Y. Takamuku, N. Suzuki, T. Murata, and M. Kinoshita
  • 学会等名: Joint Workshop on Chirality in Chiba University (WCCU) and on Soft-Molecule Activation
  • 発表場所: 千葉大学
  • 年月日: 2016-03-17
• [学会発表] Identification of thermostabilizing mutations for membrane proteins: Rapid method based on statistical thermodynamics (2016)
  • 著者名/発表者名: S. Yasuda, Y. Kajiwara, Y. Takamuku, N. Suzuki, T. Murata, and M. Kinoshita
  • 学会等名: The 1st Symposium of Chiral Molecular Science & Technology in Chiba University -Advanced Materials Science, Biology & Nanophotonics in Chiba
  • 発表場所: 千葉大学
  • 年月日: 2016-02-29
• [学会発表] Expression, purification and crystallization of 5-HT2A receptor (2016)
  • 著者名/発表者名: N. Suzuki, A. Saito, K. Hitomi, K. Mizutani, Y. Kajiwara, S. Yasuda, M. Kinoshita, and T. Murata
  • 学会等名: Identification of thermostabilizing mutations for membrane proteins: Rapid method based on statistical thermodynamics
  • 発表場所: 千葉大学
  • 年月日: 2016-02-29
• [学会発表] Essential roles of water in actin-myosin binding (2016)
  • 著者名/発表者名: H. Oshima, T. Hayashi, M. Kinoshita
  • 学会等名: Biophysical Society 60th Annual Meeting
  • 発表場所: Los Angeles Convention Center, California, USA
  • 年月日: 2016-02-27
• [学会発表] タンパク質の水和自由エネルギーの高速計算法の開発 (2015)
  • 著者名/発表者名: 尾嶋拓
  • 学会等名: 鳩山サイエンスフォーラム in 北千住
  • 発表場所: 東京電機大学東京千住キャンパス
  • 年月日: 2015-12-19
• [学会発表] Mechanism of one-to-many molecular recognition accompanying target-dependent structure formation: For the tumor suppressor p53 protein (2015)
  • 著者名/発表者名: T. Hayashi, H. Oshima, S. Yasuda, and M. Kinoshita
  • 学会等名: PACIFICHEM2015
  • 発表場所: Hawaii Convention Center
  • 年月日: 2015-12-14
• [学会発表] Effects of cosolvent addition on the thermal stability of a protein (2015)
  • 著者名/発表者名: S. Murakami and M. Kinoshita
  • 学会等名: PACIFICHEM2015
  • 発表場所: Hawaii Convention Center
  • 年月日: 2015-12-14
• [学会発表] Theoretical prediction of mutations leading to enhanced structural stability of GPCRs (2015)
  • 著者名/発表者名: Y. Kajiwara, S. Yasuda, Y. Takamuku, N. Suzuki, T. Murata, and M. Kinoshita
  • 学会等名: PACIFICHEM2015
  • 発表場所: Hawaii Convention Center
  • 年月日: 2015-12-14
• [学会発表] Expression, purification and crystallization of 5-HT2A receptor (2015)
  • 著者名/発表者名: N. Suzuki, A. Saito, K. Hitomi, Y. Takamuku, K. Mizutani, Y. Kajiwara, S. Yasuda, M. Kinoshita, and T. Murata
  • 学会等名: GPCR workshop 2015
  • 発表場所: Big island, Hawaii (USA)
  • 年月日: 2015-12-01
• [学会発表] Development of thermostabilization method by mutation for GPCR: I. Theoretical prediction on the basis of statistical thermodynamics (2015)
  • 著者名/発表者名: S. Yasuda, Y. Kajiwara, Y. Takamuku, N. Suzuki, T. Murata, and M. Kinoshita
  • 学会等名: GPCR workshop 2015
  • 発表場所: Big island, Hawaii (USA)
  • 年月日: 2015-12-01
• [学会発表] Development of thermostabilization method by mutations for GPCR: II. Experimental verification of the theoretical prediction (2015)
  • 著者名/発表者名: Y. Takamuku, S. Yasuda, Y. Kajiwara, N. Suzuki, M. Kinoshita, and T. Murata
  • 学会等名: GPCR workshop 2015
  • 発表場所: Big island, Hawaii (USA)
  • 年月日: 2015-12-01
• [学会発表] Towards structure determination of the human prostanoid receptor bound to the antibody (2015)
  • 著者名/発表者名: Y. Toyoda, K. Morimoto, R. Suno, Y. Sekiguchi, K. Yamashita, K. Hirata, S. Yasuda, Y. Kajiwara, T. Shimizu, Y. Urushibata, S. Yoshida, T. Kuribara, T. Hosoya, M. Kinoshita, Y. Sugimoto, N. Nomura, T. Murata, K. Takayama, M. Yamamoto, S. Narumiya, S. Iwata, and T. Kobayashi
  • 学会等名: GPCR workshop 2015
  • 発表場所: Big island, Hawaii (USA)
  • 年月日: 2015-12-01
• [学会発表] On the statistical thermodynamics of actin polymerization in aqueous solution (2015)
  • 著者名/発表者名: T. Hayashi, H. Oshima, and M. Kinoshita
  • 学会等名: 第53回 日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 金沢大学角間キャンパス
  • 年月日: 2015-09-13
• [学会発表] Prediction of thermostabilizing mutations for G protein-coupled receptors: Development of free-energy function (2015)
  • 著者名/発表者名: S. Yasuda, Y. Kajiwara, Y. Takamuku, N. Suzuki, T. Murata, and M. Kinoshita
  • 学会等名: 第53回 日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 金沢大学角間キャンパス
  • 年月日: 2015-09-13
• [学会発表] Effects of cosolvent addition on the thermal stability of a protein (2015)
  • 著者名/発表者名: S. Murakami and M. Kinoshita
  • 学会等名: 第53回 日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 金沢大学角間キャンパス
  • 年月日: 2015-09-13
• [学会発表] Prediction of thermostabilizing mutations for G protein-coupled receptors: Construction of an efficient method (2015)
  • 著者名/発表者名: Y. Kajiwara, S. Yasuda, Y. Takamuku, N. Suzuki, T. Murata, and M. Kinoshita
  • 学会等名: 第53回 日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 金沢大学角間キャンパス
  • 年月日: 2015-09-13
• [学会発表] A theoretical analysis on water roles in actin-myosin binding (2015)
  • 著者名/発表者名: H. Oshima, T. Hayashi, M. Kinoshita
  • 学会等名: 第53回 日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 金沢大学角間キャンパス
  • 年月日: 2015-09-13
• [学会発表] 溶媒エントロピーの多体相関成分の蛋白質安定性への影響 (2015)
  • 著者名/発表者名: 尾嶋拓
  • 学会等名: 九大物性理論研究室・統計物理学研究室合同セミナー
  • 発表場所: 九州大学箱崎キャンパス
  • 年月日: 2015-06-27
• [学会発表] 蛋白質水和自由エネルギー計算用の一般化ボルン法と形態計測学的アプローチの統合型方法論 (2015)
  • 著者名/発表者名: 尾嶋拓、木下正弘
  • 学会等名: 日本物理学会第70回年次大会
  • 発表場所: 早稲田大学
  • 年月日: 2015-03-21 – 2015-03-24
• [学会発表] Physical Picture for Functionally Rotating Mechanism of the Multidrug Efflux Transporter AcrB (2015)
  • 著者名/発表者名: H. Mishima, H. Oshima, S. Yasuda, and M. Kinoshita
  • 学会等名: Biophysical Society 59th Annual Meeting
  • 発表場所: Baltimore Convention Center, Maryland, USA
  • 年月日: 2015-02-07 – 2015-02-11
• [学会発表] Statistical Thermodynamics of One-to-many Molecular Recognition Accompanied by Partner-dependent Folding: in the Case of a Tumor Suppressor Protein p53 (2015)
  • 著者名/発表者名: T. Hayashi, H. Oshima, S. Yasuda, and M. Kinoshita
  • 学会等名: Biophysical Society 59th Annual Meeting
  • 発表場所: Baltimore Convention Center, Maryland, USA
  • 年月日: 2015-02-07 – 2015-02-11
• [学会発表] Theoretical Prediction of Mutations Improving Thermal Stability of Adenosine A2a Receptor (2015)
  • 著者名/発表者名: Y. Kajiwara, S. Yasuda, Y. Takamuku, T. Murata, and M. Kinoshita
  • 学会等名: Biophysical Society 59th Annual Meeting
  • 発表場所: Baltimore Convention Center, Maryland, USA
  • 年月日: 2015-02-07 – 2015-02-11
• [学会発表] Theoretical Prediction of Thermal-Stability Changes upon Mutations of a Protein (2015)
  • 著者名/発表者名: S. Murakami, H. Oshima, T. Hayashi, and M. Kinoshita
  • 学会等名: Biophysical Society 59th Annual Meeting
  • 発表場所: Baltimore Convention Center, Maryland, USA
  • 年月日: 2015-02-07 – 2015-02-11
• [学会発表] 水溶液中における生体分子自己組織化過程の統計熱力学 (2014)
  • 著者名/発表者名: 木下正弘
  • 学会等名: Plasma Conference 2014, シンポジウム３：「物質間境界層に於ける環境適応機能の発現」
  • 発表場所: 朱鷺メッセ，新潟県
  • 年月日: 2014-11-18 – 2014-11-21
  • 招待講演
• [学会発表] Nonlinear Behavior of a Complex System Comprising Multiple Material Elements: with the Emphasis on Microscopic Self-assembly of Biomolecules (2014)
  • 著者名/発表者名: M. Kinoshita
  • 学会等名: The 5th International Symposium of Advanced Energy Science－Principle of Zero-Emission Energy－
  • 発表場所: Obaku Plaza, Kyoto University, Uji
  • 年月日: 2014-10-01 – 2014-10-02
  • 招待講演
• [学会発表] Physical Picture for Mechanism of Conformational Rotation of Multidrug Transporter AcrB (2014)
  • 著者名/発表者名: H. Mishima, H. Oshima, S. Yasuda, and M. Kinoshita
  • 学会等名: 日本生物物理学会第52回年会
  • 発表場所: 札幌コンベンションセンター
  • 年月日: 2014-09-25 – 2014-09-27
• [学会発表] Statistical Thermodynamics of One-to-many Molecular Recognition Accompanied by Partner-dependent Folding: in the Case of p53 Protein (2014)
  • 著者名/発表者名: T. Hayashi, H. Oshima, S. Yasuda, and M. Kinoshita
  • 学会等名: 日本生物物理学会第52回年会
  • 発表場所: 札幌コンベンションセンター
  • 年月日: 2014-09-25 – 2014-09-27
• [学会発表] Effect of Backbone and Side-chain Packing on Structural Stability of the Protein with Only Ten Residues (2014)
  • 著者名/発表者名: S. Yasuda, T. Hayashi, and M. Kinoshita
  • 学会等名: 日本生物物理学会第52回年会
  • 発表場所: 札幌コンベンションセンター
  • 年月日: 2014-09-25 – 2014-09-27
• [学会発表] Theoretical Prediction of Thermal-Stability Changes upon Mutations of a Protein (2014)
  • 著者名/発表者名: S. Murakami, H. Oshima, T. Hayashi, and M. Kinoshita
  • 学会等名: 日本生物物理学会第52回年会
  • 発表場所: 札幌コンベンションセンター
  • 年月日: 2014-09-25 – 2014-09-27
• [学会発表] Theoretical Prediction of Mutations Improving Thermal Stability of Adenosine A2a Receptor (2014)
  • 著者名/発表者名: Y. Kajiwara, S. Yasuda, Y. Takamuku, T. Murata, and M. Kinoshita
  • 学会等名: 日本生物物理学会第52回年会
  • 発表場所: 札幌コンベンションセンター
  • 年月日: 2014-09-25 – 2014-09-27
• [学会発表] 蛋白質の構造安定性における溶媒エントロピーの効果－蛋白質-溶媒間多体相関成分の重要性について－ (2014)
  • 著者名/発表者名: 尾嶋拓、木下正弘
  • 学会等名: 日本物理学会2014年秋季大会
  • 発表場所: 中部大学春日井キャンパス
  • 年月日: 2014-09-07 – 2014-09-10
• [学会発表] AcrBによる薬剤の取込・排出機構に対する物理描像の構築 (2014)
  • 著者名/発表者名: 三嶋浩和、尾嶋拓、安田賢司、木下正弘
  • 学会等名: 日本物理学会2014年秋季大会
  • 発表場所: 中部大学春日井キャンパス
  • 年月日: 2014-09-07 – 2014-09-10
• [学会発表] Physical Origin of Sugar-induced Enhancement in the Thermal Stability of a Protein (2014)
  • 著者名/発表者名: H. Oshima and M. Kinoshita
  • 学会等名: Liquids 2014
  • 発表場所: University of Lisbon, Portugal
  • 年月日: 2014-07-21 – 2014-07-25
• [学会発表] Crucial importance of protein-solvent many-body correlation for solvent-entropy effect in structural stability of a protein (2014)
  • 著者名/発表者名: H. Oshima and M. Kinoshita
  • 学会等名: Biophysical Society 58th Annual Meeting
  • 発表場所: Moscone Center, San Francisco, USA
• [学会発表] Statistical thermodynamics for binding of an RNA aptamer and a partial peptide of a prion protein (2014)
  • 著者名/発表者名: T. Hayashi, H. Oshima, T. Mashima, T. Nagata, M. Katahira, and M. Kinoshita
  • 学会等名: Biophysical Society 58th Annual Meeting
  • 発表場所: Moscone Center, San Francisco, USA
• [学会発表] Theoretical analysis on structural stability of CLN025 using our free-energy function (2014)
  • 著者名/発表者名: S. Yasuda, T. Hayashi, and M. Kinoshita
  • 学会等名: Biophysical Society 58th Annual Meeting
  • 発表場所: Moscone Center, San Francisco, USA
• [学会発表] Physics of multidrug efflux through a biomolecular complex (2014)
  • 著者名/発表者名: H. Mishima, H. Oshima, S. Yasuda, K. Amano, and M. Kinoshita
  • 学会等名: Biophysical Society 58th Annual Meeting
  • 発表場所: Moscone Center, San Francisco, USA
• [学会発表] Crucial importance of translational displacement of water molecules in biological self-assembly (2014)
  • 著者名/発表者名: M. Kinoshita
  • 学会等名: Nagoya Symposium on Depletion Forces: Celebrating the 60th Anniversary of the Asakura-Oosawa Theory
  • 発表場所: Noyori Conference Hall and Sakata & Hirata Hall, Nagoya University
  • 招待講演
• [学会発表] Crucial importance of protein-solvent many-body correlation for solvent-entropy effect in structural stability of a protein (2014)
  • 著者名/発表者名: H. Oshima and M. Kinoshita
  • 学会等名: Nagoya Symposium on Depletion Forces: Celebrating the 60th Anniversary of the Asakura-Oosawa Theory
  • 発表場所: Noyori Conference Hall and Sakata & Hirata Hall, Nagoya University
• [学会発表] Statistical thermodynamics for the molecular recognition accompanied by a global structural change of a molecule (2014)
  • 著者名/発表者名: T. Hayashi, H. Oshima, T. Mashima, T. Nagata, M. Katahira, and M. Kinoshita
  • 学会等名: Nagoya Symposium on Depletion Forces: Celebrating the 60th Anniversary of the Asakura-Oosawa Theory
  • 発表場所: Noyori Conference Hall and Sakata & Hirata Hall, Nagoya University
• [学会発表] Structural stability of the ten-amino acid protein: Toward designing a foldable protein (2014)
  • 著者名/発表者名: S. Yasuda, T. Hayashi, and M. Kinoshita
  • 学会等名: Nagoya Symposium on Depletion Forces: Celebrating the 60th Anniversary of the Asakura-Oosawa Theory
  • 発表場所: Noyori Conference Hall and Sakata & Hirata Hall, Nagoya University
• [学会発表] タンパク質の熱安定性への糖の影響 (2014)
  • 著者名/発表者名: 尾嶋拓
  • 学会等名: 日本物理学会第69回年次大会
  • 発表場所: 東海大学
  • 招待講演
• [学会発表] ポーラスシリコンへの白金置換析出：共存カチオンの影響 (2014)
  • 著者名/発表者名: 幸田吏央，小山 輝，深見一弘，西 直哉，作花哲夫，安部武志，北田 敦，邑瀬邦明，木下正弘
  • 学会等名: 電気化学会第81回大会
  • 発表場所: 関西大学
• [学会発表] ポーラスシリコンへの白金置換析出：孔径と白金錯イオン径の影響 (2014)
  • 著者名/発表者名: 小山 輝，深見一弘，幸田吏央，西 直哉，作花哲夫，安部武志，北田 敦，邑瀬邦明，木下正弘
  • 学会等名: 電気化学会第81回大会
  • 発表場所: 関西大学
• [学会発表] A novel computation method of hydration free energy: A hybrid of the method of energy representation and the morphometric approach (2013)
  • 著者名/発表者名: T. Yoshidome, T. Ekimoto, N. Matubayasi, R. Roth, Y. Harano, M. Kinoshita, and M. Ikeguchi
  • 学会等名: 7th Mini-Symposium on Liquids
  • 発表場所: Kyushu University
• [学会発表] A theoretical analysis for sugar-induced thermal stability of a protein (2013)
  • 著者名/発表者名: H. Oshima and M. Kinoshita
  • 学会等名: 7th Mini-Symposium on Liquids
  • 発表場所: Kyushu University
• [学会発表] Effects of sugars on the thermal stability of a protein (2013)
  • 著者名/発表者名: H. Oshima and M. Kinoshita
  • 学会等名: 25th IUPAP International Conference on Statistical Physics
  • 発表場所: Seoul National University, Korea
• [学会発表] Structural stability of proteins in aqueous and nonpolar environments (2013)
  • 著者名/発表者名: S. Yasuda, H. Oshima, and M. Kinoshita
  • 学会等名: 25th IUPAP International Conference on Statistical Physics
  • 発表場所: Seoul National University, Korea
• [学会発表] Structural stability of proteins in aqueous and nonpolar environments (2013)
  • 著者名/発表者名: M. Kinoshita
  • 学会等名: The 13th KIAS Conference on Protein Structure and Function
  • 発表場所: Korea Institute for Advanced Study, Korea
  • 招待講演
• [学会発表] Solvent-entropy effect in structural stability of a protein: Crucial importance of protein-solvent many-body correlation (2013)
  • 著者名/発表者名: H. Oshima, S. Murakami, and M. Kinoshita
  • 学会等名: 日本生物物理学会第51回年会
  • 発表場所: 国立京都国際会館
• [学会発表] Statistical thermodynamics for binding of an RNA aptamer and a partial peptide of a prion protein (2013)
  • 著者名/発表者名: T. Hayashi, H. Oshima, T. Mashima, T. Nagata, M. Katahira, and M. Kinoshita
  • 学会等名: 日本生物物理学会第51回年会
  • 発表場所: 国立京都国際会館
• [学会発表] Theoretical enhancement of structural stability of a membrane protein for X-ray crystallography (2013)
  • 著者名/発表者名: S. Yasuda, H. Oshima, T. Murata, and M. Kinoshita
  • 学会等名: 日本生物物理学会第51回年会
  • 発表場所: 国立京都国際会館
• [学会発表] On the physics of multidrug efflux through a biomolecular complex (2013)
  • 著者名/発表者名: H. Mishima, H. Oshima, S. Yasuda, K. Amano, and M. Kinoshita
  • 学会等名: 日本生物物理学会第51回年会
  • 発表場所: 国立京都国際会館
• [学会発表] Theoretical prediction of thermal-stability changes upon mutations of a protein (2013)
  • 著者名/発表者名: S. Murakami, H. Oshima, T. Hayashi, M. Kinoshita
  • 学会等名: 日本生物物理学会第51回年会
  • 発表場所: 国立京都国際会館
• [学会発表] 生体系における自己組織化およびATP駆動蛋白質機能発現の統一的理解
  • 著者名/発表者名: 木下正弘
  • 学会等名: 新学術領域研究「水を主役としたＡＴＰエネルギー変換」終了公開シンポジウム
  • 発表場所: KKRホテル東京
  • 招待講演
• [学会発表] 水および疎水環境中における蛋白質の立体構造安定性
  • 著者名/発表者名: 安田賢司, 尾嶋拓, 木下正弘
  • 学会等名: 新学術領域研究「水を主役としたＡＴＰエネルギー変換」終了公開シンポジウム
  • 発表場所: KKRホテル東京
• [学会発表] Crucial importance of translational displacement of water molecules in biological self-assembly
  • 著者名/発表者名: M. Kinoshita
  • 学会等名: The 4th International Symposium of Advanced Energy Science－Principle of Zero-Emission Energy－
  • 発表場所: Obaku Plaza, Kyoto University, Uji
  • 招待講演
• [図書] Mechanism of Functional Expression of the Molecular Machine (2016)
  • 著者名/発表者名: Masahiro KINOSHITA
  • 出版者: Springer
• [備考] 木下正弘研究室
  • URL: http://www.iae.kyoto-u.ac.jp/centerbunya/kinoshita
• [備考] http://www.iae.kyoto-u.ac.jp/centerbunya/kinoshita
• [備考] 木下研究室－京都大学エネルギー理工学研究所
  • URL: http://www.iae.kyoto-u.ac.jp/centerbunya/kinoshita
• [産業財産権] 膜タンパク質の熱安定化変異体予測装置，熱安定化変異体予測方法，および，プログラム (2015)
  • 発明者名: 村田武士，木下正弘，安田賢司，他4名
  • 権利者名: 村田武士，木下正弘，安田賢司，他4名
  • 産業財産権種類: 特許
  • 出願年月日: 2015-06-24
  • 外国
• [産業財産権] 膜タンパク質の熱安定化変異体予測装置，熱安定化変異体予測方法，および，プログラム (2014)
  • 発明者名: 村田武士，木下正弘，安田賢司，高椋勇樹，水谷健二
  • 権利者名: 村田武士，木下正弘，安田賢司，高椋勇樹，水谷健二
  • 産業財産権種類: 特許
  • 産業財産権番号: 2014-130560
  • 出願年月日: 2014-06-25