古人骨ＤＮＡ研究から古人骨ゲノム研究へ：次世代シーケンサによる新展開

• 研究課題/領域番号: 25291104
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 一部基金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 自然人類学
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 植田 信太郎 東京大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (20143357)
• 研究期間 (年度): 2013-04-01 – 2016-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2015年度)
• 配分額: 14,950千円 (直接経費: 11,500千円、間接経費: 3,450千円); 2015年度: 5,070千円 (直接経費: 3,900千円、間接経費: 1,170千円); 2014年度: 4,940千円 (直接経費: 3,800千円、間接経費: 1,140千円); 2013年度: 4,940千円 (直接経費: 3,800千円、間接経費: 1,140千円)
• キーワード: 人類進化 / 古人骨 / ゲノム / ミトコンドリア / 次世代シーケンサ / ミトコンドリアゲノム / 解析ツール / 古人骨ゲノム / 核ゲノム

研究成果の概要

熱帯～温帯地域で出土した古人骨から得られるＤＮＡの９９％以上は土壌菌由来であり、次世代シーケンサで得られるヒト由来のＤＮＡ配列はごく僅かである。そこで、目的とするＤＮＡ領域を特異的に濃縮するターゲット・エンリッチメント、ならびに、シーケンス・ライブラリー作成での油滴乳濁液中ＤＮＡ増幅により、様々な時代の古代遺跡から出土した古人骨のミトコンドリアゲノムの全塩基配列を、最小限のシーケンス・ランで高い信頼度をもって得ることに成功した。

研究成果

• [国際共同研究] 杭州師範大学(中国)
• [雑誌論文] MtDNA diversity of the Zapotec in Mexico suggests a population decline long before the first contact with Europeans (2015)
  • 著者名/発表者名: Gojobori J., Mizuno F., Wang L., Onishi K., Granados J., Gomez-Trejo C., Acuna-Alonzo V., and Ueda S.
  • 雑誌名: Journal of Human Genetics 巻: 60 号: 9 ページ: 557-559
  • DOI: 10.1038/jhg.2015.55
  • 査読あり / 国際共著 / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Complete mitogenome analysis of indigenous populations in Mexico: Its relevance for the origin of Mesoamericans (2014)
  • 著者名/発表者名: Mizuno F., Gojobori J., Wang L., Ohnishi K., Sugiyama S., Granados J., Gomez-Trejo C., Acuna-Alonzo V., and Ueda S.
  • 雑誌名: Journal of Human Genetics 巻: 59 号: 7 ページ: 359-367
  • DOI: 10.1038/jhg.2014.35
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Complete mitogenome analysis of indigenous populations in Mexico: Its relevance for the origin of Mesoamericans (2014)
  • 著者名/発表者名: Mizuno F., Gojobori J., Wang L., Ohnishi K., Sugiyama S., Granados J., Gomez-Trejo C., Acuña-Alonzo V., and Ueda S.
  • 雑誌名: Journal of Human Genetics 巻: 印刷中
  • 査読あり
• [雑誌論文] Emulsion PCR-coupled target enrichment: an effective fishing method for high-throughput sequencing of poorly preserved ancient DNA (2013)
  • 著者名/発表者名: Kihana M., Mizuno F., Sawafuji R., Wang L., and Ueda S.
  • 雑誌名: Gene 巻: 528 号: 2 ページ: 347-351
  • DOI: 10.1016/j.gene.2013.07.040
  • 査読あり
• [学会発表] 次世代シーケンサを用いた古代ゲノム - 核ゲノム解析の展望 (2015)
  • 著者名/発表者名: 水野文月、王瀝、黒崎久仁彦、大橋順、中伊津美、植田信太郎
  • 学会等名: 第６９回日本人類学会大会
  • 発表場所: 産業技術総合研究所臨海副都心センター（東京都江東区）
  • 年月日: 2015-10-10
• [学会発表] 次世代シーケンサを用いた古代ゲノム - ミトゲノム解析の展望 (2015)
  • 著者名/発表者名: 水野文月、石谷孔司、熊谷真彦、王瀝、黒崎久仁彦、植田信太郎
  • 学会等名: 第６９回日本人類学会大会
  • 発表場所: 産業技術総合研究所臨海副都心センター（東京都江東区）
  • 年月日: 2015-10-10
• [学会発表] 低カバレジNGSデータから集団レベルの解析を可能にする配列構築のアプローチ (2015)
  • 著者名/発表者名: 水野文月、熊谷真彦、黒崎久仁彦、王瀝、林美千子、杉山三郎、植田信太郎
  • 学会等名: 第６９回日本人類学会大会
  • 発表場所: 産業技術総合研究所臨海副都心センター（東京都江東区）
  • 年月日: 2015-10-10
• [学会発表] 低カバレジNGSデータから集団レベルの解析を可能にする配列構築のアプローチ (2015)
  • 著者名/発表者名: 水野文月、王瀝、黒崎久仁彦、澤藤りかい、熊谷真彦、杉山三郎、植田信太郎
  • 学会等名: ＮＧＳ現場の会・第４回研究会
  • 発表場所: つくば国際会議場（茨城県つくば市）
  • 年月日: 2015-07-01
• [学会発表] ヒトの古代DNAデータにおけるDNA混入の評価方法 (2015)
  • 著者名/発表者名: 澤藤りかい、吉田建朗、植田信太郎
  • 学会等名: ＮＧＳ現場の会・第４回研究会
  • 発表場所: つくば国際会議場（茨城県つくば市）
  • 年月日: 2015-07-01
• [学会発表] HuMAP: A comprehensive tool for assessing NGS data on human mitogenome (2015)
  • 著者名/発表者名: Ishiya K. and Ueda S.
  • 学会等名: The 11th International Workshop on Advanced Genomics
  • 発表場所: National Center of Sciences (Tokyo, Japan)
  • 年月日: 2015-05-20
  • 国際学会
• [学会発表] 殷墟から出土した古人骨の次世代シーケンサによるゲノム解析 (2014)
  • 著者名/発表者名: 水野文月、澤藤りかい、木花牧雄、黒崎久仁彦、王瀝、植田信太郎
  • 学会等名: 日本ＤＮＡ多型学会 第２３回学術集会
  • 発表場所: 愛知県産業労働センター・ウインクあいち（愛知県名古屋市）
  • 年月日: 2014-11-27
• [学会発表] 動物遺存体における古代プロテオミクス解析の現状と展望 (2014)
  • 著者名/発表者名: 澤藤りかい、植田信太郎
  • 学会等名: 第６８回日本人類学会大会
  • 発表場所: アクトシティ浜松・コングレスセンター（静岡県浜松市）
  • 年月日: 2014-11-03
  • 招待講演
• [学会発表] 次世代シーケンサによる古人骨ゲノム解析：コンセンサス配列の構築 (2014)
  • 著者名/発表者名: 水野文月、植田信太郎
  • 学会等名: 第６８回日本人類学会大会
  • 発表場所: アクトシティ浜松・コングレスセンター（静岡県浜松市）
  • 年月日: 2014-11-01
• [学会発表] 古代中国3000年前の殷墟から出土した古人骨ゲノム解析 (2014)
  • 著者名/発表者名: 水野文月、澤藤りかい、木花牧雄、王瀝、植田信太郎
  • 学会等名: 第６８回日本人類学会大会
  • 発表場所: アクトシティ浜松・コングレスセンター（静岡県浜松市）
  • 年月日: 2014-11-01
• [学会発表] 古代ゲノムにおけるコンタミネーション推定法の開発とその応用 (2014)
  • 著者名/発表者名: 石谷孔司、植田信太郎
  • 学会等名: 第６８回日本人類学会大会
  • 発表場所: アクトシティ浜松・コングレスセンター（静岡県浜松市）
  • 年月日: 2014-11-01
• [学会発表] 古代DNA解析における現代DNAのコンタミネーション推定法 (2014)
  • 著者名/発表者名: 澤藤りかい、吉田建朗、植田信太郎
  • 学会等名: 第６８回日本人類学会大会
  • 発表場所: アクトシティ浜松・コングレスセンター（静岡県浜松市）
  • 年月日: 2014-11-01
• [学会発表] テオティワカン・月のピラミッドから出土した古人骨ミトコンドリアゲノム解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 水野文月、王瀝、澤藤りかい、杉山三郎、植田信太郎
  • 学会等名: 第６７回日本人類学会大会
  • 発表場所: 国立科学博物館・筑波研究施設
• [学会発表] 次世代シーケンサでの古代ＤＮＡ解析におけるコンタミネーションの影響について (2013)
  • 著者名/発表者名: 澤藤りかい、吉田建朗、梅山翔平、植田信太郎
  • 学会等名: 第６７回日本人類学会大会
  • 発表場所: 国立科学博物館・筑波研究施設
• [学会発表] 次世代シーケンサによる古人骨ゲノム解析：現在の問題点 (2013)
  • 著者名/発表者名: 水野文月、澤藤りかい、木花牧雄、王瀝、植田信太郎
  • 学会等名: 第６７回日本人類学会大会
  • 発表場所: 国立科学博物館・筑波研究施設
• [備考] 東京大学・大学院理学系研究科・生物科学専攻・分子人類／分子進化学研究室ホームページ
  • URL: http://www.biol.s.u-tokyo.ac.jp/users/shinka/lab.html