ノンコーディング遺伝子の発現制御領域の数理的解析

• 研究課題/領域番号: 25330350
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 基金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 生命・健康・医療情報学
• 研究機関: 東京理科大学
• 研究代表者: 宮崎 智 東京理科大学, 薬学部, 教授 (30290894)
• 研究期間 (年度): 2013-04-01 – 2016-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2015年度)
• 配分額: 2,470千円 (直接経費: 1,900千円、間接経費: 570千円); 2015年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円); 2014年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円); 2013年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
• キーワード: ノンコーディングRNA / イントロン内ノンコーディングRNA

研究成果の概要

ヒトやマウスの全ゲノム配列データのタンパク質遺伝子間領域やnon-coding RNA遺伝子の出現位置情報を抽出したデータベースを作成し、タンパク質遺伝子の発現制御領域配列中のシスエレメントの稼働率は30％程度であること、イントロン内在型non-coding遺伝子をもつタンパク質は、ヒトの脳や神経発達と関連性が高いこと、non-coding遺伝子とタンパク質遺伝子の発現制御制御領域は異なる1次配列構造を持つことを見出した。

研究成果

• [雑誌論文] Protein functional site prediction using a conservative grade and a proximate grade. (2015)
  • 著者名/発表者名: Yosuke Kondo, Satoru Miyazaki
  • 雑誌名: Journal of Data Mining in Genomics & Proteomic 巻: 6 ページ: 175-175
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] MeSH ORA framework: R/Bioconductorpackages to support MeSH over-representation analysis (2015)
  • 著者名/発表者名: Koki Tsuyuzaki, Gota Morota, Manabu Ishii, Takeru Nakazato, Satoru Miyazaki and Itoshi Nikaido
  • 雑誌名: BMC BIOINFORMATICS 巻: - 号: 1
  • DOI: 10.1186/s12859-015-0453-z
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Genome-wide analysis of long noncoding RNA turnover (2015)
  • 著者名/発表者名: Hidenori Tani, Naoto Imamachi, Rena Mizutani, Katsutoshi Imamura, Yoendae Kwon, Satoru Miyazaki, Sho Maekawa, Yutaka Suzuki, Nobuyoshi Akimitsu
  • 雑誌名: Methods in Molecular Biology 巻: 1262 ページ: 305-20
  • DOI: 10.1007/978-1-4939-2253-6_19
  • ISBN: 9781493922529, 9781493922536
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Implication of bidirectional promoters containing duplicated GGAA motifs of mitochondrial function-associated genes (2013)
  • 著者名/発表者名: F. Uchiumi, M. Fujikawa, S. Miyazaki, S. Tanuma
  • 雑誌名: AIMS Mol. Sci 巻: 1 号: 1 ページ: 1-26
  • DOI: 10.3934/molsci.2013.1.1
  • 査読あり
• [雑誌論文] 情報科学的手法によるnon-coding RNAの遺伝的発現制御の解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 林知里、權娟大、宮崎智
  • 雑誌名: 情報処理学会研究報告バイオ情報学 巻: 2013-BIO-34 ページ: 1-6
• [学会発表] ヒトとマウスにおける転写制御情報を用いたp38qNARK基質のクラスター分析 (2015)
  • 著者名/発表者名: 阿子島圭、宮崎智
  • 学会等名: 第38回日本分子生物学会年会・第88回日本生化学会合同大会
  • 発表場所: 神戸ポートアイランド（兵庫県）
  • 年月日: 2015-12-01
• [学会発表] 文献注釈情報MeSHを利用した網羅的な遺伝子の機能アノテーションパッケージ (2015)
  • 著者名/発表者名: 露崎弘毅、宮崎智
  • 学会等名: 第38回 日本分子生物学会年会・第88回 日本生化学大会 合同大会
  • 発表場所: 神戸ポートアイランド（兵庫県）
  • 年月日: 2015-12-01
• [学会発表] Functional site prediction of translation elongation factor 1A (2015)
  • 著者名/発表者名: Yosuke Kondo, Satoru Miyazaki
  • 学会等名: Quantum Bio-Informatics Work Shop
  • 発表場所: 東京理科大学野田キャンパス（千葉県）
  • 年月日: 2015-10-19
  • 国際学会
• [学会発表] 保存度と近接度を用いたタンパク質機能 > 部位予測 (2015)
  • 著者名/発表者名: 近藤洋介、宮崎智
  • 学会等名: 情報処理学会
  • 発表場所: 沖縄科学技術大学院大学 (沖縄)
  • 年月日: 2015-06-25
• [学会発表] 共進化解析を利用した遺伝子間相互作用の予測 (2014)
  • 著者名/発表者名: 西川大貴、權娟大、宮崎智
  • 学会等名: 第37回 日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜
  • 年月日: 2014-11-25 – 2014-11-27
• [学会発表] 複数の構造を用いた多重配列アライメント上のサイトの評価 (2014)
  • 著者名/発表者名: 近藤洋介、權娟大、深井文雄、宮崎智
  • 学会等名: 第三回生命医薬情報学連合大会
  • 発表場所: 宮城県仙台市 仙台国際センター
  • 年月日: 2014-10-02 – 2014-10-04
• [学会発表] micro-RNA geneとprotein-coding geneのプロモーター領域の比較 (2014)
  • 著者名/発表者名: 今井はる奈、權娟大、宮崎智
  • 学会等名: 日本薬学会第134年会
  • 発表場所: 熊本
• [学会発表] バイオインフォマティクス手法によるシスエレメント配列一次構造の網羅的解析 (2014)
  • 著者名/発表者名: 加納知佳、權娟大、宮崎智
  • 学会等名: 日本薬学会第134年会
  • 発表場所: 熊本