| 研究課題/領域番号 |
25390156
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| 研究種目 |
基盤研究(C)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 研究分野 |
計算科学
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| 研究機関 | 大阪大学 |
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研究代表者 |
福田 育夫 大阪大学, たんぱく質研究所, 招へい研究員(准教授) (40643185)
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| 連携研究者 |
中村 春木 大阪大学, 蛋白質研究所, 教授 (80134485)
森次 圭 横浜市立大学, 生命医科学研究科, 特任准教授 (80599506)
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| 研究期間 (年度) |
2013-04-01 – 2016-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2015年度)
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| 配分額 *注記 |
4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2015年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円)
2014年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2013年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
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| キーワード | 分子動力学 / 相互作用計算 / 力学系 / 運動方程式 / 数値積分 / サンプリング / 数値計算 / 計算科学 |
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| 研究成果の概要 |
分子動力学(MD)計算を速く正確に安定に実行するための基盤技術を開発した．まず，MDで用いる運動方程式の数値積分を高精度で安定に実行する一般的方法を考察した．さらに，MD計算コストの大部分を占める長距離相互作用計算において高精度を実現しつつ計算コストを下げる方法としてzero-multipole summation法を構築し，基本系にて熱力学諸量等を検証し高精度性を確認した．また，MD特有の力学系の遅い時間発展の問題解決のため，新たな運動方程式を構築した．その理論特性を明らかにすると共に，得られた数値積分技術を用いて安定な積分を実現し，生体分子系に適用し実用性を実証した．
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