| 研究課題/領域番号 |
25410025
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| 研究種目 |
基盤研究(C)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 研究分野 |
物理化学
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| 研究機関 | 国立研究開発法人理化学研究所 |
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研究代表者 |
優 乙石 国立研究開発法人理化学研究所, 杉田理論分子科学研究室, 研究員 (90402544)
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| 研究協力者 |
杉田 有治 国立研究開発法人理化学研究所, 杉田理論分子科学研究室, 主任研究員
ワン ポーホン 国立研究開発法人理化学研究所, 杉田理論分子科学研究室, 特別研究員
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| 研究期間 (年度) |
2013-04-01 – 2017-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2016年度)
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| 配分額 *注記 |
5,330千円 (直接経費: 4,100千円、間接経費: 1,230千円)
2015年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円)
2014年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2013年度: 3,640千円 (直接経費: 2,800千円、間接経費: 840千円)
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| キーワード | 高圧 / 細胞環境 / 分子混雑 / 分子動力学 / 蛋白質 / 水和 / 部分モル体積 / 深海 / 分子動力学シミュレーション |
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| 研究成果の概要 |
本研究は、溶液中のタンパク質体積を、全原子モデルを用いた分子動力学計算によって理論的に調査することで、高水圧が蛋白質の構造・ダイナミクスに与える影響を解明する。また、水圧が到達する細胞質はタンパク質や核酸などの生体分子が高濃度で共存している分子混雑環境である。本研究はこのような細胞環境の物理化学的特徴と、その圧力応答を調査することも目的とした。本研究を通して、細胞環境における蛋白質水和体積や、排除体積効果について分子レベルの解明が進んだ。また、研究に必要な分子の幾何学的性質を解析するプログラムを開発し、大規模計算機上で高速に実行できるように並列化した。これらのプログラム群は近日中に公開する。
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