| 研究課題/領域番号 |
25430172
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| 研究種目 |
基盤研究(C)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 研究分野 |
ゲノム生物学
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| 研究機関 | 東邦大学 |
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研究代表者 |
久保田 宗一郎 東邦大学, 理学部, 教授 (30277347)
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| 研究分担者 |
後藤 友二 東邦大学, 理学部, 講師 (70362522)
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| 研究協力者 |
桑田 祐輔 東邦大学, 理学部, 博士研究員 (00772708)
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| 研究期間 (年度) |
2013-04-01 – 2016-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2015年度)
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| 配分額 *注記 |
5,200千円 (直接経費: 4,000千円、間接経費: 1,200千円)
2015年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2014年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2013年度: 3,380千円 (直接経費: 2,600千円、間接経費: 780千円)
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| キーワード | 全ゲノム / 比較ゲノム / 生殖細胞ゲノム / 体細胞ゲノム / 染色体放出 / ゲノム再編成 / 次世代シーケンシング / ヌタウナギ / 全ゲノム解析 / 次世代シーケンサー / 比較ゲノミクス |
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| 研究成果の概要 |
円口類のヌタウナギは、染色体放出を行うことが知られている。本研究課題では、次世代シーケンサーを用いてこの種の生殖細胞ゲノムと体細胞ゲノムの全ゲノム配列それぞれを決定した。アセンブルの結果得られたドラフトゲノムは、体細胞で、Scaffold(>500bp) が94,650本、生殖細胞で83,538 本、k-mer (k=40) 頻度分布で補正したゲノムサイズは体細胞で 1.77 Gb、生殖細胞では2.09 Gbと、これまでの解析から想定した値に近似した。現在、RNA-seqデータのマッピング等により、生殖細胞特異的な領域の詳細を解析中である。
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