ひとつの生物のすべての転写因子の制御機能の解明

• 研究課題/領域番号: 25430173
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 基金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: ゲノム生物学
• 研究機関: 法政大学
• 研究代表者: 石浜 明 法政大学, マイクロ・ナノテクノロジー研究センター, 研究員 (80019869)
• 研究期間 (年度): 2013-04-01 – 2016-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2015年度)
• 配分額: 5,330千円 (直接経費: 4,100千円、間接経費: 1,230千円); 2015年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円); 2014年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円); 2013年度: 2,600千円 (直接経費: 2,000千円、間接経費: 600千円)
• キーワード: 転写因子 / RNAポリメラーゼ / シグマ因子 / ゲノム制御 / 転写調節 / 大腸菌 / SELEX / 転写制御 / ゲノム / 遺伝子 / プロモータ－ / 制御ネットワーク

研究成果の概要

細菌ゲノムに含まれる数千遺伝子から、転写遺伝子の選択と転写レベル決定は、転写酵素RNAポリメラーゼが、２段階での転写調節因子（シグマ因子と転写因子）との相互作用で決定される。大腸菌の7種類シグマ因子と約300種転写因子の全てに関して、独自に開発したSELEX法を利用し、認識し制御する遺伝子セットを同定し、その基盤で、制御標的遺伝子セットを個別に同定した。これは、『ひとつの生物のすべての転写因子の制御機能解明』を同定した、ゲノム新時代最初の画期的成果である。成果は、TEC データベースとして、国立遺伝学研究所から公開した。

研究成果

• [雑誌論文] Transcription profile of Escherichia coli: Genomic SELEX search for regulation targets of transcription factors. (2016)
  • 著者名/発表者名: Ishihama, A., Shimada, T. and Yamazaki, Y.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 巻: 44 号: 5 ページ: 2058-2074
  • DOI: 10.1093/nar/gkw051
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Transcription factor CecR (YbiH) regulates a set of genes affecting the sensitivity of Escherichia coli against cefoperazone and chloramphenicol (2016)
  • 著者名/発表者名: Yamanaka, Y., Shimada, T., Yamamoto, K. and Ishihama, A.
  • 雑誌名: Microbiology 巻: 162 号: 7 ページ: 1253-1264
  • DOI: 10.1099/mic.0.000292
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Strength and regulation of seven rRNA promoters in Escherichia coli (2015)
  • 著者名/発表者名: Maeda, M., Shimada, T. and Ishihama, A.
  • 雑誌名: PLoS ONE 巻: 10 ページ: 0144697-0144697
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Role of transcription factor NimR (YeaM) in sensitivity control of Escherichia coli to 2-nitroimidazole (2015)
  • 著者名/発表者名: Ogasawara, H., Ohe, S. and Ishihama, A.
  • 雑誌名: FEMS Microbiology Letters 巻: 362 号: 1 ページ: 1-8
  • DOI: 10.1093/femsle/fnu013
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Three members of polyamine modulon under oxidative stress conditions: Two transcription factors (SoxR and EmrR) and a glutathione synthase enzyme (GshA) (2015)
  • 著者名/発表者名: Sakamoto, A., Terui, Y., Yoshida, T., Yamamoto, T., Suzuki, H., Yamamoto, K., Ishihama A., Igarashi, K. and Kashiwagi, K.
  • 雑誌名: PLoS ONE 巻: 10 号: 4 ページ: e0124883-e0124883
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0124883
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Expanded roles of Lrp in transcription regulation of the Eschericia coli genome: Genomic SELEX screening of the regulation targets (2015)
  • 著者名/発表者名: Shimada, T., Saito, N., Maeda, M., Tanaka, K. and Ishihama, A
  • 雑誌名: Microbial Genomics 巻: 1
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Expanded roles of two-component response regulator OmpR in Escherichia coli: genomic SELEX search for novel regulation targets. (2015)
  • 著者名/発表者名: Shimada T, Takada H, Yamamoto K, Ishihama A.
  • 雑誌名: Genes to Cells 巻: 11 号: 11 ページ: 915-931
  • DOI: 10.1111/gtc.12282
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Growth phase dependent changes in the structure and protein composition of nucleoid in Escherichia coli (2015)
  • 著者名/発表者名: Talukder, A.A. and Ishihama, A
  • 雑誌名: Science China Life Science 巻: 58 号: 9 ページ: 902-911
  • DOI: 10.1007/s11427-015-4898-0
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Cooperative regulation of the common target genes between hydrogen peroxide-response YedVW and copper-response CusSR in Escherichia coli. (2015)
  • 著者名/発表者名: Urano, H., Yamamoto, Y., Ishihama, A. and Ogasawara, H.: Cooperative regulation of the common target genes between hydrogen peroxide-response YedVW and copper-response CusSR in Escherichia coli.
  • 雑誌名: Microbiology 巻: 161 号: 4 ページ: 729-738
  • DOI: 10.1099/mic.0.000026
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Induction of the Escherichia coli yijE gene expression by involved in cystine (2015)
  • 著者名/発表者名: Yamamoto, K., Nonaka, G., Ozawa, T., Nakanishi, K. and Ishihama, A.
  • 雑誌名: Bioscience Biotechnology and Biochemistry 巻: 79 号: 2 ページ: 601-612
  • DOI: 10.1080/09168451.2014.972328
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Cross-talk in promoter recognition between six NalL-family response regulators of Escherichia coli two-component system (2015)
  • 著者名/発表者名: Yoshida, M., Ishihama, A. and Yamamoto, K
  • 雑誌名: Genes Cells 巻: 20 号: 7 ページ: 601-612
  • DOI: 10.1111/gtc.12251
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Regulatory role of transcription factor SutR (YdcN) in sulfur utilization. (2014)
  • 著者名/発表者名: Yamamoto, K., Nakano, M. and Ishihama, A.
  • 雑誌名: Microbiology 巻: 161 号: 1 ページ: 99-111
  • DOI: 10.1099/mic.0.083550-0
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Unprecedented high-resolution view of bacterial operon architecture revealed by RNA sequencing. (2014)
  • 著者名/発表者名: Conway T, Creecy JP, Maddox SM, Grissom JE, Conkle TL, Shadid TM, Teramoto J, San Miguel P, Shimada T, Ishihama A, Mori H, Wanner BL.
  • 雑誌名: MBio 巻: 5 号: 4
  • DOI: 10.1128/mbio.01442-14
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Repression of flagellar genes in exponential phase by CsgD and CpxR, two crucial modulators of Escherichia coli biofilm formation. (2014)
  • 著者名/発表者名: Dudin O, Geiselmann J, Ogasawara H, Ishihama A, Lacour S.
  • 雑誌名: Journal of Bacteriology 巻: 196 号: 3 ページ: 707-715
  • DOI: 10.1128/jb.00938-13
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Intracellular concentrations of transcription factors in Escherichia coli: 65 species with known regulatory functions. (2014)
  • 著者名/発表者名: Ishihama, A., Kori, A., Koshio, E., Yamada, K., Maeda, H., Shimada, T., Makinoshima, H., Iwata, A. and Fujita, N.
  • 雑誌名: journal of Bacteriology 巻: 196 ページ: 2718-2727
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Involvement of cAMP-CRP in transcription activation and repression of the pck gene encoding PEP carboxykinase, the key enzyme of gluconeogenesis. (2014)
  • 著者名/発表者名: Nakano, M., Ogasawara, H., Shimada, T., Yamamoto, K. and Ishihama, A.
  • 雑誌名: FEMS Microbiology Letters 巻: 355 号: 2 ページ: 93-99
  • DOI: 10.1111/1574-6968.12466
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Roles of cell division control factor SdiA: recognition of quorum sensing signals and modulation of transcription regulation targets (2014)
  • 著者名/発表者名: Tomohiro Shimada1,2,3, Kaori Shimada, Makoto Matsui, Yuichi Kitai, Jun Igarashi, Hiroaki Suga, Akira Ishihama
  • 雑誌名: Genes to Cells 巻: 19 号: 5 ページ: 405-418
  • DOI: 10.1111/gtc.12139
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] The whole set of constitutive promoters recognized by RNA polymerase RpoD holoenzyme of Escherichia coli (2014)
  • 著者名/発表者名: Tomohiro Shimada, Yukiko Yamazaki, Kan Tanaka and Akira Ishihama
  • 雑誌名: PLos One 巻: 9 号: 3 ページ: e90447-e90447
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0090447
  • 査読あり
• [雑誌論文] Role for σ38 in prolonged survival of Escherichia coli in Drosophila melanogaster. (2014)
  • 著者名/発表者名: Shiratsuchi, A., Shimamoto, N., Nitta, M., Tuan, T. Q., Firdausi, A., Gawasawa, M., Yamamoto, K., Ishihama, A., and Nakanishi, Y.
  • 雑誌名: J. Immunol. 巻: 192 号: 2 ページ: 666-675
  • DOI: 10.4049/jimmunol.1300968
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Induction of the Escherichia coli yijE gene expression by involved in cystine. (2014)
  • 著者名/発表者名: Yamamoto, K., Nonaka, G., Ozawa, T., Nakanishi, K. and Ishihama, A.
  • 雑誌名: Bioscience Biotechnology and Biochemistry 巻: 27 ページ: 1-5
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Expression levels of transcription factors in Escherichia coli: Growth phase-dependent variation of 94 regulators from 7 families. (2014)
  • 著者名/発表者名: Yamamoto, K., Watanabe, H. and Ishihama, A.
  • 雑誌名: Microbilogy 巻: 160 号: 9 ページ: 1903-1913
  • DOI: 10.1099/mic.0.079889-0
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] The Role of YdeO regulator for Escherichia coli response to acidic and anaerobic stresses. (2014)
  • 著者名/発表者名: Yamanaka, Y., Oshima, T., Ishihama, A. and Yamamoto, K.
  • 雑誌名: PLoS ONE 巻: 9 号: 11 ページ: e111962-e111962
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0111962
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Roles of cell division control factor SdiA: Recognition of quorum sensing signals and modulation of transcription regulation targets (2014)
  • 著者名/発表者名: Shimada, T., Shimada, K., Matsui, M., Kitai, Y., Igarashi, J., Suga, H. and Ishihama, A.
  • 雑誌名: Genes Cells 巻: 19
  • 査読あり
• [雑誌論文] Role of σ38 in prolonged survival of Escherichia coli in Drosophila melanogaster (2014)
  • 著者名/発表者名: Shiratsuchi, A., Shimamoto, N., Tusan, T.Q., Mitta, M., Firdausi, A., Nagasawa, M., Yamamoto, K., Ishihama, A. and Nakanishi, Y.
  • 雑誌名: J. Immunol. 巻: 192 ページ: 666-675
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification of the set of genes, including nonannotated morA, under the direct control of ModE in Escherichia coli. (2013)
  • 著者名/発表者名: Kurata T, Katayama A, Hiramatsu M, Kiguchi Y, Takeuchi M, Watanabe T, Ogasawara H, Ishihama A, Yamamoto K.
  • 雑誌名: Journal of Bacteriology 巻: 195 号: 19 ページ: 4496-4505
  • DOI: 10.1128/jb.00304-13
  • 査読あり
• [雑誌論文] The nucleoid-associated protein Dan organizes chromosomal DNA through rigid nucleoprotein filament formation in Escherichia coli during anoxia. (2013)
  • 著者名/発表者名: Lim, C.J., Lee, S.Y., Teramoto, J., Ishihama, A. and Yan, J
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 巻: 41 号: 2 ページ: 746-753
  • DOI: 10.1093/nar/gks1126
  • 査読あり
• [雑誌論文] Involvement of EnvZ-OmpR two-component system in virulence control of Escherichia coli in Drosophila melanogaster. (2013)
  • 著者名/発表者名: Pullkay, P., Nakanishi, Y, Nitta, M., Yamamoto, K., Ishihama, A., and Shiratsuchi, A.
  • 雑誌名: Biochem. Biophys. Res. Commun. 巻: 438 号: 2 ページ: 306-311
  • DOI: 10.1016/j.bbrc.2013.07.062
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structural change of DNA induced by nucleoid proteins: Growth phase-specific Fis and stationary phase-specific Dps (2013)
  • 著者名/発表者名: Yuko T. Sato, Shun N. Watanabe, Takahiro Kenmotsu, Masatoshi Ichikawa, Yuko Yoshikawa, Jun Teramoto, Tadayuki Imanaka, Akira Ishihama and Kenichi Yoshikawa
  • 雑誌名: Biophysical Journal 巻: 105 号: 4 ページ: 1037-1044
  • DOI: 10.1016/j.bpj.2013.07.025
  • 査読あり
• [雑誌論文] Involvement of the ribose operon repressor RbsR in regulation of purine nucleotide synthesis in Escherichia coli (2013)
  • 著者名/発表者名: Shimada, T., Kori, A. and Ishihama, A.
  • 雑誌名: FEMS Microbiol. Lett. 巻: 344 号: 2 ページ: 159-165
  • DOI: 10.1111/1574-6968.12172
  • 査読あり
• [雑誌論文] Screening of promoter-specific transcription factors: Multiple regulators for the sdiA gene involved in cell differentiation and quorum sensing (2013)
  • 著者名/発表者名: Shimada, K., Ogasawara, H., Yamada, K., Shimura, M., Kori, A., Shimada, T., Yamanaka,Y., Yamamoto, K. and Ishihama, A.
  • 雑誌名: Microbiology 巻: 159 ページ: 2501-2512
  • 査読あり
• [雑誌論文] Regulation of the rmf gene encoding ribosome modulation factor in Escherichia coli: Involvement of cAMP receptor protein (2013)
  • 著者名/発表者名: Shimada, T., Yoshida, H. and Ishihama, A.
  • 雑誌名: J. Bacteriol. 巻: 195 号: 10 ページ: 2212-2219
  • DOI: 10.1128/jb.02279-12
  • 査読あり
• [雑誌論文] バイオフィルム形成に関わる遺伝子群の転写制御 (2013)
  • 著者名/発表者名: 石浜 明
  • 雑誌名: Bacterial Adherence & Biofilm 巻: 26 ページ: 5-8
• [雑誌論文] A novel regulator PgrR for switch control of peptideglycan recycling in Escherichia coli. (2012)
  • 著者名/発表者名: Shimada, T., Yamazaki, K. and Ishihama, A.
  • 雑誌名: Genes to Cells 巻: 18 号: 2 ページ: 123-134
  • DOI: 10.1111/gtc.12026
  • 査読あり
• [学会発表] 大腸菌バイオフィルム形成統括因子CsgDの新規発現抑制機構の解明 (2016)
  • 著者名/発表者名: 石塚俊行、太田あず佐、石浜 明、小笠原 寛
  • 学会等名: 第10回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 東工大・大岡山、東京都目黒区
  • 年月日: 2016-03-04
• [学会発表] Milestone toward Understanding Bacterial Genome Regulation (2015)
  • 著者名/発表者名: Ishihama, A.
  • 学会等名: Asian Conference in Transcription 2015
  • 発表場所: National University Sigapore, Singapore
  • 年月日: 2015-12-03
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Role of the linker between oligomerization and DNA-binding domains of H-NS in gene silencing (2015)
  • 著者名/発表者名: Yamanaka, Y., Winardhi, R.S., Yan, J., Kenney, L.J., Ishihama, A. and Yamamoto. K.
  • 学会等名: Asian Conference in Transcription 2015
  • 発表場所: National University Sigapore, Singapore
  • 年月日: 2015-12-03
  • 国際学会
• [学会発表] Cross-talk in transcriptional regulation between response regulators of Escherichia coli two- component system (2015)
  • 著者名/発表者名: Yoshida, M., Yamamoto, K. and Ishihama, A
  • 学会等名: Asian Conference in Transcription 2015
  • 発表場所: National University Sigapore, Singapore
  • 年月日: 2015-12-03
  • 国際学会
• [学会発表] 大腸菌バイオフィルム形成統括因子CsgDの新規転写制御因子の同定と機能解明 (2015)
  • 著者名/発表者名: 石塚俊行、石浜 明、小笠原 寛
  • 学会等名: 第38回日本分子生物学会・第88回日本生化学会合同大会
  • 発表場所: 神戸ポートアイランド、兵庫県神戸市
  • 年月日: 2015-12-01
• [学会発表] 大腸菌べん毛形成マスターレギュレーターFlhDCの新規転写調節因子の同定と機能解明 (2015)
  • 著者名/発表者名: 増井祥平、石塚俊行、Parul Singh、Aswin Sai Narain Seshasayee、石浜 明、小笠原 寛
  • 学会等名: 第38回日本分子生物学会・第88回日本生化学会合同大会
  • 発表場所: 神戸ポートアイランド、兵庫県神戸市
  • 年月日: 2015-12-01
• [学会発表] 大腸菌二成分制御系EnvZ-OmpRの宿主内持続感染と宿主傷害性における役割 (2015)
  • 著者名/発表者名: 白土明子，伊藤貴弘，黒田阿友美，島本尚人，山本兼由、石浜明、中西義信
  • 学会等名: 第38回日本分子生物学会・第88回日本生化学会合同大会
  • 発表場所: 神戸ポートアイランド、兵庫県神戸市
  • 年月日: 2015-12-01
• [学会発表] 細菌ゲノムの段階的高次構造形成 (2015)
  • 著者名/発表者名: 山中 幸、Yan Jie、Linda J Kenney、石浜 明、山本兼由
  • 学会等名: 日本農芸化学会2015関東支部大会
  • 発表場所: お茶の水女子大学、東京都文京区
  • 年月日: 2015-09-26
• [学会発表] 大腸菌二成分制御系EnvZ-OmpRによる宿主感染時の病原性の調節 (2015)
  • 著者名/発表者名: 伊藤貴弘、黒田阿友美、山本兼由、石浜明、中西義信、白土明子
  • 学会等名: 日本生化学会北陸支部第33回支部大会
  • 発表場所: 富山大学、富山県富山市
  • 年月日: 2015-05-23
• [学会発表] 大腸菌シグマ因子RpoSによるショウジョウバエへの持続感染 (2015)
  • 著者名/発表者名: 島本尚人、新田真緒、山本兼由、石浜明、中西義信、白土明子
  • 学会等名: 日本生化学会北陸支部第33回支部大会
  • 発表場所: 富山大学、富山県富山市
  • 年月日: 2015-05-23
• [学会発表] 筋萎縮性側索硬化症の封入体成分TDP-43タンパク質はRNA立体構造を認識する (2014)
  • 著者名/発表者名: 石黒 亮、渡辺すみ子、渡邊裕斗、山本兼由、石浜 明
  • 学会等名: 第37回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜 (横浜、神奈川)
  • 年月日: 2014-11-25 – 2014-11-27
• [学会発表] 異なる環境シグナルを認識するふたつの二成分制御系YedV/YedW, CusS/CusRによる共通標的遺伝子発現制御機構の解明 (2014)
  • 著者名/発表者名: 浦野浩行、石浜 明、小笠原 寛
  • 学会等名: 第37回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜 (横浜、神奈川)
  • 年月日: 2014-11-25 – 2014-11-27
• [学会発表] CRP (cyclic AMP recepter protein)によるバイオフィルム形成調節因子MlrAの発現制御機構の解明 (2014)
  • 著者名/発表者名: 小笠原 寛、小口卓也、佐野晃太郎、島田友裕、石浜 明
  • 学会等名: 第37回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜 (横浜、神奈川)
  • 年月日: 2014-11-25 – 2014-11-27
• [学会発表] 大腸菌レスポンスレギュレーターFimZによる細胞形態制御 (2014)
  • 著者名/発表者名: 小川綾乃、石浜 明、山本兼由
  • 学会等名: 第37回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜 (横浜、神奈川)
  • 年月日: 2014-11-25 – 2014-11-27
• [学会発表] 細菌ヒストン様タンパク質H-NSによるゲノム転写制御の機能解析 (2014)
  • 著者名/発表者名: 山本兼由、山中 幸、大島 拓、石浜 明
  • 学会等名: 第37回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜 (横浜、神奈川）
  • 年月日: 2014-11-25 – 2014-11-27
• [学会発表] 100Sリボゾーム形成に関与するストレス応答因子群の探索 (2014)
  • 著者名/発表者名: 吉田秀司、島田友裕、牧 泰史、古池 晶、上田雅美、和田千恵子、和田 明、石浜 明
  • 学会等名: 第37回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜 (横浜、神奈川）
  • 年月日: 2014-11-25 – 2014-11-27
• [学会発表] Systematic search for stress-response factors influencing the 100S ribosome formation (2014)
  • 著者名/発表者名: H. Yoshida, T. Shimada, Y. Maki, S. Furuike, M. Ueta, C. Wada, A. Wada, and A. Ishihama
  • 学会等名: 2014 FEBS-EMBO
  • 発表場所: Palais des Congres de Paris (Paris, France)
  • 年月日: 2014-08-30 – 2014-09-04
• [学会発表] 100Sリボソーム形成に影響を与えるストレス応答因子群の探索 (2014)
  • 著者名/発表者名: 吉田秀司、島田友裕、牧 泰史、古池 晶、上田雅美、和田千恵子、和田 明、石浜 明
  • 学会等名: 第16回 日本RNA学会
  • 発表場所: ウインク愛知 (名古屋、愛知)
  • 年月日: 2014-07-23 – 2014-07-25
• [学会発表] 大腸菌GadEによる核様体抑制プロモーターの活性化 (2014)
  • 著者名/発表者名: 山中 幸、志波 優、山本健太郎、川岸郁朗、吉川博文、石浜 明、山本兼由
  • 学会等名: 第11回21世紀大腸菌研究会
  • 発表場所: ホテル大観 (盛岡、岩手)
  • 年月日: 2014-06-05 – 2014-06-06
• [学会発表] 大腸菌バイオフィルム形成統括制御因子CsgDの新規発現調節機構の探索と機能解析 (2014)
  • 著者名/発表者名: 小笠原寛、石塚俊行、石浜 明
  • 学会等名: 第11回21世紀大腸菌研究会
  • 発表場所: ホテル大観 (盛岡、岩手)
  • 年月日: 2014-06-05 – 2014-06-06
• [学会発表] 大腸菌RNAポリメラーゼRpoDホロ酵素によって認識されるConstitutive Promotersの探索と解析 (2014)
  • 著者名/発表者名: 島田友裕、山崎由紀子、田中 寛、石浜 明
  • 学会等名: 第11回21世紀大腸菌研究会
  • 発表場所: ホテル大観 (盛岡、岩手)
  • 年月日: 2014-06-05 – 2014-06-06
• [学会発表] Prokaryotic genome regulation: Mutli-target regulators and multi-factor promoters (2014)
  • 著者名/発表者名: Ishihama, A.
  • 学会等名: 13th Asian Conference on Transcription
  • 発表場所: Univ. College, Melbourne, Australia
• [学会発表] Prokaryotic genome regulation: A revolutionary paradigm (2014)
  • 著者名/発表者名: Ishihama, A.
  • 学会等名: 17th Transcription Assembly
  • 発表場所: JNCASR, Bangalore, India
  • 招待講演
• [学会発表] 大腸菌GadEによるゲノム発現制御メカニズムの解明 (2014)
  • 著者名/発表者名: 山中幸、志波優、川岸郁朗、吉川博文、石浜明、山本兼由
  • 学会等名: 日本農芸化学会2014東京大会
  • 発表場所: 明治大学生田キャンパス
• [学会発表] ビフィズス菌との細菌間相互作用に応答する大腸菌遺伝子発現機構 (2014)
  • 著者名/発表者名: 小島渓晃、森田英利、石浜明、山本兼由
  • 学会等名: 日本農芸化学会2014東京大会
  • 発表場所: 明治大学生田キャンパス
• [学会発表] The whole set of constitutive promoters recognized by RNA polymerase RpoD holoenzyme of Escherichia coli (2014)
  • 著者名/発表者名: Shimada, T., Yamazaki, Y., Tanaka, K. and Ishihama, A
  • 学会等名: 法政大学マイクロナノテクノロジー研究開発センター公開シンポジウム
  • 発表場所: 法政大学マルチメディアホール
• [学会発表] Screening in vitro of promoter-specific transcription factors: Identification of TFs involved in regulation of the E. coli sdiA gene for control of cell division and differentiation (2014)
  • 著者名/発表者名: Ishihama, A., Shimada, K., Ogasawara, Y., Shimada, T., Yamada, K., Kori, A., Yamamoto, K. and Kawagishi, I
  • 学会等名: 法政大学マイクロナノテクノロジー研究開発センター公開シンポジウム
  • 発表場所: 法政大学マルチメディアホール
• [学会発表] 細菌の環境応答機構における制御ネットワーク (2014)
  • 著者名/発表者名: 吉多美祐、安達友美、渡邊宏樹、石浜 明、山本 兼由
  • 学会等名: 法政大学マイクロナノテクノロジー研究開発センター公開シンポジウム
  • 発表場所: 法政大学マルチメディアホール
• [学会発表] Transcription regulation by cAMP-CRP of the rmf gene for 10S ribosome formation (2013)
  • 著者名/発表者名: Yoshida, H., Shimada, T., Maki, Y., Furuike, S., Uea, M., Wada, C., Wada, A. and Ishihama, A.
  • 学会等名: The 18th Annu. Meet. RNA Society
  • 発表場所: Dovos, Switzerland
• [学会発表] 大腸菌における全tRNA遺伝子オペロンの発現プロファイルの解析-Fisの関与 (2013)
  • 著者名/発表者名: 秋元隼風、長谷川喬彬、石浜 明、前田理久
  • 学会等名: 第36回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 神戸ポートピア、国際会議場
• [学会発表] ひとつのプロモーターを制御するすべての転写因子のPS-TF法による探索: 大腸菌細胞分裂分化制御因子SdiA遺伝子プロモーター (2013)
  • 著者名/発表者名: 石浜 明、島田佳織、小笠原 寛、島田友裕、山田佳代子, 郡 彩子、山本兼由、川岸郁朗
  • 学会等名: 第36回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 神戸ポートピア、国際会議場
• [学会発表] 大腸菌RNAポリメラーゼRpoDホロ酵素によって認識されるConstitutive Promotersの探索と解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 島田友裕, 山崎由紀子, 田中 寛, 石浜 明
  • 学会等名: 第36回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 神戸ポートピア、国際会議場
• [学会発表] 大腸菌の細胞形態形成制御に関する転写因子群の探索 (2013)
  • 著者名/発表者名: 小川 綾乃、吉多美祐、石浜 明、山本 兼由
  • 学会等名: 第36回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 神戸ポートピア、国際会議場
• [学会発表] 大腸菌RNAポリメラーゼに直接結合するタンパク質の網羅的解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 平 優季、片山 映、石浜 明、山本兼由
  • 学会等名: 第36回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 神戸ポートピア、国際会議場
• [学会発表] 大腸菌の二成分制御系レスポンスレギュレーター間における転写制御ネットワーク (2013)
  • 著者名/発表者名: 吉多 美祐、安達友美、渡邊宏樹、石浜 明、山本 兼由
  • 学会等名: 第36回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 神戸ポートピア、国際会議場
• [学会発表] 大腸菌核様体形成の主要蛋白H-NSのシステマティックな制御機能解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 山本兼由、山中 幸、大島 拓、山田佳代子、岩田紀子、大村悦子、崎井裕貴、中川日出子、曽和義幸、川岸郁朗、石浜 明
  • 学会等名: 第36回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 神戸ポートピア、国際会議場
• [学会発表] PS-TF screeningによる大腸菌バイオフィルム統括制御因子csgDプロモーター特異的転写因子の探索 (2013)
  • 著者名/発表者名: 小笠原 寛、石塚俊行、石浜 明
  • 学会等名: 第36回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 神戸ポートピア、国際会議場
• [学会発表] 細菌細胞アミロイド様線維蛋白高発現に応答する転写二成分制御系 (2013)
  • 著者名/発表者名: 加藤佑輝、石浜 明、小笠原 寛
  • 学会等名: 第36回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 神戸ポートピア、国際会議場
• [学会発表] 大腸菌機能未知二成分制御系YedV/YedWによる遺伝子発現制御機構の解明 (2013)
  • 著者名/発表者名: 浦野浩行、石浜明、小笠原 寛
  • 学会等名: 第36回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 神戸ポートピア、国際会議場
• [学会発表] 100Sリボゾームの形成に関係するrmf遺伝子の転写制御とストレス応答因子群の探索 (2013)
  • 著者名/発表者名: 吉田秀司、島田友裕、牧 泰史、古池 晶、上田雅美、和田千恵子、和田 明、石浜 明
  • 学会等名: 第36回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 神戸ポートピア、国際会議場
• [学会発表] cAMP-CRPによる100Sリボソーム形成遺伝子rmfの転写制御 (2013)
  • 著者名/発表者名: 島田友裕、吉田秀司、石浜 明
  • 学会等名: 第7回日本ゲノム微生物学会若手の会研究会
  • 発表場所: ろうきん研修所富士センター
• [学会発表] 大腸菌コロニー形成に関与する新奇遺伝子morA (2013)
  • 著者名/発表者名: 竹内真実、倉田竜明、石浜明、山本兼由
  • 学会等名: 第12回微生物研究会
  • 発表場所: 東京電機大学
• [学会発表] Transcriptional regulatory cascade for response to acidic and anaerobic stresses in Escherichia coli (2013)
  • 著者名/発表者名: 山中幸、大島拓、石浜明、山本兼由
  • 学会等名: 第12回微生物研究会
  • 発表場所: 東京電機大学
• [学会発表] 大腸菌K12株の全二成分制御系遺伝子プロモーターの包括的発現解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 渡邊宏樹、石浜明、山本兼由
  • 学会等名: 第12回微生物研究会ビフィズス菌との細菌間相互作用に応答する大腸菌遺伝子発現機構
  • 発表場所: 東京電機大学
• [図書] Stress and Environmental Control of Gene Expression in Bacteria (2016)
  • 著者名/発表者名: Ishihama, A.
  • 出版者: John Wiley & Sons
• [図書] Wiley and Blackwell Publishers (2015)
  • 著者名/発表者名: A. Ishihama
  • 出版者: Stress Response and Environmental Control of Gene Expression in Bacteria
• [備考] TECデータベース