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速度データの相関解析に基づく非二状態蛋白質のフォールディング機構研究

研究課題

研究課題/領域番号 25440075
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
研究分野 生物物理学
研究機関東京大学 (2015-2016)
総合研究大学院大学 (2013-2014)

研究代表者

桑島 邦博  東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 名誉教授 (70091444)

研究協力者 李 柱榮  韓国高等科学院, 教授
MANAVALAN Balachandran  韓国高等科学院, 研究員
研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2017-03-31
研究課題ステータス 完了 (2016年度)
配分額 *注記
5,200千円 (直接経費: 4,000千円、間接経費: 1,200千円)
2015年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2014年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2013年度: 2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円)
キーワードフォールディング / 速度論 / データベース
研究成果の概要

球状蛋白質のフォールディング速度過程に関する文献調査を行い,蛋白質フォールディングのデータベースを構築した。データベースの総エントリー数は141(非二状態蛋白質59,二状態蛋白質82)である。このデータベースから,非二状態蛋白質と二状態蛋白質を,それぞれ別々に取りだし,フォールディング速度定数の対数(ln kf)と,蛋白質の立体構造特性との間の相関を解析した。立体構造特性として,研究代表者等が提案している非局所的接触クラスターの数の対数(ln Nc)を用いることにより,非二状態蛋白質と二状態蛋白質のフォールディング分子機構の違いを明確に示すことが出来た。

報告書

(5件)
  • 2016 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2015 実施状況報告書
  • 2014 実施状況報告書
  • 2013 実施状況報告書
  • 研究成果

    (31件)

すべて 2017 2016 2015 2014 2013 その他

すべて 国際共同研究 (3件) 雑誌論文 (9件) (うち査読あり 9件、 オープンアクセス 1件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (17件) (うち国際学会 6件、 招待講演 15件) 図書 (1件) 備考 (1件)

  • [国際共同研究] 韓国高等科学院(韓国)

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [国際共同研究] Korea Institute for Advanced Study(韓国)

    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
  • [国際共同研究]

    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Irreversible denaturation of maltodextrin glucosidase studied by differential scanning calorimetry, circular dichroism, and turbidity measurements.2014

    • 著者名/発表者名
      Goyal M, Chaudhuri TK, Kuwajima K.
    • 雑誌名

      PLoS One

      巻: 9 号: 12 ページ: e115877-e115877

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0115877

    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Dissection of the ATP-dependent conformational change cycle of a group II chaperonin.2014

    • 著者名/発表者名
      Nakagawa A, Moriya K, Arita M, Yamamoto Y, Kitamura K, Ishiguro N, Kanzaki T, Oka T, Makabe K, Kuwajima K, Yohda M.
    • 雑誌名

      J Mol Biol.

      巻: 426 号: 2 ページ: 447-459

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2013.09.034

    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The use of spin desalting columns in DMSO-quenched H/D-exchange NMR experiments2013

    • 著者名/発表者名
      Mahesh S. Chandak, Takashi Nakamura, Toshio Takenaka, Tapan K. Chaudhuri, Maho Yagi-Utsumi, Jin Chen, Koichi Kato, Kunihiro Kuwajima
    • 雑誌名

      Protein Science

      巻: 22 号: 4 ページ: 486-491

    • DOI

      10.1002/pro.2221

    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Molecular mechanisms of the cytotoxicity of human α-lactalbumin made lethal to tumor cells (HAMLET) and other protein-oleic acid complexes.2013

    • 著者名/発表者名
      Nakamura T, Aizawa T, Kariya R, Okada S, Demura M, Kawano K, Makabe K, Kuwajima K.
    • 雑誌名

      J Biol Chem.

      巻: 288 号: 20 ページ: 14408-14416

    • DOI

      10.1074/jbc.m112.437889

    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The H/D-exchange Kinetics of the Escherichia coli Co-chaperonin GroES Studied by 2D-NMR and DMSO-Quenched Exchange Methods.2013

    • 著者名/発表者名
      Chandak MS, Nakamura T, Makabe K, Takenaka T, Mukaiyama A, Chaudhuri TK, Kato K, Kuwajima K.
    • 雑誌名

      J Mol Biol.

      巻: 425 号: 14 ページ: 2541-2560

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2013.04.008

    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] NMR characterization of interaction of GroEL with amyloid β as a model ligand.2013

    • 著者名/発表者名
      M.Yagi-Utsumi, T.Kunihara, T.Nakamura, Y.Uekusa, K.Makabe, K.Kuwajima, and K.Kato
    • 雑誌名

      FEBS Lett.

      巻: 587 号: 11 ページ: 605-609

    • DOI

      10.1016/j.febslet.2013.04.007

    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] ATP dependent rotational motion of group II chaperonin observed by X-ray single molecule tracking.2013

    • 著者名/発表者名
      Sekiguchi H, Nakagawa A, Moriya K, Makabe K, Ichiyanagi K, Nozawa S, Sato T, Adachi S, Kuwajima K, Yohda M, Sasaki YC.
    • 雑誌名

      PLoS One

      巻: 8 号: 5 ページ: e64176-e64176

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0064176

    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Solvent environments significantly affect the enzymatic function of Escherichia coli dihydrofolate reductase: Comparison of wild-type protein and active-site mutant D27E2013

    • 著者名/発表者名
      E. Ohmae, Y. Miyashita, S. Tate, K. Gekko, S. Kitazawa, R. Kitahara, and K. Kuwajima
    • 雑誌名

      Biocim. Biophys. Acta

      巻: 1834 号: 12 ページ: 2782-2794

    • DOI

      10.1016/j.bbapap.2013.09.024

    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The catalytic domain of topological knot tRNA methyltransferase (TrmH) discriminates between substrate tRNA and nonsubstrate tRNA via an induced-fit process.2013

    • 著者名/発表者名
      A. Ochi, K. Makabe, R. Yamagami, A. Hirata, R. Sakaguchi, Y.M. Hou, K. Watanabe, O. Nureki, K. Kuwajima, and H. Hori
    • 雑誌名

      J. Biol. Chem.

      巻: 288 号: 35 ページ: 25562-25574

    • DOI

      10.1074/jbc.m113.485128

    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Folding mechanism of Borrelia burgdorferi Osp A, a dumbbell-shaped two-domain protein2017

    • 著者名/発表者名
      Makabe, K. & Kuwajima, K.
    • 学会等名
      The 3rd Korean-Polish Conference on Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches
    • 発表場所
      Jeongsun-kun (Korea)
    • 年月日
      2017-02-05
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Relationship between the folding rate and structure-based parameters of globular proteins2016

    • 著者名/発表者名
      Manavalan, B., Kuwajima, K. & Lee, J.
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場(茨城県つくば市)
    • 年月日
      2016-11-25
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] The problem of protein folding2016

    • 著者名/発表者名
      Kuwajima, K., Manavalan, B. & Lee, J.
    • 学会等名
      The 16th KIAS Conference on Protein Structure
    • 発表場所
      Seoul (Korea)
    • 年月日
      2016-09-22
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Relationship between the folding rate and structure-based parameters of globular proteins2016

    • 著者名/発表者名
      Manavalan, B., Kuwajima, K. & Lee, J.
    • 学会等名
      第16回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      福岡国際会議場(福岡県福岡市)
    • 年月日
      2016-06-07
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] The problem of protein folding2016

    • 著者名/発表者名
      Kuwajima, K., Manavalan, B. & Lee, J.
    • 学会等名
      The 2nd Polish-Korean Conference on Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches
    • 発表場所
      Gdansk (Poland)
    • 年月日
      2016-05-28
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] The H/D-exchange kinetics of a fully unfolded protein studied by the DMSO-quenched and 2D NMR techniques2016

    • 著者名/発表者名
      Kuwajima, K., Chandak, M.S., Yagi-Utsumi, M., Yamaguchi, T., Nakamura, T. & Kato, K.
    • 学会等名
      The 8th Japan-Korea Seminar on Biomolecular Science: Experiments and Simulations
    • 発表場所
      自然科学研究機構・岡崎コンファレンスセンター(愛知県岡崎市)
    • 年月日
      2016-02-15
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] The problem of protein folding2015

    • 著者名/発表者名
      Korea Institute for Advanced Study (KIAS), Seoul, Korea
    • 学会等名
      The 14th FAOBMB Congress
    • 発表場所
      CSIR-Centre for Cellular & Molecular Biology (CCMB), Hyderabad, India
    • 年月日
      2015-11-27
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Formation of the chaperonin complex studied by 2D NMR and isothermal titration calorimetry2015

    • 著者名/発表者名
      Kuwajima, K.
    • 学会等名
      The 15th KIAS Conference on Protein Structure
    • 発表場所
      Korea Institute for Advanced Study (KIAS), Seoul, Korea
    • 年月日
      2015-09-17
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Anti-tumor complexes formed by oleic acid and molten globule intermediates of proteins2015

    • 著者名/発表者名
      Kuwajima, K.
    • 学会等名
      The 1st Korean-Polish Conference on Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches
    • 発表場所
      Korea Institute for Advanced Study (KIAS), Seoul, Korea
    • 年月日
      2015-05-24
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] A contact-based topological quantity and its relationships with the folding kinetics of non-two-state and two-state proteins2014

    • 著者名/発表者名
      Balachandran, M., Kuwajima, K., Lee, J.
    • 学会等名
      The 7th Japan-Korea Seminar on Biomolecular Sciences: Experiments and Simulations
    • 発表場所
      Korea Institute for Advanced Study (KIAS), Seoul, Korea
    • 年月日
      2014-11-26 – 2014-11-28
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] The problem of protein folding and its relationship to bioscience2014

    • 著者名/発表者名
      Kuwajima, K.
    • 学会等名
      The Second International Symposium on Protein Folding and Dynamics
    • 発表場所
      National Centre for Biological Sciences (NCBS), Bangalore, India
    • 年月日
      2014-11-05 – 2014-11-07
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] A contact-based topological quantity and its relationships with the folding kinetics of non-two-state and two-state proteins2014

    • 著者名/発表者名
      Balachandran, M., Kuwajima, K., Lee, J.
    • 学会等名
      The 14th KIAS Conference on Protein Structure
    • 発表場所
      Korea Institute for Advanced Study (KIAS), Seoul, Korea
    • 年月日
      2014-09-18 – 2014-09-20
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] The problem of protein folding and its relationship to bioscience2014

    • 著者名/発表者名
      Kuwajima, K.
    • 学会等名
      Sokendai Special Lecture, JSPS Summer Program
    • 発表場所
      Shonan Village Center, Hayama, Japan
    • 年月日
      2014-06-11
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] The problem of protein folding and its relationship to bioscience2014

    • 著者名/発表者名
      Kuwajima, K.
    • 学会等名
      The 4th Asia Pacific Protein Association (APPA) Conference
    • 発表場所
      International Convention Center, Jeju, Korea
    • 年月日
      2014-05-17 – 2014-05-20
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Problems of protein folding and non-folding2014

    • 著者名/発表者名
      Kuwajima K.
    • 学会等名
      International Symposium "Dynamic Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions"
    • 発表場所
      Campus Plaza, Kyoto, Japan
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Irreversible denaturation of Escherichia coli maltodextrin glucosidase studied by differential scanning calorimetry2013

    • 著者名/発表者名
      Kuwajima K.
    • 学会等名
      The13th KIAS Conference on Protein Structure
    • 発表場所
      Korea Institute for Advanced Study (KIAS), Seoul, Korea
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Irreversible denaturation of Escherichia coli maltodextrin glucosidase2013

    • 著者名/発表者名
      Kuwajima K.
    • 学会等名
      The 6th Japan-Korea Seminar on Biomolecular Sciences--Experiments and Simulations
    • 発表場所
      Okazaki Conference Center, Okazaki, Japan
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [図書] Molecular Science of Fluctuations Toward Biological Functions2016

    • 著者名/発表者名
      Kuwajima, K.(第12章を分担執筆)
    • 総ページ数
      270
    • 出版者
      Springer, Tokyo
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
  • [備考] Protein Folding Database

    • URL

      http://lee.kias.re.kr/~protein/wiki/doku.php?id=pkhd:view

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書

URL: 

公開日: 2014-07-25   更新日: 2022-02-16  

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