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新規キビ亜科モデル植物アワにおけるSSRマーカー開発・マッピング・野生集団解析

研究課題

研究課題/領域番号 25450501
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
研究分野 環境農学(含ランドスケープ科学)
研究機関県立広島大学

研究代表者

福永 健二  県立広島大学, 生命環境学部, 教授 (50435533)

研究分担者 大迫 敬義  京都府立大学, 生命環境科学研究科, 講師 (80363969)
研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2016-03-31
研究課題ステータス 完了 (2015年度)
配分額 *注記
3,640千円 (直接経費: 2,800千円、間接経費: 840千円)
2015年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2014年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2013年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
キーワードアワ / SSRマーカー / 多型 / 連鎖地図 / 組換え近交系 / 遺伝資源 / ゲノムワイドインデルマーカー / ハマエノコロ / Setaria italica / ゲノムワイド・インデルマーカー / ゲノム / 系統解析 / SSR / エノコログサ / DNAマーカー / 集団構造解析 / ゲノムシークエンス / 遺伝的多型
研究成果の概要

アワは、近年、野生種のエノコログサとともにキビ亜科のモデル植物として注目され、ゲノム配列が決定された。今後のさらなる研究のためにDNAマーカーの作出は不可欠である。本研究では、アワゲノム配列を用いて、アワゲノムからSSRマーカーを作出し、われわれの展開している日本品種x台湾品種間の連鎖地図上にマッピングするとともに、代表的な品種間の多型性を調査した。さらに、日本に広く分布する、エノコログサの変種であるハマエノコロについて集団遺伝学的な解析を試みた。また、次世代シークエンサーを用いてゲノムワイドなマーカーも作出した。

報告書

(4件)
  • 2015 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2014 実施状況報告書
  • 2013 実施状況報告書
  • 研究成果

    (10件)

すべて 2016 2015 2014

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件、 謝辞記載あり 2件) 学会発表 (6件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] アワゲノムシークエンス情報に基づくSSRマーカーの開発と、台湾品種・日本品種の間のF2集団における連鎖地図作成2016

    • 著者名/発表者名
      瀧野佑希、石田ゆき、向成洋平、福永健二
    • 雑誌名

      生命環境学雑誌(県立広島大学)

      巻: 8 ページ: 13-27

    • NAID

      120007089842

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Genetic analysis of NEKODE1 gene involved in panicle branching of foxtail millet, Setaria italica (L.) P.Beauv., and mapping by using QTL-seq2016

    • 著者名/発表者名
      Masumoto H, Takagi H, Mukainari Y, Terauchi R, Fukunaga K
    • 雑誌名

      Molecular Breeding

      巻: 未定

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] アワ[Setaria italica(L.)P.Beauv.]におけるrDNAのマッピング2014

    • 著者名/発表者名
      向成洋平・鈴木優紀・福永健二
    • 雑誌名

      生命環境学術誌

      巻: 6 ページ: 9-14

    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] ハマエノコロ遺伝資源の収集ならびに遺伝的変異の評価2016

    • 著者名/発表者名
      山本秋生、福永健二、大迫敬義
    • 学会等名
      日本育種学会
    • 発表場所
      横浜市立大学
    • 年月日
      2016-03-22
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] アワにおけるゲノムワイドインデルマーカーの作出-分布、マッピング、多様性2016

    • 著者名/発表者名
      阿部友里香、新川雄基、田中伸幸、中山雄介、向成洋平、菅裕、高木宏樹、寺内良平、福永健二
    • 学会等名
      日本育種学会
    • 発表場所
      横浜市立大学
    • 年月日
      2016-03-22
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] 次世代シークエンサーを用いたアワのネコデの遺伝子解析2015

    • 著者名/発表者名
      桝本尚人、高木宏樹、向成洋平、寺内良平、福永健二
    • 学会等名
      日本育種学会
    • 発表場所
      新潟大学
    • 年月日
      2015-09-11
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] アワにおけるゲノムシークエンス情報に基づいたSSRマーカーの開発とマッピング2015

    • 著者名/発表者名
      瀧野佑希・石田ゆき・向成洋平・福永 健二
    • 学会等名
      日本育種学会第127回講演会
    • 発表場所
      玉川大学
    • 年月日
      2015-03-22
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] アワにおけるspikelet-tipped bristles 1 (stb1) 遺伝子のポジシナルクローニングに向けて2014

    • 著者名/発表者名
      向成洋平・福永健二
    • 学会等名
      第6回中国地域育種談話会
    • 発表場所
      鳥取大学
    • 年月日
      2014-12-21
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] QTL-seq 解析によるアワstb1遺伝子候補の探索2014

    • 著者名/発表者名
      向成洋平・高木宏樹・寺内良平・福永健二
    • 学会等名
      日本育種学会第126回講演会
    • 発表場所
      南九州大学
    • 年月日
      2014-09-27
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [図書] Setaria Genetics and Genomics (edited by Doust and Diao)2016

    • 著者名/発表者名
      Fukunaga K
    • 出版者
      Springer Verlag
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書

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公開日: 2014-07-25   更新日: 2019-07-29  

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