p53標的大型介在性非コードRNAの同定と機能解析による消化器発癌機構の解明

• 研究課題/領域番号: 25460929
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 基金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 消化器内科学
• 研究機関: 札幌医科大学
• 研究代表者: 井戸川 雅史 札幌医科大学, 医学部, 講師 (00404749)
• 研究期間 (年度): 2013-04-01 – 2017-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2016年度)
• 配分額: 5,070千円 (直接経費: 3,900千円、間接経費: 1,170千円); 2015年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円); 2014年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円); 2013年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
• キーワード: p53 / lncRNA / ChIP-seq / 癌 / lincRNA / non-coding RNA / 転写 / アポトーシス

研究成果の概要

p53の直接転写標的となる大型介在性非コードRNA(lincRNA)を同定するため，クロマチン免疫沈降産物の次世代シーケンサー解析(ChIP-seq)およびin silicoでのp53結合モチーフ検索を行った．その結果，p53結合領域の約半数がコード遺伝子間に存在し，その近傍に存在する23のlincRNAがp53により発現誘導されることを見出した．その内3つのlincRNAについて消化器癌細胞でノックダウンを行ったところ，p53誘導アポトーシスが変化し，特定の遺伝子クラスターの発現が促進された．以上からp53とlincRNAが腫瘍抑制において複雑な転写ネットワークを形成することが示唆された．

研究成果

• [雑誌論文] Long non-coding RNA NEAT1 is a transcriptional target of p53 and modulates p53-induced transactivation and tumor-suppressor function. (2017)
  • 著者名/発表者名: Masashi Idogawa, Tomoko Ohashi, Yasushi Sasaki, Hiroshi Nakase, Takashi Tokino
  • 雑誌名: International Joural of Cancer 巻: 印刷中 号: 12 ページ: 2785-2791
  • DOI: 10.1002/ijc.30689
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] p53 mediates the suppression of cancer cell invasion by inducing LIMA1/EPLIN. (2017)
  • 著者名/発表者名: Tomoko Ohashi, Masashi Idogawa, Yasushi Sasaki, Takashi Tokino
  • 雑誌名: Cancer Letters 巻: 390 ページ: 58-66
  • DOI: 10.1016/j.canlet.2016.12.034
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Identification and characterization of the intercellular adhesion molecule-2 gene as a novel p53 target. (2016)
  • 著者名/発表者名: Sasaki Y, Tamura M, Takeda K, Ogi K, Nakagaki T, Koyama R, Idogawa M, Hiratsuka H, Tokino T
  • 雑誌名: Oncotarget 巻: VOL. 7 号: 38 ページ: 61426-61437
  • DOI: 10.18632/oncotarget.11366
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] CRKL oncogene is downregulated by p53 through miR-200s (2015)
  • 著者名/発表者名: Tamura M, Sasaki Y, Kobashi K, Takeda K, Nakagaki T, Idogawa M, Tokino T.
  • 雑誌名: CANCER SCIENCE 巻: 106 号: 8 ページ: 1033-1040
  • DOI: 10.1111/cas.12713
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Contextual niche signals towards colorectal tumor progression by mesenchymal stem cell in the mouse xenograft model. (2015)
  • 著者名/発表者名: Nakagaki S, Arimura Y, Nagaishi K, Isshiki H, Nasuno M, Watanabe S, Idogawa M, Yamashita K, Naishiro Y, Adachi Y, Suzuki H, Fujimiya M, Imai K, Shinomura Y.
  • 雑誌名: Journal of Gastoroenterology 巻: 50 号: 9 ページ: 962-74
  • DOI: 10.1007/s00535-015-1049-0
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification and analysis of large intergenic non-coding RNAs regulated by p53 family members through a genome-wide analysis of p53-binding sites (2014)
  • 著者名/発表者名: Idogawa M, Ohashi T, Sasaki Y, Maruyama R, Kashima L, Suzuki H, Tokino T
  • 雑誌名: Hum Mol Genet 巻: 23 号: 11 ページ: 2847-2857
  • DOI: 10.1093/hmg/ddt673
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Array-based genome-wide RNAi screening to identify shRNAs that enhance p53-related apoptosis in human cancer cells. (2014)
  • 著者名/発表者名: Idogawa M, Ohashi T, Sugisaka J, Sasaki Y, Suzuki H, Tokino T.
  • 雑誌名: Oncotarget 巻: 5 ページ: 7540-8
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Forkhead transcription factor FOXF1 is a novel target gene of the p53 family and regulates cancer cell migration and invasiveness (2014)
  • 著者名/発表者名: Tamura M, Sasaki Y, Koyama R, Takeda K, Idogawa M, Tokino T
  • 雑誌名: Oncogene 巻: (in press) 号: 40 ページ: 4837-4846
  • DOI: 10.1038/onc.2013.427
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Mesenchymal stem cells cancel azoxymethane-induced tumor initiation (2014)
  • 著者名/発表者名: Nasuno M, Arimura Y, Nagaishi K, Isshiki H, Onodera K, Nakagaki S, Watanabe S, Idogawa M, Yamashita K, Naishiro Y, Adachi Y, Suzuki H, Fujimiya M, Imai K, Shinomura Y
  • 雑誌名: Stem Cells 巻: 32 号: 4 ページ: 913-925
  • DOI: 10.1002/stem.1594
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Conditioned mesenchymal stem cells produce pleiotropic gut trophic factors (2014)
  • 著者名/発表者名: Watanabe S, Arimura Y, Nagaishi K, Isshiki H, Onodera K, Nasuno M, Yamashita K, Idogawa M, Naishiro Y, Murata M, Adachi Y, Fujimiya M, Imai K, Shinomura Y
  • 雑誌名: J Gastroenterol 巻: 49 号: 2 ページ: 270-282
  • DOI: 10.1007/s00535-013-0901-3
  • 査読あり
• [雑誌論文] AKR1B10, a transcriptional target of p53, is Downregulated in Colorectal Cancers Associated with Poor Prognosis (2013)
  • 著者名/発表者名: Ohashi T et al.
  • 雑誌名: Mol Cancer Res 巻: 11 号: 12 ページ: 1554-1163
  • DOI: 10.1158/1541-7786.mcr-13-0330-t
  • 査読あり
• [学会発表] 癌におけるp53および長鎖非コードRNA（lncRNA）による転写ネットワーク解析 (2016)
  • 著者名/発表者名: 井戸川 雅史
  • 学会等名: 第75回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: パシフィコ横浜（神奈川県横浜市）
• [学会発表] RNA-seqとChIP-seqの複合解析による非コードRNAを含むp53標的遺伝子の同定 (2015)
  • 著者名/発表者名: 井戸川 雅史
  • 学会等名: 第74回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: 名古屋国際会議場（名古屋市）
  • 年月日: 2015-10-10
• [学会発表] ゲノム網羅的p53結合領域解析とマイクロアレイを組み合わせたp53ファミリー標的長鎖非コードRNA(lincRNA)の同定と解析 (2014)
  • 著者名/発表者名: 井戸川 雅史
  • 学会等名: 第37回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2014-11-25
• [学会発表] ゲノム網羅的p53結合領域解析とマイクロアレイを組み合わせたp53ファミリー標的長鎖非コードRNA(lincRNA)の同定と解析 (2014)
  • 著者名/発表者名: 井戸川 雅史
  • 学会等名: 第73回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2014-09-26
• [学会発表] Identification and analysis of large intergenic non-coding RNAs regulated by p53 family members through a genome-wide analysis of p53 binding sites (2014)
  • 著者名/発表者名: Masashi Idogawa
  • 学会等名: 16th International p53 Workshop
  • 発表場所: Stockholm, Sweden
  • 年月日: 2014-06-17
• [学会発表] Identification of novel p53 family target genes by ChIP-Seq and mRNA expression analysis combined with genome-wide p53-binding motif analysis in silico. (2013)
  • 著者名/発表者名: Masashi Idogawa
  • 学会等名: 6th p63/p73 International Workshop.
  • 発表場所: Chiba
• [学会発表] ゲノム網羅的p53結合領域解析によるp53ファミリーの転写標的となる大型介在性非コードRNA(lincRNA)の同定と機能解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 井戸川 雅史
  • 学会等名: 第72回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: 横浜
• [学会発表] ゲノム網羅的p53結合領域解析によるp53ファミリーの転写標的となる大型遺伝子介在性非コードRNA(lincRNA)の同定と機能解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 井戸川 雅史
  • 学会等名: 第36回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 神戸