難聴大家系の全ゲノム解析による原因遺伝子究明

• 研究課題/領域番号: 25462637
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 基金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 耳鼻咽喉科学
• 研究機関: 千葉大学 (2015); 京都大学 (2013)
• 研究代表者: 関根 章博 千葉大学, 予防医学センター, 教授 (30425631)
• 研究分担者: 岡野 高之 京都大学, 医学部附属病院, 助教 (60642931)
• 連携研究者: 北尻 真一郎 京都大学, 医学部附属病院, 助教 (00532970) ; 山本 典生 京都大学, 医学部附属病院, 助教 (70378644) ; 竹村 亮 千葉大学, 医学部附属病院, 特任助教 (50747516) ; 北原 輝栄 千葉大学, 予防医学センター, 特任研究員 (70761162) ; 真下 陽一 千葉大学, 大学院医学研究院, 技術職員 (90422253)
• 研究期間 (年度): 2013-04-01 – 2016-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2015年度)
• 配分額: 5,200千円 (直接経費: 4,000千円、間接経費: 1,200千円); 2015年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円); 2014年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円); 2013年度: 3,380千円 (直接経費: 2,600千円、間接経費: 780千円)
• キーワード: 遺伝性難聴 / パラメトリック連鎖解析 / 大家系 / 全ゲノム解析 / 原因未知 / 難聴 / 原因遺伝子 / ゲノム解析 / パラメトリック解析

研究成果の概要

優性遺伝様式を示す、遺伝子診断で原因未知とされた難聴大家系（罹患者12名、非罹患者24名）の次世代シーケンサ―による全ゲノム解析で得られたvariationを用いたパラメトリック連鎖解析とGWAS arrayによる家系内相関解析にて原因の探索を行った。両解析共に染色体13番長腕79kb領域に原因候補領域が存在することを確認した（LOD score ~2.71）。さらに、当該領域のtarget captureを用いたPacBioRSⅡによるlong readの高精度塩基配列決定を実施し、高い連鎖不平衡を示す原因を含む4座位の絞込みに成功した。

研究成果

• [雑誌論文] Mouth Breathing, another Risk Factor for Asthma: the Nagahama Study. (2016)
  • 著者名/発表者名: Yumi I, Matsumoto H, Nagasaki T, Kanemitsu Y, Murase K, Ito I, Oguma T, Muro S, Asai K, Tabara Y, Takahashi K, Bessho K, Sekine A, Kosugi S, Yamada R, Nakayama T, Matsuda F, Niimi A, Chin K, Mishima M; Nagahama Study Group.
  • 雑誌名: Allergy 巻: 未定 号: 7 ページ: 1031-1036
  • DOI: 10.1111/all.12885
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Synergistic association of elevated serum free fatty acid and glucose levels with large arterial stiffness in a general population: The Nagahama Study (2016)
  • 著者名/発表者名: Yasuharu Tabara, Yoshimitsu Takahashi, Kazuya Setoh, Takahisa Kawaguchi, Norimoto Gotoh, Chikashi Terao, Ryo Yamada, Shinji Kosugi, Akihiro Sekine, Takeo Nakayama, Fumihiko Matsuda, on behalf of the Nagahama Study group.
  • 雑誌名: M E T A B O L I S M C L I N I C A L A N D E X P E R I M E N T A L 巻: 65 号: 1 ページ: 66-72
  • DOI: 10.1016/j.metabol.2015.10.011
  • NAID: 120005698009
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Development of a simple genotyping method for the HLA-A∗31:01-tagging SNP in Japanese (2015)
  • 著者名/発表者名: Maekawa K, Nakamura R, Kaniwa N, Mizusawa S, Kitamoto A, Kitamoto T, Ukaji M, Matsuzawa Y, Sugiyama E, Uchida Y, Kurose K, Ueta M, Sotozono C, Ikeda H, Yagami A, Matsukura S, Kinoshita S, Muramatsu M, Ikezawa Z, Sekine A, Furuya H, Takahashi Y, Matsunaga K, Aihara M, Saito Y
  • 雑誌名: Pharmacogenomics. 巻: 16 号: 15 ページ: 1689
  • DOI: 10.2217/pgs.15.115
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Knee Pain and Low Back Pain Additively Disturb Sleep in the General Population: A Cross-Sectional Analysis of the Nagahama Study. (2015)
  • 著者名/発表者名: Murase K, Tabara Y, Ito H, Kobayashi M, Takahashi Y, Setoh K, Kawaguchi T, Muro S, Kadotani H, Kosugi S, Sekine A, Yamada R, Nakayama T, Mishima M, Matsuda S, Matsuda F, Chin K.
  • 雑誌名: PLoS One 巻: 10 号: 10 ページ: e0140058-e0140058
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0140058
  • NAID: 120005756275
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Descriptive epidemiology of spot urine sodium-to-potassium ratio clarified close relationship with blood pressure level: the Nagahama study. (2015)
  • 著者名/発表者名: Tabara Y, Takahashi Y, Kumagai K, Setoh K, Kawaguchi T, Takahashi M, Muraoka Y, Tsujikawa A, Gotoh N, Terao C, Yamada R, Kosugi S, Sekine A, Yoshimura N, Nakayama T, Matsuda F; Nagahama study group.
  • 雑誌名: J Hypertens 巻: 33 号: 12 ページ: 2407-13
  • DOI: 10.1097/hjh.0000000000000734
  • NAID: 120005712944
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] MMP20 and ARMS2/HTRA1 are Associated with Neovascular Lesion Size in Age-Related Macular Degeneration (2015)
  • 著者名/発表者名: Akagi-Kurashige Y, Yamashiro K, Gotoh N, Miyake M, Morooka S, Yoshikawa M, Nakata I, Kumagai K, Tsujikawa A, Yamada R, Matsuda F, Saito M, Iida T, Sugahara M, Kurimoto Y, Cheng CY, Khor CC, Wong TY, Yoshimura N; Nagahama Cohort Research Group
  • 雑誌名: Ophthalmology 巻: 122 号: 11 ページ: 2295-2302
  • DOI: 10.1016/j.ophtha.2015.07.032
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Three missense variants of metabolic syndrome-related genes are associated with alpha-1 antitrypsin levels. (2015)
  • 著者名/発表者名: 146.Three missense variants of metabolic syndrome-related genes are associated with alpha-1 antitrypsin levels. Setoh K, Terao C, Muro S, Kawaguchi T, Tabara Y, Takahashi M, Nakayama T, Kosugi S, Sekine A, Yamada R, Mishima M, Matsuda F.
  • 雑誌名: Nat Commun 巻: 6 号: 1 ページ: 7754-7754
  • DOI: 10.1038/ncomms8754
  • NAID: 120005743662
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] 7C.07: ASSOCIATION OF SERUM FREE FATTY ACID LEVEL WITH REDUCED REFLECTION PRESSURE WAVE MAGNITUDE AND CENTRAL BLOOD PRESSURE: THE NAGAHAMA STUDY. (2015)
  • 著者名/発表者名: Tabara Y, Takahashi Y, Kawaguchi T, Setoh K, Terao C, Yamada R, Kosugi S, Sekine A, Nakayama T, Matsuda F.
  • 雑誌名: J Hypertens 巻: 33 Suppl 号: Supplement 1 ページ: e98-e98
  • DOI: 10.1097/01.hjh.0000467614.38730.87
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Identification of myopia-associated WNT7B polymorphisms provides insights into the mechanism underlying the development of myopia. (2015)
  • 著者名/発表者名: Miyake M, Yamashiro K, Tabara Y, Suda K, Morooka S, Nakanishi H, Khor CC, Chen P, Qiao F, Nakata I, Akagi-Kurashige Y, Gotoh N, Tsujikawa A, Meguro A, Kusuhara S, Polasek O, Hayward C, Wright AF, Campbell H, Mizuki N, et al
  • 雑誌名: Nat Commun 巻: 印刷中 号: 1 ページ: 6689-6689
  • DOI: 10.1038/ncomms7689
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Significant association of periodontal disease with anti-citrullinated peptide antibody in a Japanese healthy population-the Nagahama study. (2015)
  • 著者名/発表者名: C Terao, K Asai; M Hashimoto; T Yamazaki; K Ohmura; A Yamaguchi; K Takahashi; N Takei; T Ishii; T Kawaguchi; Y Tabara; M Takahashi; T Nakayama; S Kosugi; A Sekine; T Fujii; R Yamada; T Mimori; F Matsuda; K Bessho, Nagahama Study Group.
  • 雑誌名: Journal of Autoimmunity 巻: 59 ページ: 85-90
  • DOI: 10.1016/j.jaut.2015.03.002
  • NAID: 120005601013
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Calcium, ARMS2 Genotype, and Chlamydia Pneumoniae Infection in Early Age-Related Macular Degeneration: a Multivariate Analysis from the Nagahama Study. (2015)
  • 著者名/発表者名: Nakata I, Yamashiro K, Kawaguchi T, Nakanishi H, Akagi-Kurashige Y, Miyake M, Tsujikawa A, Yamada R, Matsuda F, Yoshimura N; Nagahama Study Group.
  • 雑誌名: Sci Rep. 巻: 5 号: 1 ページ: 9345-9345
  • DOI: 10.1038/srep09345
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] IKZF1, a new susceptibility gene for cold medicine-related Stevens-Johnson syndrome/toxic epidermal necrolysis with severe mucosal involvement (2015)
  • 著者名/発表者名: Ueta M, Sawai H, Sotozono C, Hitomi Y, Kaniwa N, Kim MK, Seo KY, Yoon KC, Joo CK, Kannabiran C, Wakamatsu TH, Sangwan V, Rathi V, Basu S, Ozeki T, Mushiroda T, Sugiyama E, Maekawa K, Nakamura R, Aihara M, Matsunaga K, Sekine A, Gomes JÁP, Hamuro J, Saito Y, Kubo M, Kinoshita S, Tokunaga K.
  • 雑誌名: J. Allergy Clin. Immunol. 巻: 135 号: 6 ページ: 1538
  • DOI: 10.1016/j.jaci.2014.12.1916
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Central blood pressure relates more strongly to retinal arteriolar narrowing than brachial blood pressure: the Nagahama Study. (2015)
  • 著者名/発表者名: Kumagai K1, Tabara Y, Yamashiro K, Miyake M, Akagi-Kurashige Y, Oishi M, Yoshikawa M, Kimura Y, Tsujikawa A, Takahashi Y, Setoh K, Kawaguchi T, Terao C, Yamada R, Kosugi S, Sekine A, Nakayama T, Matsuda F, Yoshimura N; Nagahama Study group
  • 雑誌名: J Hypertens 巻: 33 号: 2 ページ: 323-9
  • DOI: 10.1097/hjh.0000000000000391
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] An association between anti-nuclear antibodies and HLA class II locus and heterogeneous characteristics of staining patterns: The Nagahama Study. (2014)
  • 著者名/発表者名: Terao C, Ohmura K, Yamada R, Kawaguchi T, Shimizu M, Tabara Y, Takahashi M, Setoh K, Nakayama T, Kosugi S, Sekine A, Matsuda F, Tsuneyo Mimori T on behalf of the Nagahama Study Group.
  • 雑誌名: Arthritis Rheumatol. 巻: 66 号: 3_suppl ページ: 3395-403
  • DOI: 10.1177/0022034514559127
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Airflow limitation in smokers is associated with arterial stiffness: The Nagahama Study. (2014)
  • 著者名/発表者名: Tabara Y., Muro S., Takahashi Y., Setoh K., Kawaguchi T., Terao C., Kosugi S., Sekine A., Yamada R., Nakayama T., Mishima M., Matsuda F. : Nagahama Study Group.
  • 雑誌名: Atherosclerosis 巻: 232 ページ: 59-64
  • 査読あり
• [雑誌論文] Association between the cholesteryl ester transfer protein gene and polypoidal choroidal vasculopathy. (2013)
  • 著者名/発表者名: Nakata I., Yamashiro K., Kawaguchi T., Gotoh N., Nakanishi H., Akagi-Kurashige Y., Miyake M., Tsujikawa A., Oishi A., Saito M., Iida T., Yamada R., Matsuda F., Yoshimura N..; Nagahama Study Group.
  • 雑誌名: Invest Ophthalmol Vis Sci. 巻: 54 ページ: 6068-6073
  • 査読あり
• [雑誌論文] Prevalence and characteristics of age-related macular degeneration in the Japanese population: the Nagahama study. (2013)
  • 著者名/発表者名: Nakata I., Yamashiro K., Nakanishi H., Akagi-Kurashige Y., Miyake M., Tsujikawa A., Matsuda F., Yoshimura N. ; Nagahama Cohort Research Group.
  • 雑誌名: Am J Ophthalmol. 巻: 156 ページ: 1002-1009
  • 査読あり
• [雑誌論文] Mastication and risk for diabetes in a Japanese population: a cross-sectional study. (2013)
  • 著者名/発表者名: Yamazaki T., Yamori M., Asai K., Nakano-Araki I., Yamaguchi A., Takahashi K., Sekine A., Matsuda F., Kosugi S., Nakayama T., Inagaki N., Bessho K.; Nagahama Study Collaboration Group.
  • 雑誌名: PLoS One. 巻: 8
  • NAID: 120005296012
  • 査読あり
• [雑誌論文] Association of Longer QT Interval With Arterial Waveform and Lower Pulse Pressure Amplification: The Nagahama Study. (2013)
  • 著者名/発表者名: Tabara Y., Takahashi Y., Kohara K., Setoh K., Kawaguchi T., Terao C., Igase M., Yamada R., Kosugi S., Sekine A., Miki T., Nakayama T., Matsuda F.; Nagahama Study Group.
  • 雑誌名: Am. J. Hypertens. 巻: 26 ページ: 973-980
  • NAID: 120005474538
  • 査読あり
• [雑誌論文] Increased aortic wave reflection and smaller pulse pressure amplification in smokers and passive smokers confirmed by urinary cotinine levels: The Nagahama Study. (2013)
  • 著者名/発表者名: Tabara Y., Takahashi Y., Setoh K., Muro S., Kawaguchi T., Terao C., Kosugi S., Sekine A., Yamada R., Mishima M., Nakayama T., Matsuda F.
  • 雑誌名: Int. J. Cardiol. 巻: 168 ページ: 2673-2677
  • NAID: 120005343927
  • 査読あり
• [雑誌論文] Prevalence of postmicturition urinary incontinence in Japanese men: Comparison with other types of incontinence. (2013)
  • 著者名/発表者名: Yoshimura K., Nakayama T., Sekine A., Matsuda F., Kosugi S., Sugino Y., Yoshimura K., Ogawa O.
  • 雑誌名: Int. J .Urol. 巻: 20 ページ: 911-916
  • NAID: 10031195893
  • 査読あり
• [雑誌論文] NUDT3 rs206936 is associated with body mass index in obese Japanese women. (2013)
  • 著者名/発表者名: Kitamoto A. et al.
  • 雑誌名: Endocr. J. 巻: 60 ページ: 991-1000
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genome-wide scan revealed that polymorphisms in the PNPLA3, SAMM50, and PARVB genes are associated with development and progression of nonalcoholic fatty liver disease in Japan. (2013)
  • 著者名/発表者名: Kitamoto T., Kitamoto A., Yoneda M., Hyogo H., Ochi H., Nakamura T., Teranishi H., Mizusawa S., Ueno T., Chayama K., Nakajima A., Nakao K., Sekine A., Hotta K.
  • 雑誌名: Hum. Genet. 巻: 132 ページ: 783-792
  • NAID: 120005474457
  • 査読あり
• [雑誌論文] Replication study of 15 recently published Loci for body fat distribution in the Japanese population. (2013)
  • 著者名/発表者名: Hotta K. et al.
  • 雑誌名: J. Atheroscler. Thromb. 巻: 20 ページ: 336-350
  • 査読あり
• [学会発表] 特別講演１：弾性線維腫の大家系パラメトリック連鎖解析による原因遺伝子の探索 (2016)
  • 著者名/発表者名: 関根章博、竹村亮、真下陽一、北原輝栄、藤原作平
  • 学会等名: 第98回日本皮膚科学会大分地方会
  • 発表場所: 大分県労働福祉会館ソレイユ（大分県・大分市）
  • 年月日: 2016-03-05
  • 招待講演
• [学会発表] ショートリードを用いたWhole Genome Sequenceで得られた変異に対する評価. (2015)
  • 著者名/発表者名: 竹村亮, 北原輝栄, 関根章博
  • 学会等名: 日本人類遺伝学会第60回大会
  • 発表場所: 京王プラザホテル（東京都・新宿）
  • 年月日: 2015-10-16
• [学会発表] 遺伝カウンセリングに必要な全ゲノム解析情報の精度と検証 (2015)
  • 著者名/発表者名: 関根章博、竹村亮、真下陽一、北原輝栄、山下泰生、羽田明
  • 学会等名: 第39回日本遺伝カウンセリング学会各術集会
  • 発表場所: 三井ガーデンホテル千葉（千葉県・千葉市）
  • 年月日: 2015-06-26
  • 招待講演
• [学会発表] 先天性難聴の遺伝学的検査における症例調査 (2013)
  • 著者名/発表者名: 中國正祥、北尻真一郎、谷口美玲、岡野高之、村上裕美、関根章博、柴田有花、土屋 未央、小杉 眞司
  • 学会等名: 日本人類遺伝学会第58回大会
  • 発表場所: 宮城県仙台
• [学会発表] 医薬品副作用情報データベースを用いた横紋筋融解症の要因検討 (2013)
  • 著者名/発表者名: 中國正祥、関根章博、水澤精穂、寺西啓、柴田有花、土屋実央、小杉眞司
  • 学会等名: 第37回日本遺伝カウンセリング学会
  • 発表場所: 神奈川県川崎
• [学会発表] Establishment of an accurate genome sequencing method combining next generation short-read (Hisq, Miseq) and long-read (PacBio) sequencers (2013)
  • 著者名/発表者名: sekine A.
  • 学会等名: Ｏｋｉｎａｗａ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｐｒｏｊｙｅｃｔ ｆｏｒ Ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎ ｏｆ Ｉｎｔｅｌｌｅｃｔｕａｌ Ｃｌｕｓｔｅｒ ａｎｄ Ｉｎｄｕｓｔｒｙ ｂａｓｅｄ on Advanced Genomic Research.
  • 発表場所: okinawa naha
  • 招待講演
• [図書] 最新内分泌代謝学「内分泌代謝疾患のゲノム、エピゲノム解析」 (2013)
  • 著者名/発表者名: 関根章博（監修：中尾一和）
  • 出版者: 診断と治療社
• [備考] 千葉大学予防医学センター