| 研究課題/領域番号 |
25513005
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| 研究種目 |
基盤研究(C)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 研究分野 |
オミクス計測科学
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| 研究機関 | 広島大学 |
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研究代表者 |
泉 俊輔 広島大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (90203116)
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| 研究分担者 |
平岡 裕章 東北大学, 原子分子材料科学高等研究機構, 准教授 (10432709)
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| 研究期間 (年度) |
2013-04-01 – 2016-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2015年度)
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| 配分額 *注記 |
5,070千円 (直接経費: 3,900千円、間接経費: 1,170千円)
2015年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2014年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2013年度: 2,860千円 (直接経費: 2,200千円、間接経費: 660千円)
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| キーワード | 質量分析 / タンパク質 / パーシステントホモロジー群 / HD交換速度 / トポロジカル・キャビティ / HD交換法 / オミクス計測科学 / 幾何モデル導出 / ホモロジー群 / 蛋白質内のキャビティ網羅的解析 / 位相幾何学的定量化 / 蛋白質内のキャビティの網羅的解析 |
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| 研究成果の概要 |
タンパク質が形成する空洞を網羅的に解析する方法のパーシステントホモロジー群は,タンパク質内の原子を０単体とし，各ファンデルワールス半径からなる球で近似した3次元対象のnerveをとり，ファンデルワールス半径を実数倍し，トポロジカル・キャビティがホモロジー群として生成・消滅する。この解析を施すと、リパーゼでは半径関数0.8付近のピークは小さな空洞を，半径関数1.5付近のピークは大きな空洞(ロバスト空洞)を表す。
本研究では，様々な種類のタンパク質にHD交換実験を行い，各タンパク質のHD交換速度を算出し，その結果とパーシステントホモロジーの相関からタンパク質の空洞がHD交換に及ぼす影響を考察した。
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