RNA配列に潜む翻訳制御情報の抽出

• 研究課題/領域番号: 25540129
• 研究種目: 挑戦的萌芽研究
• 配分区分: 基金
• 研究分野: 生命・健康・医療情報学
• 研究機関: 東北大学
• 研究代表者: 山下 理宇 東北大学, 東北メディカル・メガバンク機構, 准教授 (10401259)
• 研究期間 (年度): 2013-04-01 – 2015-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2014年度)
• 配分額: 3,770千円 (直接経費: 2,900千円、間接経費: 870千円); 2014年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円); 2013年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
• キーワード: 翻訳制御 / non-coding RNA / データベース / 翻訳調節 / short peptide / 翻訳 / Ribosomal profiling / モチーフ / 国際情報交換

研究成果の概要

近年Non-coding RNA という翻訳されないRNA の存在が明らかになってきた。しかしながら、これらのRNA は、長いORF を持つか持たないかによって定義されているだけであり、実際にはsmall peptide が翻訳されている可能性もある。本研究課題では、まず、ribosome profiling 等のデータを利用して翻訳されているRNA と翻訳されていないRNA の分類を行った。その結果、non-coding RNAと考えられていたものの中には小ペプチドをコードする場合もあり、質量分析計からもその存在を確認した。さらに、これらの中には生物学的な意味があるものも発見した。

研究成果

• [雑誌論文] DBTSS as an integrative platform for transcriptome, epigenome and genome sequence variation data. (2015)
  • 著者名/発表者名: Suzuki A, Wakaguri H, Yamashita R, Kawano S, Tsuchihara K, Sugano S, Suzuki Y, Nakai K.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 巻: 43 号: D1 ページ: 1-5
  • DOI: 10.1093/nar/gku1080
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] The Babesia bovis gene and promoter model: an update from full-length EST analysis. (2014)
  • 著者名/発表者名: Yamagishi J, Wakaguri H, Yokoyama N, Yamashita R, Suzuki Y, Xuan X, Igarashi I.
  • 雑誌名: BMC Genomics 巻: 15 号: 1 ページ: 678-678
  • DOI: 10.1186/1471-2164-15-678
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] BioHackathon series in 2011 and 2012 : penetration of ontology and linked data in life science domains (2014)
  • 著者名/発表者名: Katayama T, Komiyama Y, et al.
  • 雑誌名: Journal of Biomedical Semantics 巻: 5 号: 1 ページ: 5-5
  • DOI: 10.1186/2041-1480-5-5
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] MicroRNA-126-mediated control of cell fate in B-cell myeloid progenitors as a potential alternative to transcriptional factors. (2013)
  • 著者名/発表者名: Okuyama K, Ikawa T, Gentner B, Hozumi K, Harnprasopwat R, Lu J, Yamashita R, Ha D, Toyoshima T, Chanda B, Kawamata T, Yokoyama K, Wang S, Ando K, Lodish HF, Tojo A, Kawamoto H, Kotani A
  • 雑誌名: Proc Natl Acad Sci U S A. 巻: 110 号: 33 ページ: 13410-13415
  • DOI: 10.1073/pnas.1220710110
  • 査読あり
• [学会発表] transcriptional research to translational research (2015)
  • 著者名/発表者名: Riu Yamashita et al
  • 学会等名: 第一回translational research meeting
  • 発表場所: 東京都港区 東京大学医科学研究所
  • 年月日: 2015-03-13
• [学会発表] 潜在的に翻訳されるRNAとそのデータベース (2014)
  • 著者名/発表者名: 山下理宇
  • 学会等名: SIG-BIO研究会
  • 発表場所: 北陸先端大学
• [学会発表] Potential translation in RNA sequences (2013)
  • 著者名/発表者名: Riu yamashita
  • 学会等名: 生命医薬情報学連合大会
  • 発表場所: タワーホール船堀
• [学会発表] 翻訳に着目したnon-coding RNAとcoding RNA (2013)
  • 著者名/発表者名: 山下理宇
  • 学会等名: NGS現場の会
  • 発表場所: 神戸国際会議場
• [備考]
  • URL: http://dbtss.hgc.jp