| 研究課題/領域番号 |
25540137
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| 研究種目 |
挑戦的萌芽研究
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| 配分区分 | 基金 |
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| 研究分野 |
生命・健康・医療情報学
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| 研究機関 | 九州工業大学 |
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研究代表者 |
平田 耕一 九州工業大学, 大学院情報工学研究院, 教授 (20274558)
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| 研究分担者 |
伊藤 公人 北海道大学, 人獣共通感染症リサーチセンター, 教授 (60396314)
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| 研究期間 (年度) |
2013-04-01 – 2015-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2014年度)
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| 配分額 *注記 |
3,640千円 (直接経費: 2,800千円、間接経費: 840千円)
2014年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
2013年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
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| キーワード | 進化系統樹 / 再ラベル進化系統樹 / 剪定進化系統樹 / 剪定距離 / 合致部分木マッピングカーネル / 葉間パスカーネル / インフルエンザウイルス / 進化系統樹カーネル / 塩基配列カーネル / 機械学習 / 進化系統距離 |
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| 研究成果の概要 |
本研究では，塩基配列から進化系統樹を推定し，葉のラベルをある位置の塩基に置換した再ラベル進化系統樹，および，その二分枝を剪定することで得られる剪定進化系統樹に基づいてA型インフルエンザウイルスの塩基配列の解析に取り組んだ．まず，剪定進化系統樹間の距離としての剪定距離を導入し，剪定距離に基づくクラスタリングによってA型インフルエンザウイルスのパンデミックを解析した．次に，進化系統樹に適用可能かつ多項式時間計算可能な合致部分木マッピングカーネルと葉間パスカーネルを導入し，再ラベルおよび剪定進化系統樹を類別用することで，A型インフルエンザのパンデミック，地域間相違，パッケージング位置を解析した．
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