| 研究課題/領域番号 |
25540138
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| 研究種目 |
挑戦的萌芽研究
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 研究分野 |
生命・健康・医療情報学
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| 研究機関 | 独立行政法人理化学研究所 |
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研究代表者 |
杉田 有治 独立行政法人理化学研究所, 杉田理論分子科学研究室, 主任研究員 (80311190)
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| 研究分担者 |
李 秀栄 理化学研究所, 杉田理論分子科学研究室, 研究員 (50390670)
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| 連携研究者 |
山口 芳樹 理化学研究所, 糖鎖構造生物学研究チーム, チームリーダー (90323451)
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| 研究期間 (年度) |
2013-04-01 – 2014-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2013年度)
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| 配分額 *注記 |
3,770千円 (直接経費: 2,900千円、間接経費: 870千円)
2013年度: 3,770千円 (直接経費: 2,900千円、間接経費: 870千円)
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| キーワード | 分子シミュレーション / 糖鎖複合体 / 自由エネルギー計算 / 分子認識 / レクチンOS9 / タンパク質ーリガンド認識 / 低親和性複合体構造予測 / 糖鎖 / レクチン / レプリカ交換分子動力学法 / CMAP補正 |
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| 研究概要 |
本研究課題では、構造柔軟性を持つ糖鎖リガンドに着目し、計算機を用いた低親和性複合体の構造予測に必要な計算基盤を構築した。既存のCHARMM糖鎖力場に対して新たなCMAP補正を開発し、レプリカ交換アンブレラサンプリングを用いて実験的な糖鎖構造を良く再現することに成功した。レクチンと糖鎖複合体構造の初期モデリングを行い、今後の本計算に向けた予備的な知見を得た。
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