出芽酵母の胞子形成時におけるRNAエピジェネティクス

• 研究課題/領域番号: 25620125
• 研究種目: 挑戦的萌芽研究
• 配分区分: 基金
• 研究分野: 生体関連化学
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 鈴木 勉 東京大学, 工学(系)研究科(研究院), 教授 (20292782)
• 研究期間 (年度): 2013-04-01 – 2015-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2014年度)
• 配分額: 4,030千円 (直接経費: 3,100千円、間接経費: 930千円); 2014年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円); 2013年度: 3,250千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 750千円)
• キーワード: RNA修飾 / N6メチルアデノシン / m6A / 胞子形成 / ＲＮＡエピジェネティクス

研究成果の概要

真核生物のmRNAには、いくつかの転写後修飾が含まれており、これらの修飾が転写後の遺伝子発現調節において重要な役割を演じている。我々は、出芽酵母の胞子形成時に出現するmRNA上のN6メチルアデノシン(m6A)修飾の役割を明らかにすることを目的とし、m6A部位の探索を行った。抗m6A抗体を用いた免疫沈降と次世代シークエンス解析を組み合わせたm6A-seqにより、約3,000遺伝子中に8,000か所以上のm6A候補領域を見出した。また、RNAの高感度質量分析法（RNA-MS）により、IME1 mRNA中にm6A修飾部位を特定した。しかしこの位置はm6A-seqでは確認できなかった。

研究成果

• [雑誌論文] Iron-sulfur proteins responsible for RNA modifications (2015)
  • 著者名/発表者名: Kimura S., Suzuki T.
  • 雑誌名: Biochimica et Biophysica Acta 巻: 1853 号: 6 ページ: 1272-1283
  • DOI: 10.1016/j.bbamcr.2014.12.010
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Rectifier of aberrant mRNA splicing recovers tRNA modification in familial dysautonomia. (2015)
  • 著者名/発表者名: Yoshida M, Kataoka N, Miyauchi K, Ohe K, Iida K, Yoshida S, Nojima T, Okuno Y, Onogi H, Usui T, Takeuchi A, Hosoya T, Suzuki T, Hagiwara M.
  • 雑誌名: Proc Natl Acad Sci U S A. 巻: 112（9） 号: 9 ページ: 2764-2769
  • DOI: 10.1073/pnas.1415525112
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Cdk5rap1-mediated 2-methylthio modification of mitochondrial tRNAs governs protein translation and contributes to myopathy in mice and humans. (2015)
  • 著者名/発表者名: Wei FY, Zhou B, Suzuki T, Miyata K, Ujihara Y, Horiguchi H, Takahashi N, Xie P, Michiue H, Fujimura A, Kaitsuka T, Matsui H, Koga Y, Mohri S, Suzuki T, Oike Y, Tomizawa K.
  • 雑誌名: Cell Metab 巻: 21 号: 3 ページ: 413-6
  • DOI: 10.1016/j.cmet.2015.01.019
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Defining fundamental steps in the assembly of Drosophila RNAi enzyme complex (2015)
  • 著者名/発表者名: Shintaro Iwasaki, Hiroshi M. Sasaki, Yuriko Sakaguchi, Tsutomu Suzuki, Hisashi Tadakuma, & Yukihide Tomari
  • 雑誌名: Nature 巻: NA 号: 7553 ページ: 0-0
  • DOI: 10.1038/nature14254
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] A complete landscape of post-transcriptional modifications in mammalian mitochondrial tRNAs (2014)
  • 著者名/発表者名: Suzuki T. and Suzuki T.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 巻: (in press) 号: 11 ページ: 7346-7357
  • DOI: 10.1093/nar/gku390
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Discovery of the b-barrel-type RNA methyltransferase responsible for N6-methylation of N6-threonylcarbamoyladenosine in tRNAs (2014)
  • 著者名/発表者名: Kimura S., Miyauchi K., Ikeuchi Y., Thiaville PC., Crecy-Lagard Vd., Suzuki T.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 巻: 42 号: 14 ページ: 9350-9365
  • DOI: 10.1093/nar/gku618
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] A single acetylation of 18S rRNA is essential for biogenesis of the small ribosomal subunit in Saccharomyces cerevisiae (2014)
  • 著者名/発表者名: Ito, S., Akamatsu, Y., Noma, A., Kimura, S., Miyauchi, K., Ikeuchi, Y., Suzuki, T. and Suzuki, T
  • 雑誌名: J. Biol. Chem. 巻: 289 号: 38 ページ: 26201-26212
  • DOI: 10.1074/jbc.m114.593996
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Human NAT10 is an ATP-dependent RNA acetyltransferase responsible for N4-acetylcytidine formation in 18S rRNA (2014)
  • 著者名/発表者名: Satoshi Ito, Sayuri Horikawa, Tateki Suzuki, Hiroki Kawauchi, Yoshikazu Tanaka, Takeo Suzuki, and Tsutomu Suzuki
  • 雑誌名: The Journal of Biological Chemistry 巻: 289 号: 52 ページ: 35724-35730
  • DOI: 10.1074/jbc.c114.602698
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] 5-Hydroxymethylcytosine Plays a Critical Role in Glioblastomagenesis by Recruiting the CHTOP-Methylosome Complex (2014)
  • 著者名/発表者名: Hiroki Takai, Tetsu Akiyama et al.
  • 雑誌名: Cell Reports 巻: 9 号: 1 ページ: 48-60
  • DOI: 10.1016/j.celrep.2014.08.071
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Convergent evolution of AUA decoding in bacteria and archaea (2014)
  • 著者名/発表者名: Tsutomu Suzuki and Tomoyuki Numata
  • 雑誌名: RNA Biology 巻: 11 号: 12 ページ: 1586-1596
  • DOI: 10.4161/15476286.2014.992281
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] A complete landscape of post-transcriptional modifications in mammalian mitochondrial tRNAs (2014)
  • 著者名/発表者名: Suzuki, T. and Suzuki, T.*
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 巻: in press
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structural Dynamics of a Mitochondrial tRNA Possessing Weak Thermo dynamic Stability (2014)
  • 著者名/発表者名: Hari Bhaskaran, Takaaki Taniguchi, Takeo Suzuki, Tsutomu Suzuki, and John J. Perona
  • 雑誌名: Biochemistry 巻: 53(a) 号: 9 ページ: 1456-1465
  • DOI: 10.1021/bi401449z
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] A biochemical landscape of A-to-I RNA editing in the human brain transcriptome (2014)
  • 著者名/発表者名: Sakurai, M., Ueda, H., Yano, T., Okada, S., Terajima, H., Mitsuyama, T., Toyoda, A., Fujiyama, A., Kawabata, H. and Suzuki, T.
  • 雑誌名: Genome Res 巻: 24 号: 3 ページ: 522-534
  • DOI: 10.1101/gr.162537.113
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Biochemical and mass spectrometric analysis of 3'-end methylation of piRNAs (2014)
  • 著者名/発表者名: Suzuki T, Miyauchi K, Sakaguchi Y, Suzuki T
  • 雑誌名: Methods Mol. Biol 巻: 1093 ページ: 59-72
  • DOI: 10.1007/978-1-62703-694-8_6
  • ISBN: 9781627036931, 9781627036948
  • 査読あり
• [雑誌論文] Poly (A)-specific ribonuclease mediates 3'-end trimming of Argonaute2-cleaved precursor microRNAs (2013)
  • 著者名/発表者名: Yoda M, Cifuentes D, Izumi N, Sakaguchi Y. Suzuki T. Giraldez AJ.
  • 雑誌名: Cell Report 巻: 5 号: 3 ページ: 715-726
  • DOI: 10.1016/j.celrep.2013.09.029
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Distinct tRNA modifications in the thermo-acidophilic archaeon, Thermoplasma acidophilum (2013)
  • 著者名/発表者名: Tomikawa, C., Ohira, T., Inoue, Y., Kawamura, T., Yamagishi, A., Suzuki, T. and Hori, H.
  • 雑誌名: FEBS Lett 巻: 587 号: 21 ページ: 3575-3580
  • DOI: 10.1016/j.febslet.2013.09.021
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Quantitative PCR measurement of tRNA 2 methylthio modification for assessing type 2 diabetes risk. (2013)
  • 著者名/発表者名: Kie, Pei-Yu, et al.
  • 雑誌名: Clinical Chemistry 巻: 59 号: 11 ページ: 1604-1612
  • DOI: 10.1373/clinchem.2013.210401
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Crystal structure of a putative methyltransferase SAV1081 from Staphylococcus aureus (2013)
  • 著者名/発表者名: Kita, S., Tanaka, Y., Hirano, N., Kimura, S., Suzuki, T., Suzuki, T., Yao, M. and Tanaka, I.
  • 雑誌名: Protein & Peptide Letters 巻: 20 号: 5 ページ: 530-537
  • DOI: 10.2174/0929866511320050006
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [学会発表] Essential RNA acetyltransferase required for ribosome biogenesis and tRNA modification (2015)
  • 著者名/発表者名: Tsutomu Suzuki
  • 学会等名: GRC on RNA editing and modification
  • 発表場所: Lucca, Italy
  • 年月日: 2015-03-09
  • 招待講演
• [学会発表] RNA修飾の多彩な機能と疾患 (2015)
  • 著者名/発表者名: 鈴木 勉
  • 学会等名: 埼玉医科大学ゲノム医学研究センター学術集会
  • 発表場所: 埼玉医科大学ゲノム医学研究センター、埼玉県日高市
  • 年月日: 2015-01-27
  • 招待講演
• [学会発表] Mitochondrial diseases caused by deficient tRNA modifications (2014)
  • 著者名/発表者名: Tsutomu Suzuki
  • 学会等名: AussieMit2014
  • 発表場所: Perth, Australia
  • 年月日: 2014-12-01
  • 招待講演
• [学会発表] A single acetylation of 18S rRNA regulates ribosome biogenesis by sensing cellular energy status (2014)
  • 著者名/発表者名: Tsutomu Suzuki
  • 学会等名: Joint Australia and Japan RNA meeting (JAJRNA2014)
  • 発表場所: Sydney, Australia
  • 年月日: 2014-11-05
  • 招待講演
• [学会発表] Biogenesis and function of cyclic t6A and derivatives (2014)
  • 著者名/発表者名: Tsutomu Suzuki
  • 学会等名: 25th tRNA conference
  • 発表場所: Kyllini, Greece
  • 年月日: 2014-09-22
  • 招待講演
• [学会発表] ヒトはなぜ病気になるのでしょう？～病気の原因を分子レベルで探る～ (2014)
  • 著者名/発表者名: 鈴木 勉
  • 学会等名: 高校生のためのオープンキャンパス2014
  • 発表場所: 東京大学本郷キャンパス、東京
  • 年月日: 2014-08-06
  • 招待講演
• [学会発表] RNAエピジェネティクスと生命現象
  • 著者名/発表者名: 鈴木 勉
  • 学会等名: 第16回生命化学研究会
  • 発表場所: ＫＫＲホテル熱海（熱海）
  • 招待講演
• [学会発表] RNA modifications as naturally-selected chemical diversity involved in various biological processes
  • 著者名/発表者名: Tsutomu Suzuki
  • 学会等名: RIKEN symposium RNA Sciences in Cell and Developmental Biology III
  • 発表場所: 理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター（神戸）
  • 招待講演
• [学会発表] RNA modifications as naturally-selected chemical diversity involved in various biological processes
  • 著者名/発表者名: Tsutomu Suzuki
  • 学会等名: Peking Unvi School of Life Sciences Lecture
  • 発表場所: Beijing, China
  • 招待講演
• [学会発表] RNA modifications as naturally-selected chemical diversity involved in various biological processes
  • 著者名/発表者名: Tsutomu Suzuki
  • 学会等名: Riboclub2013
  • 発表場所: Quebec, Canada
• [学会発表] RNAエピジェネティクスと生命現象
  • 著者名/発表者名: 鈴木 勉
  • 学会等名: Symposium on Frontier Science and Technology
  • 発表場所: 高知工科大学（高知）
  • 招待講演
• [学会発表] Biogenesis and function of cyclic N6-threonylcarbamoyladenosine as a widely distributed tRNA hypermodification
  • 著者名/発表者名: Tsutomu Suzuki
  • 学会等名: The 18th annual meeting of the RNA society
  • 発表場所: Davos, Switzerland
  • 招待講演
• [図書] RNAの修飾欠損と疾患/ファルマシア (2015)
  • 著者名/発表者名: 鈴木 勉、浅野 奏、鈴木健夫
  • 総ページ数: 5
  • 出版者: 公益社団法人 日本薬学会
• [図書] リボソームRNAの転写後修飾の生合成と機能 (2013)
  • 著者名/発表者名: 荒井大河、伊藤理、鈴木 勉
  • 総ページ数: 13
  • 出版者: 生化学