ハプロイドゲノムの解読・多型解析による高精度ゲノムシーケンス・連鎖地図の作製

• 研究課題/領域番号: 25640099
• 研究種目: 挑戦的萌芽研究
• 配分区分: 基金
• 研究分野: ゲノム生物学
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 浅川 修一 東京大学, 大学院農学生命科学研究科, 教授 (30231872)
• 研究期間 (年度): 2013-04-01 – 2015-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2014年度)
• 配分額: 4,030千円 (直接経費: 3,100千円、間接経費: 930千円); 2014年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円); 2013年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
• キーワード: ゲノムシーケンシング / トラフグ / ニジマス / ブリ / 雌性発生 / ダブルハプロイド / ハプロイド / ホモ接合 / ダブルハプロイド／ハプロイド / 第一卵割阻止 / ハプロイドゲノム / 連鎖地図

研究成果の概要

本研究では魚類における雌性発生の技術を用いてダブルハプロイド／ハプロイドの個体を作製し、それをゲノムシーケンシング、およびSNPタイピングによる連鎖地図作製への活用を検討した。ゲノムシーケンシングの結果、ダブルハプロイドの個体では通常のヘテロ２倍体個体よりコンティグやスキャホールドのN50において、はるかに長いシーケンスデータを得ることができ、二倍体生物の新規シーケンシングに関してダブルハプロイド／ハプロイド個体を用いることの有効性を明らかにできた。

研究成果

• [雑誌論文] Characterization of the torafugu (Takifugu rubripes) immunoglobulin heavy chain gene locus. (2015)
  • 著者名/発表者名: Fu X, Zhang H, Tan E, Watabe S, Asakawa S.
  • 雑誌名: Immunogenetics. 巻: 67(3) 号: 3 ページ: 179-93
  • DOI: 10.1007/s00251-014-0824-z
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Dramatic improvement in genome assembly achieved using doubled-haploid genomes. (2014)
  • 著者名/発表者名: Zhang H, Tan E, Suzuki Y, Hirose Y, Kinoshita S, Okano H, Kudoh J, Shimizu A, Saito K, Watabe S, Asakawa S.
  • 雑誌名: Sci Rep. 巻: 4 号: 1 ページ: 6780-6780
  • DOI: 10.1038/srep06780
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [学会発表] Utilization of a doubled-haploid individual in construction of a high-quality torafugu (Takifugu rubripes) genome assembly (2013)
  • 著者名/発表者名: Hong Zhang, Shigeharu Kinoshita, Engkong Tan, Yutaka Suzuki, Atsushi Shimizu, Hideyuki Okano, Jun Kudoh, Kazuyoshi Saito, Shugo Watabe, Shuichi Asakawa
  • 学会等名: 第36回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 神戸
• [学会発表] ダブルハプロイド個体を活用した高品質トラフグゲノムアセンブリの作成 (2013)
  • 著者名/発表者名: 張虹、陳盈光、木下滋晴、浅川修一、鈴木穣、清水厚志、岡野栄之、工藤 純、斎藤和敬、渡部終五
  • 学会等名: 平成25年度日本水産学会秋季大会
  • 発表場所: 津
• [学会発表] Genome and transcriptome analysis of aquatic organisms by next generation sequencing (2013)
  • 著者名/発表者名: S. Asakawa
  • 学会等名: FABA2013
  • 発表場所: Erzurum, Turkey
  • 招待講演