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Plant genetic loci controlling rhizosphere microbial community composition

研究課題

研究課題/領域番号 25640103
研究種目

挑戦的萌芽研究

配分区分基金
研究分野 ゲノム生物学
研究機関国立遺伝学研究所

研究代表者

池尾 一穂  国立遺伝学研究所, 生命情報研究センター, 准教授 (20249949)

研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2015-03-31
研究課題ステータス 完了 (2014年度)
配分額 *注記
4,030千円 (直接経費: 3,100千円、間接経費: 930千円)
2014年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
2013年度: 2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円)
キーワードゲノム / 次世代シークエンス / メタゲノム / 16sDNA / 多様性 / バイオインフォマティクス / イネ / 根圏 / 比較ゲノム
研究成果の概要

根を取り巻く微生物群集の組成は根の影響を受けているが、植物体の遺伝子型の違いにより、微生物群集の違いを引き起こす可能性がどの程度かは不明である。根圏に関する微生物のコミュニティが、植物の遺伝子型に応じた多様性とその組成が明らかになれば、その情報を用いて有利な根圏組成物用作物ゲノムを育種することが可能となる。
本研究で、植物の遺伝子型に関連する微生物群集の組成は、イネ種や品種の系統発生的距離と相関していないことが明らかになった。また、野生種が栽培種よりもその根圏に大きな影響を及ぼし得ることを示唆し、品種に依存するものよりも多様であった。

報告書

(3件)
  • 2014 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2013 実施状況報告書
  • 研究成果

    (2件)

すべて 2014

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件、 オープンアクセス 2件)

  • [雑誌論文] Efficient screening of long terminal repeat retrotransposons that show high insertion polymorphism via high-throughput sequencing of the primer binding site.2014

    • 著者名/発表者名
      Monden Y, Fujii N, Yamaguchi K, Ikeo K, Nakazawa Y, Waki T, Hirashima K, Uchimura Y, Tahara M.
    • 雑誌名

      Genome

      巻: 57(5) 号: 5 ページ: 245-52

    • DOI

      10.1139/gen-2014-0031

    • NAID

      120005468263

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Human genome network platform: a resource for TFRN analysis.2014

    • 著者名/発表者名
      Monma N, Gojobori T, Ikeo K.
    • 雑誌名

      Methods Mol Biol

      巻: 1164 ページ: 147-62

    • DOI

      10.1007/978-1-4939-0805-9_12

    • ISBN
      9781493908042, 9781493908059
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス

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公開日: 2014-07-25   更新日: 2021-04-07  

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