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遺伝子のde novo誕生の機序に迫るバイオインフォマティクス研究

研究課題

研究課題/領域番号 25640112
研究種目

挑戦的萌芽研究

配分区分基金
研究分野 システムゲノム科学
研究機関九州工業大学

研究代表者

矢田 哲士  九州工業大学, 大学院情報工学研究院, 教授 (10322728)

研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2016-03-31
研究課題ステータス 完了 (2015年度)
配分額 *注記
3,900千円 (直接経費: 3,000千円、間接経費: 900千円)
2015年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2014年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2013年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
キーワード遺伝子進化 / de novo誕生 / 分子進化 / 比較ゲノム / バイオインフォマティクス / 遺伝子
研究成果の概要

ゲノム研究の進展にともない、多くの遺伝子がde novoに誕生していることが明らかになった。しかし、その誕生のシナリオはほとんど分かっていない。ここでは、遺伝子がde novoに誕生した前後の祖先配列を推定し、それらの祖先配列の間の変化を観察することで、遺伝子のde novo誕生のシナリオを描くことを試みた。そして、出芽酵母に至る系統における観察では、次のような遺伝子のde novo誕生のシナリオを描くことに成功した。(1)はじめに高GC含量のゲノム領域ありき、(2)そのゲノム領域に中立な突然変異が蓄積する。そして、(3)ORF長の伸長が起こり、続いて、(4)翻訳開始シグナルが生成される。

報告書

(4件)
  • 2015 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2014 実施状況報告書
  • 2013 実施状況報告書
  • 研究成果

    (12件)

すべて 2016 2015 2014 2013 その他

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (10件) (うち国際学会 1件、 招待講演 4件)

  • [雑誌論文] Long Noncoding RNA NEAT1-Dependent SFPQ Relocation from Promoter Region to Paraspeckle Mediates IL8 Expression upon Immune Stimuli2014

    • 著者名/発表者名
      Imamura K, Imamachi N, Akizuki G, Kumakura M, Kawaguchi A, Nagata K, Kato A, Kawaguchi Y, Sato H, Yoneda M, Kai C, Yada T, Suzuki Y, Yamada T, Ozawa T, Kaneki K, Inoue T, Kobayashi M, Kodama T, Wada Y, Sekimizu K and Akimitsu N.
    • 雑誌名

      Molecular cell

      巻: 53 号: 3 ページ: 393-406

    • DOI

      10.1016/j.molcel.2014.01.009

    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Tetrahedral gray code for visualization of genome information2014

    • 著者名/発表者名
      Ichinose N, Yada T, Gotoh O
    • 雑誌名

      PLoS One

      巻: 9(1) 号: 1 ページ: e86133-e86133

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0086133

    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] A putative scenario for de novo gene birth in Saccharomyces cerevisiae genome2016

    • 著者名/発表者名
      Tetsushi Yada
    • 学会等名
      BIT2016
    • 発表場所
      National Yang-Ming University, Taiwan
    • 年月日
      2016-03-03
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Observing de novo gene birth through reconstruction of ancestral DNA sequences2015

    • 著者名/発表者名
      Tetsushi Yada, Takeaki Taniguchi
    • 学会等名
      生命医薬情報学連合大会2015年大会(日本バイオインフォマティクス学会2015年年会)
    • 発表場所
      京都大学宇治キャンパス
    • 年月日
      2015-10-29
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Deciphering Regulatory Code Underlying Promoter Sequences2014

    • 著者名/発表者名
      Yada T
    • 学会等名
      The 2nd BMIRC International Symposium on Advances in Bioinformatics and Medical Engineering
    • 発表場所
      Center of Iizuka Research and Development, Fukuoka
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] 転写因子の結合と転写の関係を明らかにする試み2014

    • 著者名/発表者名
      矢田哲士
    • 学会等名
      新学術領域研究「転写サイクル」第2回トレーニングワークショップ
    • 発表場所
      九州工業大学, 福岡
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Identifying Mutations Bringing de novo Gene Birth to Saccharomyces sensu stricto Genomes2013

    • 著者名/発表者名
      Zhang W, Ichinose N, Kumada T, Yada T
    • 学会等名
      日本バイオインフォマティクス学会年会
    • 発表場所
      タワーホール船堀, 東京
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] Methylation Structure of Honey Bee Genome2013

    • 著者名/発表者名
      Ichinose N, Yada T, Gotoh O
    • 学会等名
      日本バイオインフォマティクス学会年会
    • 発表場所
      タワーホール船堀, 東京
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] Motif identification based on the idea of Gibbs Sampling and Genetic Algorithm2013

    • 著者名/発表者名
      Zheng P, Ichinose N, Kumada T, Yada T
    • 学会等名
      日本バイオインフォマティクス学会年会
    • 発表場所
      タワーホール船堀, 東京
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] Deciphering Regulatory Code from Transcription Activity Data of Mutagenesis Promoters2013

    • 著者名/発表者名
      Liu Y, Irie T, Suzuki Y, Ichinose N, Kumada T, Yada T
    • 学会等名
      日本バイオインフォマティクス学会年会
    • 発表場所
      タワーホール船堀, 東京
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] 転写制御コードの多様性に挑む2013

    • 著者名/発表者名
      矢田哲士
    • 学会等名
      ゲノム多様性のデータ利用
    • 発表場所
      統計数理研究所, 東京
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] プロモーター配列の合理的な設計に挑む

    • 著者名/発表者名
      矢田哲士
    • 学会等名
      情報処理学会第37回バイオ情報学研究会
    • 発表場所
      九州工業大学, 福岡
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 招待講演

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公開日: 2014-07-25   更新日: 2019-07-29  

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