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分子個性を彫り出すシステム生物学の探求

研究課題

研究課題/領域番号 25650044
研究種目

挑戦的萌芽研究

配分区分基金
研究分野 生物物理学
研究機関北海道大学

研究代表者

小松崎 民樹  北海道大学, 電子科学研究所, 教授 (30270549)

連携研究者 李 振風  北海道大学, 電子科学研究所, 准教授 (90397795)
河合 信之輔  北海道大学, 電子科学研究所, 特任助教 (90624065)
研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2016-03-31
研究課題ステータス 完了 (2015年度)
配分額 *注記
3,250千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 750千円)
2015年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2014年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2013年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
キーワード分子個性 / 情報理論 / F1-ATPase / ネットワーク / 1分子計測 / 変化点解析 / 反応ネットワーク / 経路の多重性 / ノイズ除去 / 遷移状態 / 自由エネルギー地形 / 一分子計測 / 非平衡定常状態反応ネットワーク / システム生物学
研究成果の概要

開いているか/閉じているか,結合しているか/離れているか,といった有限個で連続的でない飛び飛びの値をもつ分子の時系列データから,分子の状態をネットワークという表現を用いて客観的に評価し,分子が将来取り得るデータ出力を予想する新しい解析手法を開発することなどに成功した。また、背後のモデルをあらかじめ想定しない汎用なデータ解析手法を開発し、細胞内“エネルギー通貨”であるアデノシン三リン酸(ATP)を合成するタンパク質F1-ATPaseにおける高効率なエネルギー変換の重要な仕組みを解明した。ATPの加水分解反応が反応順序を制御する“鍵”の役割をすることを新規に発見した。

報告書

(4件)
  • 2015 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2014 実施状況報告書
  • 2013 実施状況報告書
  • 研究成果

    (96件)

すべて 2016 2015 2014 2013 その他

すべて 雑誌論文 (13件) (うち国際共著 1件、 査読あり 13件、 オープンアクセス 7件、 謝辞記載あり 5件) 学会発表 (75件) (うち国際学会 8件、 招待講演 25件) 図書 (1件) 備考 (7件)

  • [雑誌論文] Extracting subcellular fibrillar alignment with error estimation: Application to microtubules2016

    • 著者名/発表者名
      Satoru Tsugawa, Nathan Hervieux, Olivier Hamant, Arezki Boudaoud, Richard S. Smith, Chun-Biu Li and Tamiki Komatsuzaki
    • 雑誌名

      Biophys. J

      巻: 印刷中

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] ATP hydrolysis assists Phosphate release and promotes reaction ordering in F1-ATPase2015

    • 著者名/発表者名
      Li, C. B., Ueno, H., Watanabe, R., Noji, H., & Komatsuzaki, T.
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 6 号: 1 ページ: 10223-10223

    • DOI

      10.1038/ncomms10223

    • NAID

      120005702360

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Deciphering Time Scale Hierarchy in Reaction Networks2015

    • 著者名/発表者名
      Yutaka Nagahata, Satoshi Maeda, Hiroshi Teramoto, Takashi Horiyama, Tetsuya Taketsugu, Tamiki Komatsuzaki
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 120 号: 8 ページ: 1961-1971

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.5b09941

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Kinetic Analysis for the Multistep Profiles of Organic Reactions: Significance of the Conformational Entropy on the Rate Constants of the Claisen Rearrangement2015

    • 著者名/発表者名
      Yosuke Sumiya, Yutaka Nagahata, Tamiki Komatsuzaki, Tetsuya Taketsugu, Satoshi Maeda
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry

      巻: 119 号: 48 ページ: 11641-11649

    • DOI

      10.1021/acs.jpca.5b09447

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Error-based Extraction of States and Energy Landscapes from Experimental Single-Molecule Time-Series2015

    • 著者名/発表者名
      J. Nicholas Taylor, Chun-Biu Li, David R. Cooper, Christy F. Landes, Tamiki Komatsuzaki
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 5 号: 1 ページ: 9174-9174

    • DOI

      10.1038/srep09174

    • NAID

      120005600754

    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] トップダウンとボトムアップの橋渡し2014

    • 著者名/発表者名
      小松崎民樹
    • 雑誌名

      生体の科学

      巻: 65 ページ: 444-445

    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Diversity in ATP concentrations in a single bacterial cell population revealed by quantitative single-cell imaging2014

    • 著者名/発表者名
      Hideyuki Yaginuma, Shinnosuke Kawai, Kazuhito V. Tabata, Keisuke Tomiyama, Akira Kakizuka, Tamiki Komatsuzaki, Hiroyuki Noji, and Hiromi Imamura
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 4 号: 1 ページ: 6522-6522

    • DOI

      10.1038/srep06522

    • NAID

      120005575159

    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Handling Noisy Data from Single Molecule Experiments2014

    • 著者名/発表者名
      Chun-Biu Li, Tamiki Komatsuzaki
    • 雑誌名

      生物物理

      巻: 54 号: 5 ページ: 257-258

    • DOI

      10.2142/biophys.54.257

    • NAID

      130004794709

    • ISSN
      0582-4052, 1347-4219
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Fast Step Transition and State Identification (STaSI) for Discrete Single-Molecule Data Analysis2014

    • 著者名/発表者名
      Bo Shuang, David Cooper, J. Nick Taylor, Lydia Kisley, Jixin Chen, Wenxiao Wang, Chun Biu Li, Tamiki Komatsuzaki, Christy F. Landes
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry Letters

      巻: 5 号: 18 ページ: 3157-3161

    • DOI

      10.1021/jz501435p

    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Numerical Construction of Estimators for Single-Molecule Fluorescence Measurements2013

    • 著者名/発表者名
      Shinnosuke Kawai, David Cooper, Christy F. Landes, Henning D. Mootz, Haw Yang, Tamiki Komatsuzaki
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 117 号: 27 ページ: 8061-8074

    • DOI

      10.1021/jp402328m

    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Aggregated Markov Model Using Time Series of Single Molecule Dwell Times with Minimum Excessive Information2013

    • 著者名/発表者名
      Chun-Biu Li, Tamiki Komatsuzaki
    • 雑誌名

      Physical Review Letters

      巻: 111 号: 5 ページ: 058301-058301

    • DOI

      10.1103/physrevlett.111.058301

    • NAID

      120005333588

    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Spatio-temporal Hierarchy in the Dynamics of a Minimalist Protein Model2013

    • 著者名/発表者名
      Yasuhiro Matsunaga, Akinori Baba, Chun Biu Li, John Straub, Mikito Toda, Tamiki Komatsuzaki, R. Berry
    • 雑誌名

      The Journal of Chemical Physics

      巻: 139 号: 21 ページ: 215101-215101

    • DOI

      10.1063/1.4834415

    • NAID

      120005385312

    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Non-Markovian Properties and Multiscale Hidden Markovian Network Buried in Single Molecule Time Series2013

    • 著者名/発表者名
      Tahmina Sultana, Hiroaki Takagi, Miki Morimatsu, Hiroshi Teramoto, Chun-Biu Li, Yasushi Sako, Tamiki Komatsuzaki
    • 雑誌名

      The Journal of Chemical Physics

      巻: 139 号: 24 ページ: 245101-245101

    • DOI

      10.1063/1.4848719

    • NAID

      120005385318

    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Molecular Data Science Perspectives for Individuality Covering from Molecules to Cells2016

    • 著者名/発表者名
      小松崎 民樹
    • 学会等名
      統合生命医科学研究センター疾患生物学セミナー
    • 発表場所
      理化学研究所横浜キャンパス(神奈川県横浜市)
    • 年月日
      2016-03-18
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Toward deciphering cell individuality in systems biology2015

    • 著者名/発表者名
      Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      Symposium #137 Life at Small Copy Numbers (The 2015 International Chemical Congress of Pacific Basin Societies)
    • 発表場所
      Hawaii, USA
    • 年月日
      2015-12-19
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Energy landscapes and conformation network learned from single molecule time series2015

    • 著者名/発表者名
      Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      Symposium #121 Deciphering molecular complexity from protein functions to cellular network (The 2015 International Chemical Congress of Pacific Basin Societies)
    • 発表場所
      Hawaii, USA
    • 年月日
      2015-12-15
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Kinetics of Multiple conductance levels of Mechanosensitive Ion Channel2015

    • 著者名/発表者名
      Genming Wang, Chun-Biu Li, Hitoshi Tatsumi, Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      The 16th RIES-Hokudai International Symposium
    • 発表場所
      Chateraise Gateaux Kingdom Sapporo, Sapporo, Hokkaido
    • 年月日
      2015-11-10
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] The Onset of Non-equilibrium Effects at High Temperature in the Reaction Kinetics of F1-ATPase2015

    • 著者名/発表者名
      Yuji Tamiya, Chun-Biu Li, Rikiya Watanabe, Hiroyuki Noji, Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      The 16th RIES-Hokudai International Symposium
    • 発表場所
      Chateraise Gateaux Kingdom Sapporo, Sapporo, Hokkaido
    • 年月日
      2015-11-10
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] マルコフ連鎖の時間階層的クラスタリング2015

    • 著者名/発表者名
      永幡 裕, 前田 理, 寺本 央, Chun-Biu Li, 武次 徹也, 小松崎 民樹
    • 学会等名
      ERATO湊離散構造処理系プロジェクト 「2015年度 秋のワークショップ」
    • 発表場所
      丸駒温泉(北海道千歳市)
    • 年月日
      2015-11-08
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Single Molecule Biophysics: How can One Dig the Underlying Network from Noisy and Short Time Series?2015

    • 著者名/発表者名
      Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      International Conference on “Challenges in Data Science: a Complex Systems Perspective
    • 発表場所
      Torino, Italy
    • 年月日
      2015-10-14
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 1分子時系列データから解読するエネルギー地形とネットワーク2015

    • 著者名/発表者名
      小松崎 民樹
    • 学会等名
      「データ駆動科学の新展開」ミニ研究会
    • 発表場所
      北海道大学 百年記念会館(北海道札幌市)
    • 年月日
      2015-09-24
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 非平衡効果が引き起こすF1分子モーターの非アレニウス型温度依存性2015

    • 著者名/発表者名
      田宮 裕治, Chun-Biu Li, 渡邉 力也, 野地 博行, 小松崎 民樹
    • 学会等名
      第9回分子科学討論会
    • 発表場所
      東京工業大学大岡山キャンパス(東京都目黒区)
    • 年月日
      2015-09-16
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] 複雑分子系の異性化反応ネットワークに埋め込まれた時間階層構造の解読2015

    • 著者名/発表者名
      永幡 裕, 前田 理, 寺本 央, Chun-Biu Li, 堀山 貴史, 武次 徹也, 小松崎 民樹
    • 学会等名
      第9回分子科学討論会
    • 発表場所
      東京工業大学 大岡山キャンパス(東京都目黒区)
    • 年月日
      2015-09-16
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] 複合化学反応系の分子シミュレーション-第一原理シミュレーションから分子技術へ-2015

    • 著者名/発表者名
      永幡 裕, 前田 理, 寺本 央, Chun-Biu Li, 武次 徹也, 小松崎 民樹
    • 学会等名
      化学反応経路探索のニューフロンティア
    • 発表場所
      大井町駅前品川区立総合区民会館きゅりあん(東京都大井町)
    • 年月日
      2015-09-15
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] 複雑反応ネットワークに埋め込まれた時間階層構造の解読2015

    • 著者名/発表者名
      Yutaka Nagahata, Satoshi Maeda, Hiroshi Teramoto, Chun-Biu Li, Takashi Horiyama, Tetsuya Taketsugu, Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      第53回日本生物物理学会
    • 発表場所
      金沢大学角間キャンパス自然科学本館(石川県金沢市)
    • 年月日
      2015-09-13
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] 植物の中の局所微小管と細胞成長の関係について2015

    • 著者名/発表者名
      Satoru Tsugawa, Chun-Biu Li, Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      第53回日本生物物理学会
    • 発表場所
      金沢大学角間キャンパス自然科学本館(石川県金沢市)
    • 年月日
      2015-09-13
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] 非平衡効果が引き起こすF1分子モーターの非アレニウス型温度依存性2015

    • 著者名/発表者名
      Yuji Tamiya, Chun-Biu Li, Rikiya Watanabe, Hiroyuki Noji, Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      第53回日本生物物理学会
    • 発表場所
      金沢大学角間キャンパス自然科学本館(石川県金沢市)
    • 年月日
      2015-09-13
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Single Molecule Time Series Analysis of F1-ATPase to Unravel the Role of Bound-ATP Hydrolysis2015

    • 著者名/発表者名
      Chun-Biu Li, Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      第53回日本生物物理学会
    • 発表場所
      金沢大学角間キャンパス自然科学本館(石川県金沢市)
    • 年月日
      2015-09-13
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] 複雑な異性化反応ネットワークに埋め込まれた時間階層構造の解読法の開発2015

    • 著者名/発表者名
      永幡 裕, 前田 理, 寺本 央, Chun-Biu Li, 堀山 貴史, 武次 徹也, 小松崎 民樹
    • 学会等名
      日本化学会北海道支部 2015年 夏季研究発表会
    • 発表場所
      北海道教育大学函館校(北海道函館市)
    • 年月日
      2015-07-18
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Sumi-Marcus 型ポテンシャルモデルを用いた F1分子モーターの反応速度定数の解析2015

    • 著者名/発表者名
      田宮 裕治, Chun-Biu Li, 渡邉 力也, 野地 博行, 小松崎 民樹
    • 学会等名
      日本化学会北海道支部 2015年 夏季研究発表会
    • 発表場所
      北海道教育大学函館校(北海道函館市)
    • 年月日
      2015-07-18
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] 一細胞計測で見えてきたバクテリア細胞内ATP濃度の多様性2015

    • 著者名/発表者名
      柳沼 秀幸, 河合 信之輔, 田端 和仁, 冨山 佳祐, 垣塚 彰, 小松崎 民樹, 岡田 康志, 野地 博行, 今村 博臣
    • 学会等名
      第67回日本細胞生物学会大会
    • 発表場所
      タワーホール船堀(東京都江東区)
    • 年月日
      2015-06-30
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] How can we define a transition state over a network?2015

    • 著者名/発表者名
      Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      R. Stephen Berry Tribune Symposium
    • 発表場所
      Telluride, CO, U.S.
    • 年月日
      2015-06-23
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] A kinetic disconnectivity graph to decode timescale hierarchy buried in reaction networks2015

    • 著者名/発表者名
      Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      Chemistry & Dynamics in Complex Environments
    • 発表場所
      Telluride, CO, U.S.
    • 年月日
      2015-06-23
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Energy Landscapes learned from Single-Molecule Time-Series: Dimensionality and Disconnectivity Graph2015

    • 著者名/発表者名
      Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      The Complexity of Dynamics Kinetics from Single Molecules to Cells
    • 発表場所
      Telluride, CO, U.S.
    • 年月日
      2015-06-14
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] マルコフ連鎖の時間階層的クラスタリング2015

    • 著者名/発表者名
      永幡 裕, 前田 理, 寺本 央, Chun-Biu Li, 武次 徹也, 小松崎 民樹
    • 学会等名
      ERATO湊離散構造処理系プロジェクト 「2015年度 初夏のワークショップ」
    • 発表場所
      北海道大学情報科学研究科 ERATO 会議室(北海道札幌市)
    • 年月日
      2015-06-11
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Energy landscapes derived from single molecule spectroscopy and complex networks2015

    • 著者名/発表者名
      Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      Architecture, dynamics, and functionality of molecular biosystems
    • 発表場所
      The Institute for Molecular Science(愛知県岡崎市)
    • 年月日
      2015-03-31
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Fast Step Transition and State Identification (STaSI) for Discrete Single-Molecule Data Analysis2015

    • 著者名/発表者名
      B. Shuang, D. Cooper, J. N. Taylor, L. Kisley, J. Chen, W. Wang, C.-B. Li, T. Komatsuzaki, and C. F. Landes
    • 学会等名
      2015 Oil & Gas High Performance Computing Workshop
    • 発表場所
      Houston, USA
    • 年月日
      2015-03-05
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] Fast Step Transition and State Identification (STaSI) for Discrete Single-Molecule Data Analysis2015

    • 著者名/発表者名
      Bo Shuang, David Cooper, J. Nick Taylor, Lydia Kisley, Jixin Chen, Wenxiao Wang, Chun Biu Li, Tamiki Komatsuzaki, Chrisy Landes
    • 学会等名
      The 2015 Quantitative BioImaging Conference
    • 発表場所
      Paris, France
    • 年月日
      2015-01-07
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] Error-based Extraction of Effective Free Energy Landscapes from Experimental Single-Molecule Time-Series2015

    • 著者名/発表者名
      Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      The 8th biennial workshop on Single Molecule Biophysics (SMB)
    • 発表場所
      Aspen, USA
    • 年月日
      2015-01-04
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] An extraction of embedded timescale hierarchies buried in complex reaction network2014

    • 著者名/発表者名
      Yutaka Nagahata, Satoshi Maeda, Hiroshi Teramoto, Chun-Biu Li, Takashi Horiyama, Tetsuya Taketsugu, Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      The 15th Ries-Hokudai International Symposium 響[hibiki]
    • 発表場所
      CHATERAISE Gateaux Kingdom SAPPORO(北海道札幌市)
    • 年月日
      2014-12-16
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] A kinetic disconnectivity graph to decode timescale hierarchy buried in reaction networks2014

    • 著者名/発表者名
      Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      XIXth International Workshop on Quantum Systems in Chemistry, Physics and Biology
    • 発表場所
      New Taipei City, Taiwan
    • 年月日
      2014-11-16
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Data Driven Approach to Dynamics of Protein Motor2014

    • 著者名/発表者名
      Yuji Tamiya, Chun-Biu Li, Rikiya Watanabe, Hiroyuki Noji, Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      New Challenges in Complex Systems Science
    • 発表場所
      Nishiwaseda Campus, Waseda University(東京都新宿区)
    • 年月日
      2014-10-25
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] Challenges in Understanding Complex Systems at the Single Molecule Level2014

    • 著者名/発表者名
      Chun-Biu Li, and Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      New Challenges in Complex Systems Science
    • 発表場所
      Nishiwaseda Campus, Waseda University(東京都新宿区)
    • 年月日
      2014-10-25
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 複雑分子系の構造異性化反応ネットワークに埋め込まれた時間階層構造の抽出2014

    • 著者名/発表者名
      永幡 裕, 寺本 央, Chun-Biu Li, 小松崎 民樹
    • 学会等名
      研究会「理論と実験」2014
    • 発表場所
      広島大学理学部(広島県東広島市)
    • 年月日
      2014-10-10
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] 分子個性と少数性2014

    • 著者名/発表者名
      小松崎 民樹
    • 学会等名
      第52回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター(北海道札幌市)
    • 年月日
      2014-09-26
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] 複雑分子系の異性化反応ネットワークに埋め込まれた時間階層構造の抽出2014

    • 著者名/発表者名
      永幡 裕、前田 理、寺本 央、Chun-Biu Li、堀山 貴史、武次 徹也、小松崎 民樹
    • 学会等名
      第8回分子科学討論会
    • 発表場所
      広島大学東広島キャンパス(広島県東広島市)
    • 年月日
      2014-09-21
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] 少数性の生物学において顕在化する分子個性2014

    • 著者名/発表者名
      小松崎 民樹
    • 学会等名
      日本物理学会2014年秋季大会
    • 発表場所
      中部大学春日井キャンパス(愛知県春日井市)
    • 年月日
      2014-09-09
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Energy landscapes learned from time series and networks2014

    • 著者名/発表者名
      Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      Energy Landscapes : From Single Molecules to Soft Matter
    • 発表場所
      Durham, UK
    • 年月日
      2014-08-20
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 複雑分子系における構造異性化反応ネットワークの理解に向けて2014

    • 著者名/発表者名
      永幡 裕, 寺本 央, Chun-Biu Li, 小松崎 民樹
    • 学会等名
      第54回 分子科学若手の会 夏の学校
    • 発表場所
      いこいの村能登半島(石川県羽咋郡志賀町)
    • 年月日
      2014-08-18
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] Error-based Extraction of Effective Free Energy Landscapes from Experimental Single-Molecule Time-Series2014

    • 著者名/発表者名
      J.N. Taylor, Chun Biu Li, and Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      Macromolecular dynamics: structure, function and diseases
    • 発表場所
      Beijing, China
    • 年月日
      2014-07-03
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] Extracting Cooperative modes between a biological molecule and water molecules2014

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Teramoto, Mikito Toda, Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      International Workshop "Over the Barriers of Transition Paths: Dynamical Processes in Proteins and Complex Molecular Systems"
    • 発表場所
      Tokyo Institute of Technology(神奈川県横浜市)
    • 年月日
      2014-06-28
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Energy Landscapes Constructed From Single-molecule Time Series And Reaction Networks2014

    • 著者名/発表者名
      Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      Macromolecular dynamics: structure, function and diseases
    • 発表場所
      Beijing, China
    • 年月日
      2014-06-27
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Theories Should Meet Experiments: What Can We Extract From Time Series Data?2014

    • 著者名/発表者名
      Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      Beijing Computational Science Research Center (CSRC) Seminar
    • 発表場所
      Beijing, China
    • 年月日
      2014-06-23
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Error-based Extraction of Effective Free Energy Landscapes from Experimental Single-Molecule Time-Series2014

    • 著者名/発表者名
      J.N. Taylor, Chun Biu Li, and Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      ICBP 8th IUPAP international conference on biological physics
    • 発表場所
      Beijing, China
    • 年月日
      2014-06-21
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] 複雑分子系における構造異性化反応ネットワークの理解に向けて2014

    • 著者名/発表者名
      永幡 裕、前田 理、寺本 央、Chun-Biu Li、堀山 貴史、武次 徹也、小松崎 民樹
    • 学会等名
      第17回理論化学討論会
    • 発表場所
      名古屋大学(東山キャンパス)ES総合館(愛知県名古屋市)
    • 年月日
      2014-05-23
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] 生体分子と水の過渡的な集団運動の抽出2014

    • 著者名/発表者名
      寺本央、戸田幹人、小松崎民樹
    • 学会等名
      第17回理論化学討論会
    • 発表場所
      名古屋大学(東山キャンパス)ES総合館(愛知県名古屋市)
    • 年月日
      2014-05-22
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] Energy Landscapes Constructed From Single-Molecule Time Series and Reaction Networks2014

    • 著者名/発表者名
      Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      The 2014 Les Houches - TSRC Protein Dynamics Workshop
    • 発表場所
      Les Houches, France
    • 年月日
      2014-05-21
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ノイジーなFRETデータから多重経路を考慮に入れた自由エネルギー地形を抽出する2014

    • 著者名/発表者名
      小松崎 民樹
    • 学会等名
      理研シンポジウム:細胞システムの動態と論理Ⅵ
    • 発表場所
      理化学研究所和光本所(埼玉県和光市)
    • 年月日
      2014-04-04
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] タンパク質の時系列から得られたMarkov連鎖の解析に向けて:グラフの分割とクラスタリングで定義する複雑な化学反応における状態とその時間階層構造2014

    • 著者名/発表者名
      永幡 裕, 寺本 央, Chun-Biu Li, 小松崎 民樹
    • 学会等名
      理研シンポジウム:細胞システムの動態と論理Ⅵ
    • 発表場所
      理化学研究所和光本所(埼玉県和光市)
    • 年月日
      2014-04-04
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] タンパク質の時系列から得られたMarkov連鎖の解析に向けて:グラフの分割とクラスタリングで定義する複雑な化学反応における状態とその時間階層構造2014

    • 著者名/発表者名
      永幡 裕, 堀山 貴史, 前田 理, 寺本 央, Chun-Biu Li, 小松崎 民樹
    • 学会等名
      2013 年度日本生物物理学会北海道支部例会
    • 発表場所
      北海道大学 シオノギ創薬イノベーションセンター(札幌市)
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] パターン形成における本質的な高次相関情報量の抽出2014

    • 著者名/発表者名
      宮川尚紀,寺本央,河合信之輔,李振風,小松崎民樹
    • 学会等名
      日本物理学会 第69回年次大会
    • 発表場所
      東海大学湘南キャンパス(平塚市)
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] タンパク質一分子計測から得られたマルコフ連鎖がもつ時間階層構造の理解に向けて2014

    • 著者名/発表者名
      永幡裕,寺本央,Chun-Biu Li,小松崎民樹
    • 学会等名
      日本物理学会 第69回年次大会
    • 発表場所
      東海大学湘南キャンパス(平塚市)
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] A microscopic ruler tells us the underlying networks in single molecule measurements2013

    • 著者名/発表者名
      Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      Nanoscale Science Seminars 2013:A Microscopic ruler tells us the underlying networks in single molecule measurements
    • 発表場所
      Max Planck Institute(Stuttgart, Germany)
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] データ駆動型モデリングと一分子動態解析における虚実2013

    • 著者名/発表者名
      小松崎 民樹
    • 学会等名
      日本顕微鏡学会第69回学術講演会
    • 発表場所
      ホテル阪急エキスポパーク(吹田市)
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Unbiased estimation of physical properties in noisy experimental data2013

    • 著者名/発表者名
      Shinnosuke Kawai, David Cooper, Christy Landes, Henning D. Mootz, Haw Yang, Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      IMS Workshop on "Hierarchical Molecular Dynamics: From Ultrafast Spectroscopy to Single Molecule Measurements"
    • 発表場所
      NINS Okazaki Conference Center(Okazaki, Japan)
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] Revisiting Energy Landscape & Extracting it from FRET measurement2013

    • 著者名/発表者名
      Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      The Complexity of Dynamics and Kinetics in Many Dimensions
    • 発表場所
      Telluride, CO. (USA)
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] Revisiting Energy Landscape, Timescale, Coarse-Graining2013

    • 著者名/発表者名
      Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      Chemistry and Dynamics in Complex Environments
    • 発表場所
      Telluride, CO. (USA)
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 実験データからノイズを取り除き背後の物理量を評価する方法2013

    • 著者名/発表者名
      河合信之輔・David Cooper・Christy Landes・Henning D. Mootz・Haw Yang・小松崎民樹
    • 学会等名
      日本化学会北海道支部2013年夏季研究発表会
    • 発表場所
      北見工業大学(北見市)
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] Toward System Molecular Biology & Data Science2013

    • 著者名/発表者名
      Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      A Symposium on Single Molecule Biophysics and Cyt c Biochemistry
    • 発表場所
      Jyozankei View Hotel(Sapporo, Japan)
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] Information of multi-order correlation in pattern formation2013

    • 著者名/発表者名
      Naoki Miyagawa, Hiroshi Teramoto , Chun-Biu Li, Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      A Symposium on Single Molecule Biophysics and Cyt c Biochemistry
    • 発表場所
      Jyozankei View Hotel(Sapporo, Japan)
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] Identifying the most distinct disjoint sets to extract hierarchical structure in Markov chain steady state network extracted from time series by finding “minimum” transition probability2013

    • 著者名/発表者名
      Yutaka Nagahata, Hiroshi Teramoto, Takashi Horiyama, Chun-Biu Li, Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      A Symposium on Single Molecule Biophysics and Cyt c Biochemistry
    • 発表場所
      Jyozankei View Hotel(Sapporo, Japan)
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] 時間スケールに依存して変化する実効自由度とエネルギー地形2013

    • 著者名/発表者名
      河合 信之輔,寺本 央,小松崎 民樹
    • 学会等名
      第7回分子科学討論会2013京都
    • 発表場所
      京都テルサ(京都市)
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] 定常マルコフ連鎖から階層構造を抽出する際に生じる組み合わせ爆発2013

    • 著者名/発表者名
      永幡 裕, 寺本 央, 堀山 貴史, Chun-Biu Li, 小松崎 民樹
    • 学会等名
      湊離散構造処理系プロジェクト ERATO セミナー
    • 発表場所
      北海道大学工学部(札幌市)
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 個々の軌道の振舞いとその集団分布の振舞いの関係~一軌道レベルでのスペクトル解析法とそれによる溶質分子と水の協同運動の抽出~2013

    • 著者名/発表者名
      寺本央、戸田幹人、小松崎民樹
    • 学会等名
      第36回溶液化学シンポジウム プレシンポジウム
    • 発表場所
      北海道大学 学術交流会館(札幌市)
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Dynamic Disorder 再考:解析の虚実2013

    • 著者名/発表者名
      小松崎 民樹
    • 学会等名
      研究会「理論と実験」2013
    • 発表場所
      広島大学理学部(東広島市)
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Let Systems Tell for themselves: Energy Landscape and Complex Network2013

    • 著者名/発表者名
      James N. Taylor, Shinnosuke Kawai, Chun Biu Li, Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      Technologies for Medical Diagnosis and Therapy Symposium
    • 発表場所
      Academia Sinica(Taipei, Taiwan)
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] Toward the Decoding of Single Nucleotides Tunneling Current by Change Point Analysis2013

    • 著者名/発表者名
      Chun-Biu Li, Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      Technologies for Medical Diagnosis and Therapy Symposium
    • 発表場所
      Academia Sinica(Taipei, Taiwan)
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] A Multiscale Kinetic Scheme Extracted from EGFR-Grb2 Single Molecule Reaction2013

    • 著者名/発表者名
      Sultana Tahmina, Takagi Hiroaki, Morimatsu Miki, Teramoto Hiroshi, Li Chun-Biu, Sako Yasushi, Komatsuzaki Tamiki
    • 学会等名
      第51回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      国立京都国際会館(京都市)
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] 一分子時系列から抽出されたマルコフ連鎖 定常ネットワーク における遷移確率が“最小”となる分子の“状態”の同定2013

    • 著者名/発表者名
      永幡 裕, 寺本 央, Li Chun-Biu, 小松崎 民樹
    • 学会等名
      第51回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      国立京都国際会館(京都市)
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] 分子イメージングから要素間の高次相互作用の定量化に向けて2013

    • 著者名/発表者名
      小松崎 民樹
    • 学会等名
      第51回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      国立京都国際会館(京都市)
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] An Information-Theoretical approach to Local Equilibrium State Analysis for Single-Molecule Time-Series2013

    • 著者名/発表者名
      J. Nick Taylor, Li Chun-Biu, Kawai Shinnosuke, Komatsuzaki Tamiki
    • 学会等名
      第51回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      国立京都国際会館(京都市)
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] 分子個性(Dynamic disorder):一分子生物学から産まれた新しい概念?2013

    • 著者名/発表者名
      小松崎 民樹
    • 学会等名
      第2回バイオ単分子研究会
    • 発表場所
      つなぎ温泉 紫苑(盛岡市)
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] タンパク質一分子の計測から得られた定常マルコフ連鎖がもつ時間階層構造の理解に向けて2013

    • 著者名/発表者名
      永幡 裕, 寺本 央, Li Chun-Biu, 小松崎 民樹
    • 学会等名
      ERATO湊離散構造処理系プロジェクト 「2013年度 秋のワークショップ」
    • 発表場所
      第一滝本館(登別市)
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] Extracting the Protein-folding Dynamics from Single Molecule Time Series2013

    • 著者名/発表者名
      Kunihiko Ibe, Hiroshi Teramoto, Chun-Biu Li, Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      The 14th RIES-HOKUDAI International Symposium 網[mou]
    • 発表場所
      シャトレーゼガトーキングダムサッポロ(札幌市)
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] Information of multi-order correlation in pattern formation2013

    • 著者名/発表者名
      Naoki Miyagawa, Hiroshi Teramoto, Chun-Biu Li, and Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      The 14th RIES-HOKUDAI International Symposium 網[mou]
    • 発表場所
      シャトレーゼガトーキングダムサッポロ(札幌市)
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] Toward understanding hierarchical structure of complex reaction networks extracted from single molecule time series2013

    • 著者名/発表者名
      Yutaka Nagahata, Hiroshi Teramoto, Takashi Horiyama, Chun-Biu Li, Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      The 14th RIES-HOKUDAI International Symposium 網[mou]
    • 発表場所
      シャトレーゼガトーキングダムサッポロ(札幌市)
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] Scrutiny of Heterogeneity in Memory by Extracting Reaction Network Buried in Single Molecule Time Series of EGFR and Grb22013

    • 著者名/発表者名
      Tahmina Sultana, Hiroaki Takagi, Miki Morimatsu, Hiroshi Teramoto, Chun-Biu Li, Yasushi Sako, and Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      The 14th RIES-HOKUDAI International Symposium 網[mou]
    • 発表場所
      シャトレーゼガトーキングダムサッポロ(札幌市)
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] An Information-Theoretical Approach to Local Equilibrium State Analysis for Single-Molecule Time-Series2013

    • 著者名/発表者名
      J. N. Taylor, C.B. Li, S. Kawai, and T. Komatsuzaki
    • 学会等名
      The 14th RIES-HOKUDAI International Symposium 網[mou]
    • 発表場所
      シャトレーゼガトーキングダムサッポロ(札幌市)
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [図書] パリティ11月号:ラグランジュ協同構造―流体の流れに隠れた骨格2013

    • 著者名/発表者名
      Thomas Peacock, George Haller : 小松崎民樹 訳
    • 総ページ数
      9
    • 出版者
      丸善出版株式会社
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [備考] 回転分子モーターF1-ATPase の化学ー力学エネルギー変換におけるATP加水分解反応の役割解明!

    • URL

      http://www.es.hokudai.ac.jp/result/2015-12-18-mlns/

    • 関連する報告書
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      2014 実施状況報告書
  • [備考] ノイズを含むデータから分子の状態とそれらのネットワーク。。。

    • URL

      http://www.es.hokudai.ac.jp/result/2015-03-18-mlns/

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  • [備考] Novel method developed to extract ...

    • URL

      http://www.oia.hokudai.ac.jp/blog/2015/03/23/novel-method-developed-to-extract-molecular-states-and-their-network-from-noisy-single-molecule-time-series-data/

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      2014 実施状況報告書
  • [備考] 北海道大学電子科学研究所、分子生命数理研究分野ホームページ

    • URL

      http://mlns.es.hokudai.ac.jp/

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公開日: 2014-07-25   更新日: 2019-07-29  

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