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放線菌における系統分類と生産物質のデータベース化と新規生産株の簡易検出法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 25650136
研究種目

挑戦的萌芽研究

配分区分基金
研究分野 生物多様性・分類
研究機関国立研究開発法人産業技術総合研究所

研究代表者

北川 航  国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生物プロセス研究部門, 主任研究員 (60415669)

研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2017-03-31
研究課題ステータス 完了 (2016年度)
配分額 *注記
4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2015年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2014年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2013年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
キーワードRhodococcus / gyrB / antibiotics / phylogeny / バイオテクノロジー / 抗生物質 / ロドコッカス / 分類学 / 遺伝子 / 微生物
研究成果の概要

放線菌ロドコッカス・エリスロポリスには同属同種でありながら、異なる抗生物質生産性を示す多くの株が知られている。これらの株の16S rRNA遺伝子配列による分類は不可能であったが、gyrB遺伝子、さらには数株の完全ゲノム解析も行い、進化系統的な分類を可能にし、さらには物質生産系の合成遺伝子群を明らかにした。MLSTを含め更に解析を進め、最終的にはgyrB遺伝子のみで抗生物質生産性と一致する系統分類が可能である事がわかった。これらの結果から新たな候補株を取得した場合、gyrB配列によってその生産物の新規性も判断できると結論した。これら配列と生産物をデータベース化して利用する事が可能になった。

報告書

(5件)
  • 2016 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2015 実施状況報告書
  • 2014 実施状況報告書
  • 2013 実施状況報告書
  • 研究成果

    (3件)

すべて 2015 2014

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件、 オープンアクセス 1件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (2件)

  • [雑誌論文] Draft genome sequence of Rhodococcus erythropolis JCM 6824, an aurachin RE antibiotic producer.2014

    • 著者名/発表者名
      Kitagawa, W., Hata, M., Sekizuka, T., Kuroda, M., and Ishikawa, J.
    • 雑誌名

      Genome Announcement

      巻: 2 号: 5

    • DOI

      10.1128/genomea.01026-14

    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [学会発表] 新規認定宿主Rhodococcus erythropolisのゲノム解析とゲノム改変2015

    • 著者名/発表者名
      北川 航、波田 美弥子
    • 学会等名
      日本放線菌学会2015年度大会
    • 発表場所
      富山県富山市
    • 年月日
      2015-09-08
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
  • [学会発表] Insight into the relationship between antibiotic production and phylogenetic-classification of Rhodococcus erythropolis strains2014

    • 著者名/発表者名
      Wataru Kitagawa
    • 学会等名
      17th International Symposium on the Biology of Actinomycetes (ISBA17)
    • 発表場所
      トルコ
    • 年月日
      2014-10-09
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書

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公開日: 2014-07-25   更新日: 2019-07-29  

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