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非モデル植物におけるゲノムスキャン解析のための基盤塩基配列データ迅速構築法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 25650140
研究種目

挑戦的萌芽研究

配分区分基金
研究分野 生態・環境
研究機関東北大学

研究代表者

陶山 佳久  東北大学, (連合)農学研究科(研究院), 准教授 (60282315)

研究協力者 松木 悠  
中澤 文男  
研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2015-03-31
研究課題ステータス 完了 (2014年度)
配分額 *注記
4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2014年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
2013年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
キーワード連鎖解析 / 次世代シーケンサー / 花粉DNA / 花粉
研究成果の概要

単一の植物個体から得られた花粉一粒ずつのDNAを材料として、迅速に高密度連鎖地図を構築する方法の技術開発を行った。まずその基礎となる手法として、次世代シーケンサーによって通常のゲノムDNA試料からゲノム網羅的に一塩基多型(SNP)マーカーを得る新手法を開発した。この手法を花粉DNAの解析に応用し、1個体のユリ科植物から得られた花粉を材料としてSNPの検出を行った。その遺伝分離を解析した結果、期待分離比どおりに検出された226座のSNPマーカーが得られ、新手法による連鎖地図の構築が可能であることが確かめられた。

報告書

(3件)
  • 2014 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2013 実施状況報告書
  • 研究成果

    (3件)

すべて 2015 2014

すべて 学会発表 (3件) (うち招待講演 2件)

  • [学会発表] Development of a novel method for conservation genetics with next-generation sequencing: Multiplexed ISSR (inter-simple sequence repeat) Genotyping by sequencing (MIG-seq)2015

    • 著者名/発表者名
      Yoshihisa Suyama, Yu Mastuki
    • 学会等名
      Contribution of Genetics to Plant Conservation: International Seminar in Rio de Janeiro Botanical Garden
    • 発表場所
      Rio de Janeiro Botanical Garden(リオデジャネイロ、ブラジル)
    • 年月日
      2015-02-06
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Development of a novel method for conservation genetics with next-generation sequencing: Multiplexed ISSR (inter-simple sequence repeat) Genotyping by sequencing (MIG-seq)2015

    • 著者名/発表者名
      Yoshihisa Suyama, Yu Mastuki
    • 学会等名
      Contribution of Genetics to Plant Conservation: Brazil-Japan International Workshop 2015
    • 発表場所
      University of Sao Paulo(サンパウロ、ブラジル)
    • 年月日
      2015-02-02 – 2015-02-04
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 次世代DNAシーケンシングによる森林分子生態学的研究2014

    • 著者名/発表者名
      陶山佳久
    • 学会等名
      第125回日本森林学会大会
    • 発表場所
      大宮ソニックシティー
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書

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公開日: 2014-07-25   更新日: 2019-07-29  

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