寄生体ゲノム情報獲得に向けたサブトラクションシーケンス法の開発

• 研究課題/領域番号: 25670200
• 研究種目: 挑戦的萌芽研究
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 寄生虫学(含衛生動物学)
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 松崎 素道 東京大学, 医学(系)研究科(研究院), 助教 (00511396)
• 研究期間 (年度): 2013-04-01 – 2014-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2013年度)
• 配分額: 3,900千円 (直接経費: 3,000千円、間接経費: 900千円); 2013年度: 3,900千円 (直接経費: 3,000千円、間接経費: 900千円)
• キーワード: ゲノム / 超並列シーケンシング

研究概要

本研究は寄生性原虫のゲノム情報を効率的に取得できるサブトラクションシーケンス法を開発することを目的とした。ゲノム配列既知の大腸菌および出芽酵母を用い、大腸菌DNAを非感染宿主由来DNA、これに少量の出芽酵母DNAを混ぜた物を感染宿主由来DNAのモデルとした。具体的には、後者のライブラリにビオチン化した前者のライブラリをハイブリダイズさせ、ストレプトアビジン磁気ビーズで大腸菌DNAを除去することで濃縮された出芽酵母DNAを得た。出芽酵母DNAの濃縮は定量PCRにより確認した。原理的な実現性は実証できたと考えるが、実用化のための技術的検証を進めていく必要がある。