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日本近縁ヒト集団間で異なる新規分散型繰り返し領域の探索とその集団の推定法の確立

研究課題

研究課題/領域番号 25670342
研究種目

挑戦的萌芽研究

配分区分基金
研究分野 法医学
研究機関名古屋大学

研究代表者

山本 敏充  名古屋大学, 医学(系)研究科(研究院), 准教授 (50260592)

連携研究者 斎藤 成也  国立遺伝学研究所, 集団遺伝学系, 教授 (30192587)
研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2016-03-31
研究課題ステータス 完了 (2015年度)
配分額 *注記
3,900千円 (直接経費: 3,000千円、間接経費: 900千円)
2015年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2014年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2013年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
キーワード法医学 / 人類学 / 遺伝的異質性 / 反復配列 / 分散型 / Alu配列 / 縦列型 / STR / ヒト集団遺伝学 / ゲノム科学 / 繰り返し配列
研究成果の概要

本研究では、遺伝的に非常に近縁なヒト集団間の異質性を突然変異率の非常に高い分散型反復配列であるAlu配列の中で、より新規なファミリーであると考えられているAlu Yファミリーに着目し、日本近縁ヒト集団で異なる配列を、新規に見出すための第一段階であるトランスポゾンディスプレイ法を確立することができた。
また、縦列反復配列であるSTRsでも100以上の座位を用いれば、日本人と朝鮮族との間でも、区別できる可能性があることがカテゴリー分析により示され、これらのデータから統計学的判別法を検討したところ、その判別分析によるベイズ因子から、約92%の日本人が、朝鮮族から容易に区別できることが判明した。

報告書

(4件)
  • 2015 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2014 実施状況報告書
  • 2013 実施状況報告書
  • 研究成果

    (26件)

すべて 2015 2014 2013 その他

すべて 雑誌論文 (12件) (うち査読あり 9件、 謝辞記載あり 3件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (14件) (うち国際学会 2件、 招待講演 1件)

  • [雑誌論文] Potential statistical differentiation between Japanese and Korean populations with about 100 STRs2015

    • 著者名/発表者名
      Toshimichi Yamamotoa, Yuuji Hiroshige, Hisae Ogawa, Takashi Yoshimoto, Shuhei Mano
    • 雑誌名

      Forensic Science International: Genetics Supplement Series

      巻: 5 ページ: e348-e349

    • DOI

      10.1016/j.fsigss.2015.09.138

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 日本人と近隣ヒト集団における多座位STRsによる遺伝統計学的判別法の検討(第1報)2015

    • 著者名/発表者名
      山本敏充,廣重優二,小川久恵,吉本高士,間野修平
    • 雑誌名

      DNA多型

      巻: 23 ページ: 128-130

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [雑誌論文] Species specificities among primates probed with commercially available fluorescence-based multiplex PCR typing kits2015

    • 著者名/発表者名
      Yuuji Hiroshige, Hiroyuki Ohtaki, Takashi Yoshimoto, Hisae Ogawa, Akira Ishii, Toshimichi Yamamoto
    • 雑誌名

      Legal Medicine

      巻: 17 号: 5 ページ: 326-333

    • DOI

      10.1016/j.legalmed.2015.03.006

    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] CD109 attenuates TGF-β1 signaling and enhances EGF signaling in SK-MG-1 human glioblastoma cells.2015

    • 著者名/発表者名
      Jing-Min Zhang, Yoshiki Murakumo, Sumitaka Hagiwara, Ping Jiang, Shinji Mii, Emir Kalyoncu, Shoji Saito, Chikage Suzuki, Yasutaka Sakurai, Yoshiko Numata, Toshimichi Yamamoto, Masahide Takahashi
    • 雑誌名

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      巻: 459 号: 2 ページ: 252-258

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2015.02.093

    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Identification of causative pregnancy of gestational trophoblastic neoplasia diagnosed during pregnancy by short tandem repeat analysis.2014

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto E, Niimi K, Shinjo K, Yamamoto T, Fukunaga M, Kikkawa F.
    • 雑誌名

      Gynecol Oncol Case Rep.

      巻: 18 ページ: 3-6

    • DOI

      10.1016/j.gynor.2014.04.001

    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Revertant Mutation Releases Confined Lethal Mutation, Opening Pandora' s Box : A Novel Genetic Pathogenesis2014

    • 著者名/発表者名
      Ogawa Y, Takeichi T, Kono M, Hamajima N, Yamamoto T, Sugiura K, Akiyama M
    • 雑誌名

      PLoS Genet

      巻: 10(5) 号: 5 ページ: e1004276-e1004276

    • DOI

      10.1371/journal.pgen.1004276

    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Ovarian mucinous tumors arising from mature cystic teratomas - a molecular genetic approach for understanding the cellular origin.2014

    • 著者名/発表者名
      Kaho Fujii, Yoriko Yamashita, Toshimichi Yamamoto, Koji Takahashi, Katsunori Hashimoto, Tomoko Miyata, Kumi Kawai, Fumitaka Kikkawa, Shinya Toyokuni, Tetsuro Nagasaka
    • 雑誌名

      Human Pathology

      巻: 45 ページ: 717-724

    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] 5地域のモンゴル人におけるYハプログループ及びY-STRsハプロタイプ解析並びに日本人との比較.2014

    • 著者名/発表者名
      山本敏充,廣重優二,小川久恵,吉本高士
    • 雑誌名

      DNA多型

      巻: 22 ページ: 105-108

    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Ovarian mucinous tumors arising from mature cystic teratomas--a molecular genetic approach for understanding the cellular origin.2014

    • 著者名/発表者名
      Fujii K, Yamashita Y, Yamamoto T, Takahashi K, Hashimoto K, Miyata T, Kawai K, Kikkawa F, Toyokuni S, Nagasaka T
    • 雑誌名

      Hum Pathol

      巻: 45 号: 4 ページ: 717-724

    • DOI

      10.1016/j.humpath.2013.10.031

    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Y-chromosome lineage in five regional Mongolian populations2013

    • 著者名/発表者名
      Toshimichi Yamamoto, Tomoki Senda, Daiki Horiba, Masayoshi Sakuma, Yuuka Kawaguchi, Yuuichi Kano
    • 雑誌名

      Forensic Science International: Genetics Supplement Series

      巻: 4 号: 1 ページ: e260-e261

    • DOI

      10.1016/j.fsigss.2013.10.133

    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 自然脱落毛からのSTR型検出のための判定基準2013

    • 著者名/発表者名
      廣重優二,山本敏充,吉本高士,石井晃
    • 雑誌名

      日本法科学技術学会誌

      巻: 18 ページ: 97-111

    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] モンゴルの2地域ヒト集団におけるYハプログループ解析2013

    • 著者名/発表者名
      廣重優二,山本敏充,吉本高士
    • 雑誌名

      DNA多型

      巻: 21 ページ: 127-129

    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] インドネシアにおける“Midi-6”のアレル頻度分布及び他のヒト集団との比較2015

    • 著者名/発表者名
      山本敏充,廣重優二,小川久恵,吉本高士,石井晃,Tuntas Dhanardhono
    • 学会等名
      日本DNA多型学会第24回学術集会
    • 発表場所
      岡山大学創立五十周年記念館(岡山県・岡山市)
    • 年月日
      2015-11-19
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] 105 座位のSTRs による日本人と近隣ヒト集団間の遺伝的異質性2015

    • 著者名/発表者名
      山本敏充,佃康司,間野修平
    • 学会等名
      第69回日本人類学会大会
    • 発表場所
      産業技術総合研究所臨海副都心センター別館(東京都・江東区)
    • 年月日
      2015-10-10
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Analysis on Y-STRs and Y haplogroups in Indonesia2015

    • 著者名/発表者名
      Toshimichi Yamamoto, Akira Shirakawa, Tuntas Dhanardhono
    • 学会等名
      7th European Association of Forensic Science Conference 2015
    • 発表場所
      Plague, Czech Republic
    • 年月日
      2015-09-06
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Potential statistical differentiation between Japanese and Korean populations with about 100 STRs2015

    • 著者名/発表者名
      Toshimichi Yamamoto, Yuuji Hiroshige, Hisae Ogawa, Takashi Yoshimoto, Shuhei Mano
    • 学会等名
      26th International Congress 2015 of the International Society of Forensic Genetics
    • 発表場所
      Krakow, Poland
    • 年月日
      2015-08-31
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 日本人における257座位の4塩基リピートSTRsのアレル頻度及び統計学的解析2015

    • 著者名/発表者名
      山本敏充,小川久恵,廣重優二,吉本高士,草野麻衣子,財津桂,石井晃
    • 学会等名
      第99次日本法医学会学術全国集会
    • 発表場所
      高知市文化プラザかるぽーと(高知県・高知市)
    • 年月日
      2015-06-11
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Further potential applications of autosomal and Y chromosomal STRs.2015

    • 著者名/発表者名
      Toshimichi Yamamoto
    • 学会等名
      2015 International Symposium on Forensic DNA in Law
    • 発表場所
      ソウル,大韓民国
    • 年月日
      2015-03-26 – 2015-03-27
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 日本人と近隣ヒト集団における多座位STRsによる遺伝統計学的判別法の検討(第1報)2014

    • 著者名/発表者名
      山本敏充,廣重優二,小川久恵,吉本高士,間野修平
    • 学会等名
      日本DNA多型学会第23回学術集会
    • 発表場所
      ウインクあいち(愛知県・名古屋市)
    • 年月日
      2014-11-27 – 2014-11-28
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] Population Genetic Study of Six Mini STR `Midi 6` Systems in Indonesian Population.2014

    • 著者名/発表者名
      Tuntas Dhanardhono, Toshimichi Yamamoto, Sigid Kirana, Kunthi Yulianti, Rika Susanti, Erwin Kristanto, Akira Ishii
    • 学会等名
      International Association of Foresic Sciences 2014
    • 発表場所
      ソウル,大韓民国
    • 年月日
      2014-10-15 – 2014-10-17
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] Y-STR haplotype network analysis in Mongolian populations.2014

    • 著者名/発表者名
      Toshimichi Yamamoto, Yuuji Hiroshige, Hisae Ogawa, Tomoki Senda, Daiki Horiba, Masayoshi Sakuma, Yuuka Kawaguchi, Yuuichi Kano, Kei Zaitsu, Takashi Yoshimoto, Akira Ishii
    • 学会等名
      9th International Symposium on Advances in Legal Medicine
    • 発表場所
      福岡国際会議場(福岡県・福岡市)
    • 年月日
      2014-06-16 – 2014-06-20
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] Network analysis for Y-STRs among ethnic minority groups in South America2014

    • 著者名/発表者名
      Toshimichi Yamamoto, Hajime Araki, Masayoshi Sakuma, Yuuka Kawaguchi, Yuuichi Kano, Tomoki Senda, Daiki Horiba, Inaho Danjoh, Yukio Nakamura
    • 学会等名
      English Speaking Working Group-International Society of Forensic Genetics 2014
    • 発表場所
      アテネ,ギリシャ
    • 年月日
      2014-05-28 – 2014-05-30
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] Y-chromosome lineage in five regional Mongolian populations2013

    • 著者名/発表者名
      Toshimichi Yamamoto, Tomoki Sends, Daiki Horiba Masayoshi Sakuma, Yuuka Kawaguchi, Yuuichi Kano
    • 学会等名
      25th International Society of Forensic Genetics
    • 発表場所
      メルボルン,オーストラリア
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] “Midi-6”システムが有効であったパラフィンブロックからの親子鑑定例

    • 著者名/発表者名
      山本敏充,吉本高士,廣重優二,財津桂,石井晃
    • 学会等名
      第97次日本法医学会学術全国集会
    • 発表場所
      ロイトン札幌(札幌市)
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] Network analysis for Y-STRs haplotypes among ethnic minority groups in South America

    • 著者名/発表者名
      山本敏充,檀上稲穂,中村幸夫
    • 学会等名
      第67回日本人類学会大会
    • 発表場所
      国立科学博物館筑波研究施設(つくば市)
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] 5地域のモンゴル人におけるYハプログループ及びY-STRsハプロタイプ解析並びに日本人との比較

    • 著者名/発表者名
      山本敏充,廣重優二,小川久恵,吉本高士
    • 学会等名
      日本DNA多型学会第22回学術集会
    • 発表場所
      仙台市戦災復興記念館(仙台市)
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書

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公開日: 2014-07-25   更新日: 2019-07-29  

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