シークエンス解析による新規の肝炎・肝癌関連微生物の探索

• 研究課題/領域番号: 25670375
• 研究種目: 挑戦的萌芽研究
• 配分区分: 基金
• 研究分野: 消化器内科学
• 研究機関: 独立行政法人理化学研究所
• 研究代表者: 中川 英刀 独立行政法人理化学研究所, 統合生命医科学研究センター, チームリーダー (50361621)
• 連携研究者: 白石 友一 東京大学, 医科学研究所, 助教 (70516880) ; 藤本 明洋 独立行政法人理化学研究所, 統合生命医科学研究センター, 副チームリーダー (30525853) ; 古田 繭子 独立行政法人理化学研究所, 統合生命医科学研究センター, 特別研究員 (00647183)
• 研究期間 (年度): 2013-04-01 – 2015-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2014年度)
• 配分額: 3,770千円 (直接経費: 2,900千円、間接経費: 870千円); 2014年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円); 2013年度: 2,990千円 (直接経費: 2,300千円、間接経費: 690千円)
• キーワード: ゲノム / 肝がん / 病原体 / 肝炎 / シークエンス

研究成果の概要

240例の肝臓がんおよび肝炎組織のRNAシークエンス解析を行った。ヒトゲノム参照配列やヒトのRNA配列にアライメントされない配列についてde novo assemblingを行った。200塩基以上形成させた8300個のcontigに対して、NCBI　Nucleotide Collectionのデータベースにあてはめ、Psudomonasなどの細菌やHBV、HCVなどのウイルス由来のゲノム配列を複数同定し、PCRにて確認を行った。

研究成果

• [雑誌論文] Whole-genome mutational landscape of liver cancers displaying biliary phenotype reveals hepatitis impact and molecular diversity (2015)
  • 著者名/発表者名: Fujimoto A, Furuta M, Shiraishi Y, Shigemizu D, Abe T, Boroevich KA, Nakano K, Yamamoto Y, Tanaka H, Shibuya T, Shibata T, Kubo M, Chayama K, Miyano S, Tsunoda T, Nakagawa H, 他
  • 雑誌名: Nature Communications 巻: 6 号: 1 ページ: 6120-6120
  • DOI: 10.1038/ncomms7120
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Integrated analysis of whole genome and transcriptome sequencing reveals diverse transcriptomic aberrations driven by somatic genomic changes in liver cancers (2014)
  • 著者名/発表者名: Shiraishi Y, Fujimoto A, Furuta M, Chayama K, Tsunoda T, Miyano S, and Nakagawa H, 他
  • 雑誌名: PLoS One 巻: 9 号: 12 ページ: e114263-e114263
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0114263
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [学会発表] Rearrnagements and non-coding mutations detected in liver cancers by whole geneme sequencing (2015)
  • 著者名/発表者名: Hidewaki Nakagawa
  • 学会等名: 10th ICGC Scientific Workshop
  • 発表場所: Verona, Italy
  • 年月日: 2015-02-15 – 2015-02-17
  • 招待講演
• [学会発表] Whole genome sequencing analysis of liver cancer and personalized cancer medicine (2013)
  • 著者名/発表者名: Hidewaki Nakagawa
  • 学会等名: Genomic Research Asia
  • 発表場所: Singapore
  • 招待講演
• [学会発表] Whole genome sequencing analysis of liver cancer, forwarding to personalized medicine (2013)
  • 著者名/発表者名: Hidewaki Nakagawa
  • 学会等名: 0th Yonsei Cancer Research Annual International Symposium
  • 発表場所: Seoul, Korea
  • 招待講演
• [学会発表] Whole genome sequencing analysis of liver cancer, forwarding to personalized medicine (2013)
  • 著者名/発表者名: Hidewaki Nakagawa
  • 学会等名: BGI 8th International Conference on Genomics
  • 発表場所: Shenzen, China
  • 招待講演
• [学会発表] Whole genome signatures of liver cancer and personalized medicine (2013)
  • 著者名/発表者名: Hidewaki Nakagawa
  • 学会等名: 12th Roche Round Asia Oncology Forum
  • 発表場所: Seoul, Korea
  • 招待講演