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診断困難な感染症のための次世代シーケンサを用いた新規診断法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 25670468
研究種目

挑戦的萌芽研究

配分区分基金
研究分野 感染症内科学
研究機関宮崎大学

研究代表者

後藤 恭宏  宮崎大学, 医学部, 助教 (20558358)

連携研究者 林 哲也  九州大学, 大学院医学研究院, 教授 (10173014)
岡山 昭彦  宮崎大学, 医学部, 教授 (70204047)
研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2016-03-31
研究課題ステータス 完了 (2015年度)
配分額 *注記
3,770千円 (直接経費: 2,900千円、間接経費: 870千円)
2015年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2014年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2013年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
キーワードメタゲノム / 感染症 / 未培養 / 病原微生物 / 感染症診断 / 次世代シーケンサ / 細菌
研究成果の概要

感染症の診断および治療において、病原体の同定に要する時間は、適切な治療の開始時期の問題に直結し、患者予後に著しく影響する。そこで、分離培養を介さずに、直接、次世代シーケンサを用いて解析する網羅的な診断法の開発を目的とした。血液のような検体の場合、現在のDNA調整法では宿主由来DNAが大量に混入するため、目的とする病原体の配列情報を十分に取得できない。そこで、病原体の情報を効率良く取得するためのDNA精製の方法および同定の方法を開発した。

報告書

(4件)
  • 2015 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2014 実施状況報告書
  • 2013 実施状況報告書
  • 研究成果

    (8件)

すべて 2016 2015 2014

すべて 雑誌論文 (1件) (うち国際共著 1件、 査読あり 1件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (7件)

  • [雑誌論文] Genetic relatedness and virulence properties of enteropathogenic Escherichia coli strains of serotype O119:H6 expressing localized adherence or localized and aggregative adherence-like patterns on HeLa cells.2016

    • 著者名/発表者名
      Garcia BG, Ooka T, Gotoh Y, Vieira MA, Yamamoto D, Ogura Y, Girão DM, Sampaio SC, Melo AB, Irino K, Hayashi T, Gomes TA.
    • 雑誌名

      Int J Med Microbiol.

      巻: 27 号: 3 ページ: 152-164

    • DOI

      10.1016/j.ijmm.2016.02.008

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] 全ゲノム配列情報を用いた近縁菌株の迅速高精度系統解析手法の開発:病原菌感染経路推測への応用2016

    • 著者名/発表者名
      吉村大、後藤恭宏、小椋義俊、林哲也、伊藤武彦
    • 学会等名
      第89回日本細菌学会
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      2016-03-24
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] 次世代シークエンサを用いた菌株間 SNP 検出における問題点と検出プロトコルの構築2016

    • 著者名/発表者名
      吉村大、後藤恭宏、小椋義俊、林哲也、伊藤武彦
    • 学会等名
      第10回日本ゲノム微生物学会年会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2016-03-05
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] 高精度分子疫学解析による集団感染疑い事例の検討2015

    • 著者名/発表者名
      後藤恭宏、林哲也
    • 学会等名
      第88回日本細菌学会総会
    • 発表場所
      岐阜
    • 年月日
      2015-03-08
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] 動物とヒト由来のHelicobacter cinaediは系統が異なる2014

    • 著者名/発表者名
      熱田雄也、後藤恭宏、小椋義俊、谷口喬子、大岡唯祐、三澤尚明、林哲也
    • 学会等名
      第67回日本細菌学会九州支部総会
    • 発表場所
      鹿児島
    • 年月日
      2014-09-06
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] Whole genome sequencingにより実現した高精度分子疫学解析を用いたHelicobacter cinaedi院内感染事例の同定2014

    • 著者名/発表者名
      後藤恭宏
    • 学会等名
      第67回日本細菌学会九州支部総会
    • 発表場所
      鹿児島
    • 年月日
      2014-09-05
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] Whole genome sequencingを用いた分子疫学と、その臨床応用2014

    • 著者名/発表者名
      後藤恭宏、大岡唯祐、小椋義俊、林哲也、岡山昭彦、佐伯裕二、梅木一美、谷口喬子、三澤尚明
    • 学会等名
      第32回宮崎感染症研究会
    • 発表場所
      宮崎
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] Whole Genome Shotgunを用いた病原菌に関する疫学研究のための解析手法の開発2014

    • 著者名/発表者名
      吉村大、後藤恭宏、小椋義俊、林哲也、伊藤武彦
    • 学会等名
      第8回日本ゲノム微生物学会
    • 発表場所
      東京
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書

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公開日: 2014-07-25   更新日: 2019-07-29  

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