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ヒト腸内細菌叢代謝機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 25710016
研究種目

若手研究(A)

配分区分一部基金
研究分野 ゲノム生物学
研究機関東京工業大学

研究代表者

山田 拓司  東京工業大学, 生命理工学研究科, 講師 (10437262)

研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2016-03-31
研究課題ステータス 完了 (2015年度)
配分額 *注記
25,870千円 (直接経費: 19,900千円、間接経費: 5,970千円)
2015年度: 7,410千円 (直接経費: 5,700千円、間接経費: 1,710千円)
2014年度: 7,410千円 (直接経費: 5,700千円、間接経費: 1,710千円)
2013年度: 11,050千円 (直接経費: 8,500千円、間接経費: 2,550千円)
キーワードバイオインフォマティクス / メタゲノミクス / ヒト腸内細菌 / データベース / 腸内細菌 / メタゲノム / 代謝ネットワーク
研究成果の概要

腸内代謝経路データベースの基盤構築、及び代謝経路中における遺伝子未知の反応に対する遺伝子予測ツールを構築することができた。特に腸内代謝経路データベースは詳細な文献調査にもとづいて構築されており、これまで登録されている既知の反応情報と比較して、その2倍以上の反応経路を本研究によりデータ化している。また、各反応を担う遺伝子情報についても文献情報から抽出しており、非常に精度の高いデータベースとなっている。このデータを利用して、これまでに報告されている健常人のヒト腸内細菌メタゲノム配列情報をマッピングしたところ、新規登録反応に多くの多様性を確認することができた。

報告書

(4件)
  • 2015 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2014 実績報告書
  • 2013 実績報告書
  • 研究成果

    (11件)

すべて 2016 2015 2014 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (3件) (うち国際共著 2件、 査読あり 3件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (7件) (うち国際学会 2件、 招待講演 7件)

  • [国際共同研究] European Molecular Biology Laboratory(Germany)

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [雑誌論文] Identification of Enzyme Genes Using Chemical Structure Alignments of Substrate-Product Pairs.2016

    • 著者名/発表者名
      Moriya, Y., Yamada, T., Okuda, S., Nakagawa, Z., Kotera, M., Tokimatsu, T., Kanehisa, M. & Goto, S.
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Information and Modeling

      巻: 56 号: 3 ページ: 510-516

    • DOI

      10.1021/acs.jcim.5b00216

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] FuncTree: Functional Analysis and Visualization for Large-Scale Omics Data.2015

    • 著者名/発表者名
      Uchiyama T, Irie M, Mori H, Kurokawa K, Yamada T.
    • 雑誌名

      PLoS One.

      巻: 10 号: 5 ページ: e0126967-e0126967

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0126967

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] DomSign: a top-down annotation pipeline to enlarge enzyme space in the protein universe.2015

    • 著者名/発表者名
      Wang T, Mori H, Zhang C, Kurokawa K, Xing X, Yamada T
    • 雑誌名

      BMC Bioinformatics

      巻: 16 号: 1 ページ: 96-96

    • DOI

      10.1186/s12859-015-0499-y

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Metabolic pathway database for Human gut microbiome2015

    • 著者名/発表者名
      Takuji Yamada
    • 学会等名
      第67回日本生物工学会大会
    • 発表場所
      城山観光ホテル(鹿児島)
    • 年月日
      2015-10-26
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Fecal metagenomic analysis of colorectal cancer cohort2015

    • 著者名/発表者名
      Takuji Yamada
    • 学会等名
      第74回日本癌学会学術総会
    • 発表場所
      名古屋国際会議場
    • 年月日
      2015-10-08
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] ヒト腸内細菌代謝機能データベースの構築2015

    • 著者名/発表者名
      Takuji Yamada
    • 学会等名
      第15回日本抗加齢医学会総会
    • 発表場所
      福岡国際会議場
    • 年月日
      2015-05-29
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Metabolic pathway database for human microbiome2014

    • 著者名/発表者名
      山田拓司
    • 学会等名
      第5回アジアトピックカンファレンス
    • 発表場所
      神戸ポートピアホテル 神戸
    • 年月日
      2014-10-21
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Metabolic pathway database for human microbiome2014

    • 著者名/発表者名
      山田拓司
    • 学会等名
      1st international Symposium on Mucosal Immunity and Vaccine Development 2014
    • 発表場所
      The University of Tokyo 東京
    • 年月日
      2014-10-21
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ヒト腸内細菌叢代謝データベースの構築2014

    • 著者名/発表者名
      山田拓司
    • 学会等名
      第17回日本臨床腸内微生物学会
    • 発表場所
      東京慈恵会医科大学 東京
    • 年月日
      2014-10-04
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 腸内細菌代謝反応データベースの構築2014

    • 著者名/発表者名
      山田拓司
    • 学会等名
      第46回日本動脈硬化学会総会・学術集会
    • 発表場所
      京王プラザホテル 東京
    • 年月日
      2014-07-10
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演

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公開日: 2013-05-21   更新日: 2019-07-29  

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