Single cell transcriptome analysis

• 研究課題/領域番号: 25710018
• 研究種目: 若手研究(A)
• 配分区分: 一部基金
• 研究分野: ゲノム生物学
• 研究機関: 国立研究開発法人理化学研究所
• 研究代表者: PLESSY Charles 国立研究開発法人理化学研究所, ライフサイエンス技術基盤研究センター, ユニットリーダ ー (60391984)
• 研究期間 (年度): 2013-04-01 – 2016-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2015年度)
• 配分額: 25,220千円 (直接経費: 19,400千円、間接経費: 5,820千円); 2014年度: 13,000千円 (直接経費: 10,000千円、間接経費: 3,000千円); 2013年度: 12,220千円 (直接経費: 9,400千円、間接経費: 2,820千円)
• キーワード: 生物学 / ハイスループット / トランスクリプトーム / 単一細胞 / Transcriptome / CAGE / HPV / Human Papillomavirus / Single-cell / 幹細胞

研究成果の概要

mRNAの定量シーケンスにより、単一細胞において遺伝子の働きを研究する手法を開発した。
まず、DNA複製の前後において異なった蛍光色を持つ細胞を解析し、単一細胞の分裂周期の状態を推測することのできる働きを持つ遺伝子を同定した。そして、6000以上の単一細胞をマイクロウェルプレートに単離するためにフローサイトメーターを用い、Labcyteと呼ばれるナノリッターの溶液を分注できる装置を使い、各ウェルでの反応量を減らした。予備実験では遺伝子の働きの違いを測定し、手法の精密さを評価するために、複数の参照細胞株を比較した。
これらの結果は再生医療やがん研究に潜在的効果を持つ細胞分化研究の道を開くであろう。

研究成果

• [雑誌論文] Targeted reduction of highly abundant transcripts using pseudo-random primers. (2016)
  • 著者名/発表者名: Arnaud O, Kato S, Poulain S, Plessy C
  • 雑誌名: BioTechniques 巻: 60 号: 4 ページ: 169-174
  • DOI: 10.2144/000114400
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] nanoCAGE: a method for the analysis of coding and non-coding 5’-capped transcriptomes (2016)
  • 著者名/発表者名: Poulain S, Kato S, Arnaud O, Morlighem JE, Suzuki M, Harbers M
  • 雑誌名: Methods in Molecular Biology (Walker, J.M., ed.) 巻: in press
  • 国際共著 / 謝辞記載あり
• [学会発表] Single-molecule RNA sequencing in single cells. (2015)
  • 著者名/発表者名: Plessy C
  • 学会等名: 29th International Mammalian Genome Conference
  • 発表場所: Yokohama Port Opening Memorial Hall
  • 年月日: 2015-11-09
  • 国際学会
• [学会発表] Transcriptome analysis of FACS-sorted single cells with nanoCAGE (2015)
  • 著者名/発表者名: Poulain S
  • 学会等名: 29th International Mammalian Genome Conference
  • 発表場所: Yokohama Port Opening Memorial Hall
  • 年月日: 2015-11-08
  • 国際学会
• [学会発表] Targeted reduction of highly abundant transcript with pseudo-random primers (2015)
  • 著者名/発表者名: Arnaud O
  • 学会等名: 29th International Mammalian Genome Conference
  • 発表場所: Yokohama Port Opening Memorial Hall
  • 年月日: 2015-11-08
• [学会発表] C1 CAGE, single-molecule reconstruction, and pseudo-random primers for single-cell population transcriptomics (2015)
  • 著者名/発表者名: Plessy C
  • 学会等名: The 11th International Workshop on Advanced Genomics
  • 発表場所: Hitotsubashi Hall Tokyo Japan
  • 年月日: 2015-05-20
• [学会発表] Transcriptome analysis of FACS-sorted single cells with nanoCAGE (2015)
  • 著者名/発表者名: Poulain S
  • 学会等名: The 11th International Workshop on Advanced Genomics
  • 発表場所: Hitotsubashi Hall Tokyo Japan
  • 年月日: 2015-05-20
• [学会発表] Single-cell markers of the cell cycle (2014)
  • 著者名/発表者名: Charles Plessy
  • 学会等名: 2nd UK / Japan workshop on Epigenetics and Transcription.
  • 発表場所: London
  • 年月日: 2014-12-16
  • 招待講演