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神経系多階層モデリングのためのネットワークインフォストラクチャの開発

研究課題

研究課題/領域番号 25730180
研究種目

若手研究(B)

配分区分基金
研究分野 生命・健康・医療情報学
研究機関沖縄科学技術大学院大学

研究代表者

淺井 義之  沖縄科学技術大学院大学, 統合オープンシステムユニット, グループリーダー (00415639)

研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2015-03-31
研究課題ステータス 完了 (2014年度)
配分額 *注記
4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2014年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2013年度: 2,600千円 (直接経費: 2,000千円、間接経費: 600千円)
キーワード多階層モデリング / インフォストラクチャ / 計算神経科学 / データベース / システム生理学 / モデルシェアリング
研究成果の概要

多階層・多スケールの神経系大規模モデル構築をサポートすることを目的として,本研究では2年間の研究期間に,モデル・データのシェア,モデル構築,シミュレーション実行,ならびにシミュレーション結果の保存,共有とその後の議論といった,一連の研究サイクルを総合的にサポートするためのインフォストラクチャを構築した.データベースに付随機能を加えたオンライン・インフォパブリッシングシステムをhttp://physiome.jpにおいて公開した.また,神経系モデリングをサポートするためにNeuroMLで記載されたモデルを既存モデルに統合する機能をモデリングプラットフォームPhysioDesignerに追加した.

報告書

(3件)
  • 2014 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2013 実施状況報告書
  • 研究成果

    (35件)

すべて 2015 2014 2013 その他

すべて 雑誌論文 (5件) (うち査読あり 3件、 オープンアクセス 2件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (21件) (うち招待講演 3件) 図書 (1件) 備考 (7件) 産業財産権 (1件) (うち外国 1件)

  • [雑誌論文] Accelerating ODE-based Simulation of General and Heterogeneous Biophysical Models using a GPU2014

    • 著者名/発表者名
      Tomohiro Okuyama, Masao Okita, Takeshi Abe, Yoshiyuki Asai, Hiroaki Kitano, Taishin Nomura, and Kenichi Hagihara
    • 雑誌名

      IEEE Transactions on Parallel and Distributed Systems

      巻: 201(印刷中) 号: 8 ページ: 1966-1975

    • DOI

      10.1109/tpds.2013.198

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A Versatile Platform for Multilevel Modeling of Physiological Systems: SBML-PHML Hybrid Modeling and Simulation2014

    • 著者名/発表者名
      Asai Y, Abe T, Oka H, Okita M, Hagihara K, Ghosh S, Matsuoka Y, Kurachi Y, Nomura T, Kitano H
    • 雑誌名

      Advanced Biomedical Engineering

      巻: 3 号: 0 ページ: 50-58

    • DOI

      10.14326/abe.3.50

    • NAID

      130005001705

    • ISSN
      2187-5219
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] システムバイオロジー研究のためのソフトウェア・プラットフォームの動向2014

    • 著者名/発表者名
      浅井義之,安部武志,松岡由希子,Samik Ghosh,北野宏明
    • 雑誌名

      Drug Delivery System

      巻: 29 (5) ページ: 386-396

    • NAID

      130004874238

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [雑誌論文] Physiome.jpにおけるモデルデータベースとモデリング・シミュレーションプラットフォームとの連携 (ミニ特集 国内外バイオデータベースの現状と展望)2014

    • 著者名/発表者名
      浅井義之,野村泰伸 ,北野宏明
    • 雑誌名

      計測と制御

      巻: 53 (5) ページ: 426-431

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [雑誌論文] Modeling of rifampicin-induced CYP3A4 activation dynamics for the prediction of clinical drug-drug interactions from in vitro data2013

    • 著者名/発表者名
      Fumiyoshi Yamashita, Yukako Sasa, Shuya Yoshida, Akihiro Hisaka, Yoshiyuki Asai, Hiroaki Kitano, Mitsuru Hashida, Hiroshi Suzuki
    • 雑誌名

      PLoS One

      巻: 8(9) 号: 9 ページ: 1-11

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0070330

    • NAID

      120005343920

    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] [ランチョンセミナー] PhysioDesignerによる生理機能の多階層モデリング2015

    • 著者名/発表者名
      浅井義之
    • 学会等名
      第88回日本薬理学会年会
    • 発表場所
      愛知県名古屋市
    • 年月日
      2015-03-18 – 2015-03-20
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] A framework for simulation of neural network models driven by experimental spike timing data2014

    • 著者名/発表者名
      Yoshiyuki Asai, Hiroaki Kitano, Alessandro E.P. Villa
    • 学会等名
      The 11th International Neural Coding Workshop
    • 発表場所
      Versailles Cedex, France
    • 年月日
      2014-10-06 – 2014-10-10
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Development of multilevel neural network modeling integrating spike train data on PhysioDesigner2014

    • 著者名/発表者名
      Yoshiyuki Asai, Takeshi Abe, Li Li, Hideki Oka, Yoshihisa Kurachi, Hiroaki Kitano
    • 学会等名
      INCF Japan Node International Workshop: Advances in Neuroinformatics 2014
    • 発表場所
      Wako, Japan
    • 年月日
      2014-09-25
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Interoperability between multilevel modeling platform PhysioDesigner and databases in Physiome.jp and Dynamic Brain Platform through Garuda platform2014

    • 著者名/発表者名
      Yoshiyuki Asai, Ken Kuwae, Li Li, Hiroaki Kitano, Hiroaki Wagatsuma, Yoko Yamaguchi
    • 学会等名
      Neuroinformatics 2014
    • 発表場所
      Leiden, Netherlands
    • 年月日
      2014-08-25 – 2014-08-27
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] PhysioDesignerによる多階層生体機能モデリングサポート技術の進展2014

    • 著者名/発表者名
      浅井義之, 安部武志, 李俐, 岡秀樹, 倉智嘉久, 北野宏明
    • 学会等名
      第53回日本生体医工学会大会
    • 発表場所
      宮城県仙台市
    • 年月日
      2014-05-24 – 2014-05-26
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Physiome.jpのモデルデータベースならびにツール連携の開発2014

    • 著者名/発表者名
      浅井義之, 安部武志, 李俐, 岡秀樹, 野村泰伸, 北野宏明
    • 学会等名
      第53回日本生体医工学会大会
    • 発表場所
      宮城県仙台市
    • 年月日
      2014-05-24 – 2014-05-26
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] フィジオームを指向した階層的モデリング/シミュレーション基盤2014

    • 著者名/発表者名
      浅井義之,安部武志,北野宏明
    • 学会等名
      日本薬剤学会第29年会
    • 発表場所
      埼玉県大宮市
    • 年月日
      2014-05-20 – 2014-05-22
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Garuda Platform を介したDynamic Brain Platformとモデル開発・シミュレーション環境をつなぐ連携システム開発2014

    • 著者名/発表者名
      浅井義之, 桑江健, 北野宏明, 我妻広明, 山口陽子.
    • 学会等名
      ニューロコンピューティング研究会
    • 発表場所
      九州工業大学 (福岡)
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] 腎臓の生理機能モデリング2014

    • 著者名/発表者名
      浅井義之, 北野宏明.
    • 学会等名
      セミナー
    • 発表場所
      協和発酵キリン株式会社
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] PhysioDesigner の現状と今後2014

    • 著者名/発表者名
      浅井義之
    • 学会等名
      第八回多階層生体機能学領域全体会議
    • 発表場所
      京都大学薬学部 (京都)
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Image based realistic EEG/MEG simulation in PhysioDesigner2013

    • 著者名/発表者名
      Hideki Oka, Ken-ichiro Iwasaki, Yoshiyuki Asai, Taishin Nomura, Yoko Yamaguchi.
    • 学会等名
      Neuro2013
    • 発表場所
      Kyoto International Conference Center, Kyoto
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] Physiodesigner and Flint: Modeling and Simulation Tools for Multilevel Physiological Systems2013

    • 著者名/発表者名
      Yoshiyuki Asai
    • 学会等名
      The 2nd HD-Physiology International Symposium 2013
    • 発表場所
      Marunouchi Plaza Hall, Tokyo
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] Flint K3: Cloud-based simulation service powered by Flint (poster)2013

    • 著者名/発表者名
      Yoshiyuki Asai, Takeshi Abe, Masao Okita, Tomohiro Okuyama, Ken-ichi Hagihara, Yoshihisa Kurachi, Hiroaki Kitano.
    • 学会等名
      The 2nd HD-Physiology International Symposium 2013
    • 発表場所
      Marunouchi Plaza Hall, Tokyo
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] A versatile platform for multilevel modeling of physiological systems: Template/instance2013

    • 著者名/発表者名
      Yoshiyuki Asai, Takeshi Abe, Hideki Oka, Masao Okita, Tomohiro Okuyama, Ken-ichi Hagihara, Samik Ghosh, Yukiko Matsuoka, Yoshihisa Kurachi, Hrioaki Kitano.
    • 学会等名
      IEEE EMBC2013
    • 発表場所
      Osaka International Convention Center, Osaka
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] PhysioDesigner for Multilevel Neural System Modeling2013

    • 著者名/発表者名
      Yoshiyuki Asai, Hideki Oka, Li Li, Takeshi Abe, Yoshihisa Kurachi and Hiroaki Kitano.
    • 学会等名
      Neuroinformatics2013
    • 発表場所
      Karolinska Institutet, Sweden
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] PhysioDesigner and Flint with Garuda2013

    • 著者名/発表者名
      Takeshi Abe, Yoshiyuki Asai.
    • 学会等名
      Garuda workshop in ICSB2013
    • 発表場所
      Copenhagen, Denmark
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] Multilevel modeling using SBML and PHML on PhysioDesigner (poster)2013

    • 著者名/発表者名
      Yoshiyuki Asai, Takeshi Abe, Hideki Oka, Yukiko Matsuoka, Ghosh Samik, Yoshihisa Kurachi, Hiroaki Kitano.
    • 学会等名
      ICSB2013
    • 発表場所
      Copenhagen, Denmark
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] PhysioDesigner and Flint: a platform for multilevel modeling of physiological systems and simulation (poster)2013

    • 著者名/発表者名
      Asai, Yoshiyuki; Abe, Takeshi; Oka, Hideki; Okita, Masao; Okuyama, Tomohiro; Hagihara, Ken-ichi; Kurachi, Yoshihisa; Kitano, Hiroaki.
    • 学会等名
      ICCB2013
    • 発表場所
      Leuven, Belgium
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] A Versatile Platform for Multilevel Modeling of Physiological Systems: SBML-PHML Hybrid Modeling and Simulation (poster)2013

    • 著者名/発表者名
      Yoshiyuki Asai, Takeshi Abe, Hideki Oka, Masao Okita, Ken-ichi Hagihara, Samik Ghosh, Yukiko Matsuoka, Yoshihisa Kurachi, Taishin Nomura, Hiroaki Kitano.
    • 学会等名
      生体医工学シンポジウム2013
    • 発表場所
      九州工業大学 (福岡)
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] PhysioDesignerを用いた生理機能モデリング2013

    • 著者名/発表者名
      浅井義之, 北野宏明.
    • 学会等名
      セミナー
    • 発表場所
      田辺三菱製薬株式会社
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] PhysioDesignerを用いた生理機能モデリング2013

    • 著者名/発表者名
      浅井義之, 北野宏明.
    • 学会等名
      セミナー
    • 発表場所
      協和発酵キリン株式会社
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [図書] Toward an integrated software platform for systems pharmacology (Book title: Biopharmaceutics & Drug Disposition)2013

    • 著者名/発表者名
      Samik Ghosh; Yukiko Matsuoka; Yoshiyuki Asai; Kun-Yi Hsin; Hiroaki Kitano.
    • 出版者
      John Wiley & Sons, Ltd.
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [備考] Physiome.jp

    • URL

      http://physiome.jp

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [備考] PhysioDesigner

    • URL

      http://physiodesigner.org

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [備考] Flint K3

    • URL

      http://flintk3.org

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [備考] PH Database

    • URL

      https://phdb.unit.oist.jp/modeldb/

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [備考] Physiome.jp

    • URL

      http://physiome.jp/

    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [備考] PhysioDesigner

    • URL

      http://physiodesigner.org/

    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [備考] Flint K3

    • URL

      http://flintk3.org

    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [産業財産権] General-Purpose Simulation System Using Social Network Interface2013

    • 発明者名
      浅井義之 他5名
    • 権利者名
      OIST, SBI
    • 産業財産権種類
      特許
    • 出願年月日
      2013-07-11
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 外国

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公開日: 2014-07-25   更新日: 2019-07-29  

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