がんの新規原因遺伝子特定に向けた変異解析パイプラインの構築

• 研究課題/領域番号: 25830139
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 基金
• 研究分野: ゲノム医科学
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 上野 敏秀 東京大学, 医学(系)研究科(研究院), 助教 (40381446)
• 研究期間 (年度): 2013-04-01 – 2015-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2014年度)
• 配分額: 4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円); 2014年度: 2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円); 2013年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
• キーワード: バイオインフォマティクス / 次世代シークエンサー / 変異解析

研究成果の概要

がんにおけるゲノム変異を解明するため、次世代シークエンサーで得られたデータを解析するコンピュータパイプラインの構築を行った。全エクソン解析、RNAシークエンス解析、またそれらの結果を統合するプログラムを開発し、さまざまながん種の変異リスト作成することができた。実際、作成した解析結果から疾患の原因遺伝子変異を見つけている。例えば、白血病患者への治療として実施された造血幹細胞移植後に発症する、移植ドナー細胞由来白血病の発症のメカニズムの解明となる原因遺伝子変異の同定に成功した。

研究成果

• [雑誌論文] Recurrent CDC25C mutations drive malignant transformation in FPD/AML (2014)
  • 著者名/発表者名: Yoshimi A, Toya T, Kawazu M, Ueno T, Tsukamoto A, Iizuka H, Nakagawa M, Nannya Y, Arai S, Harada H, Usuki K, Hayashi Y, Ito E, Kirito K, Nakajima H, Ichikawa M, Mano H, Kurokawa M
  • 雑誌名: Nature communications 巻: 5 号: 1 ページ: 4770-4770
  • DOI: 10.1038/ncomms5770
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Cancer-associated missense mutations of caspase-8 activate nuclear factor-κB signaling (2013)
  • 著者名/発表者名: Ando M, Kawazu M, Ueno T, Fukumura K, Yamato A, Soda M, Yamashita Y, Choi YL, Yamasoba T, Mano H.
  • 雑誌名: Cancer Sci. 巻: 104(8) 号: 8 ページ: 1002-8
  • DOI: 10.1111/cas.12191
  • 査読あり
• [雑誌論文] STK10 missense mutations associated with anti-apoptotic function (2013)
  • 著者名/発表者名: Fukumura K, Yamashita Y, Kawazu M, Sai E, Fujiwara S, Nakamura N, Takeuchi K, Ando M, Miyazono K, Ueno T, Ozawa K, Mano H.
  • 雑誌名: Oncol Rep. 巻: 30(4) 号: 4 ページ: 1542-8
  • DOI: 10.3892/or.2013.2605
  • 査読あり