転写因子結合量から転写量を予測する物理化学的モデルの構築

• 研究課題/領域番号: 25830148
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 基金
• 研究分野: システムゲノム科学
• 研究機関: 国立研究開発法人理化学研究所
• 研究代表者: 二階堂 愛 国立研究開発法人理化学研究所, 情報基盤センター, ユニットリーダー (00383290)
• 研究期間 (年度): 2013-04-01 – 2016-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2015年度)
• 配分額: 4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円); 2015年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円); 2014年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円); 2013年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
• キーワード: バイオインフォマティクス

研究成果の概要

細胞は適切なmRNAが適切なタイミング、量で転写されることで、その細胞機能を発揮する。近年、網羅的な転写量と転写因子結合位置・量を定量的に計測できるようになってきた。しかし、転写量と転写因子結合量のデータ統合には、それらの単純な積集合を取る解析しか行われてこなかった。そこで転写量と結合量の統計的・物理化学的な関係をモデル化する手法を開発し、細胞機能を発揮する転写ネットワークを定量的に記述できるようにする。

研究成果

• [雑誌論文] Context-dependent wiring of Sox2 regulatory networks for self-renewal of embryonic and trophoblast stem cells (2013)
  • 著者名/発表者名: Adachi K, Nikaido I, Ohta H, Ohtsuka S, Ura H, Kadota M, Wakayama T, Ueda HR, Niwa H.
  • 雑誌名: Molecular Cell 巻: 52 号: 3 ページ: 380-392
  • DOI: 10.1016/j.molcel.2013.09.002
  • 査読あり / オープンアクセス
• [学会発表] BioDevOpsによる再現性のあるDNAシーケンス解析環境の構築 (2016)
  • 著者名/発表者名: 二階堂愛
  • 学会等名: NPO並列生物情報処理イニシアティブシンポジウム
  • 発表場所: 東京工業大学 (東京都)
  • 年月日: 2016-03-11
  • 招待講演
• [学会発表] 生命科学研究を加速するためのAIを計測と計算の融合から考える (2016)
  • 著者名/発表者名: 二階堂愛
  • 学会等名: 第2回 理研・産総研共同シンポジウム
  • 発表場所: 産業技術研究所 (茨城県・つくば市)
  • 年月日: 2016-02-02
  • 招待講演
• [学会発表] Estimation of transcriptional activity from ChIP-Seq and transcriptome (2015)
  • 著者名/発表者名: Itoshi Nikaido
  • 学会等名: Computational Science in Epigenetics
  • 発表場所: Kobe, Hyogo, Japan
  • 年月日: 2015-02-13 – 2015-02-14
  • 招待講演
• [図書] 二階堂愛 (2015)
  • 著者名/発表者名: Rによる発現ヒートマップの描画 次世代シークエンサーＤＲＹ解析教本
  • 総ページ数: 408
  • 出版者: 学研メディカル秀潤社
• [図書] 次世代シークエンス解析スタンダード〜NGSのポテンシャルを活かしきるWET&DRY (2014)
  • 著者名/発表者名: 二階堂愛
  • 総ページ数: 404
  • 出版者: 羊土社
• [図書] NGSによる転写制御ネットワークのモデリング. 実験医学 (2013)
  • 著者名/発表者名: 二階堂愛
  • 総ページ数: 4
  • 出版者: 羊土社
• [図書] 次世代シーケンサーのその先に -シーケンス技術の現在と未来を考える- 細胞工学 (2013)
  • 著者名/発表者名: 二階堂愛
  • 総ページ数: 2
  • 出版者: 学研メディカル秀潤社
• [備考] 理化学研究所情報基盤センター バイオインフォマティクス研究開発ユニット
  • URL: http://bit.riken.jp/
• [備考] 理化学研究所情報基盤センターバイオインフォマティクス研究開発ユニット
  • URL: http://bit.accc.riken.jp/
• [備考] Bioinformatics Research Unit
  • URL: http://bit.accc.riken.jp/
• [備考] 研究紹介: 理化学研究所情報基盤センター バイオインフォマティクス研究開発ユニット
  • URL: http://www.riken.jp/research/labs/accc/bioinf/
• [備考] Linking theory and experiment with bioinformatics
  • URL: http://www.riken.jp/en/research/rikenresearch/rikenpeople/7505/
• [備考] Sox2が幹細胞性を維持するメカニズム
  • URL: http://www.cdb.riken.jp/jp/04_news/articles/13/131107_sox2.html