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非平衡状態にある非モデル生物の集団史の推定

研究課題

研究課題/領域番号 25840129
研究種目

若手研究(B)

配分区分基金
研究分野 進化生物学
研究機関九州大学

研究代表者

手島 康介  九州大学, 理学研究院, 助教 (20447593)

研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2017-03-31
研究課題ステータス 完了 (2016年度)
配分額 *注記
3,250千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 750千円)
2015年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円)
2014年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2013年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
キーワード集団遺伝 / 集団構造 / ゲノム多様性 / シミュレーション / 集団分化 / 集団史 / 集団遺伝学 / 集団史推定 / 次世代シークエンサー
研究成果の概要

生物進化を理解する上で、その生物種がどのような集団の構造を経てきたのかを理解することは欠かせない。本研究ではゲノム多様性データを利用して、先行する知見の限られた非モデル生物が経てきた集団の歴史を推定する方法について研究し、実際のデータ解析を行った。特に集団の分化を測るためにも用いられている統計量の性質について整理した。現在広く使われている指標は複数のグループに分けることができることを明らかにした。ゲノムデータを用いた集団モデル構築についての研究を行い、ゲノム多様性データから集団モデルを選択する方法について検討した。さらには温帯樹木種のゲノムデータ解析を行って集団史の推定を行った。

報告書

(5件)
  • 2016 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2015 実施状況報告書
  • 2014 実施状況報告書
  • 2013 実施状況報告書
  • 研究成果

    (10件)

すべて 2016 2015 2014 2013

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件) 学会発表 (8件)

  • [雑誌論文] Closely related and sympatric but not all the same: genetic variation of Indo-West Pacific Rhizophora mangroves across the Malay Peninsula2015

    • 著者名/発表者名
      Wei Lun Ng, Yoshitaka Onishi, Nobuyuki Inomata, Kosuke M. Teshima, Hung Tuck Chan, Shigeyuki Baba, Suchitra Changtragoon, Iskandar Z. Siregar, Alfred E. Szmidt
    • 雑誌名

      Conservation Genetics

      巻: 16 号: 1 ページ: 137-150

    • DOI

      10.1007/s10592-014-0647-3

    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Inferences of evolutionary history of a widely distributed mangrove species, Bruguiera gymnorrhiza, in the Indo-West Pacific region.2013

    • 著者名/発表者名
      Urashi C, Teshima KM, Minobe S, Koizumi O, Inomata N
    • 雑誌名

      Ecol Evol

      巻: 3 号: 7 ページ: 2251-2261

    • DOI

      10.1002/ece3.624

    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 集団分化の程度を測る指標の研究2016

    • 著者名/発表者名
      河村瑳友、手島康介
    • 学会等名
      日本遺伝学会
    • 発表場所
      日本大学国際関係学部
    • 年月日
      2016-09-07
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 集団サイズの周期的変動による塩基配 列多型への影響2015

    • 著者名/発表者名
      中村遥奈、手島康介、舘田英典
    • 学会等名
      日本遺伝学会
    • 発表場所
      東北大学
    • 年月日
      2015-09-24
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
  • [学会発表] 集団分化の程度を測る指標の挙動パ ターンに関する研究2015

    • 著者名/発表者名
      ‌河村瑳友、手島康介
    • 学会等名
      日本遺伝学会
    • 発表場所
      東北大学
    • 年月日
      2015-09-24
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
  • [学会発表] クラスタリングと判別分析による集団 モデルの選択2014

    • 著者名/発表者名
      家入 雄樹、手島 康介、舘田 英 典
    • 学会等名
      日本遺伝学会
    • 発表場所
      長浜バイオ大学
    • 年月日
      2014-09-17 – 2014-09-19
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] アンプリコンシークエンス解析による針葉樹 ヌマスギの集団構造、及び分化の歴史の推定2014

    • 著者名/発表者名
      池崎 由佳、陶山 佳久、Middleton Beth A.、津村 義彦、手島 康介、 舘田 英典、楠見 淳子
    • 学会等名
      日本遺伝学会
    • 発表場所
      長浜バイオ大学
    • 年月日
      2014-09-17 – 2014-09-19
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] Population genetic analysis of Distylium racemosum, a climax tree species in Japanese evergreen broadleaf forests2014

    • 著者名/発表者名
      Kosuke M. Teshima, Eri Sato, Atsuya Kamei, Setsuko Suzuki, Kyoko Sugai, Atsushi Sakai, Nobuyuki Inomata, Shin-ichi Yamamoto, Hidenori Tachida
    • 学会等名
      SMBE Satellite Meeting / NIG International Symposium: The Causes of Genome Evolution
    • 発表場所
      東レ総合研修センター
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] 常緑広葉樹イスノキ(Distylium racemosum)及びシマイスノキ(D. lepidotum)の集団遺伝学的解析2013

    • 著者名/発表者名
      佐藤 衣里、亀井 敦哉、鈴木 節子、 須貝 杏子、酒井 敦、猪股 伸幸、 山本 進一、手島 康介、舘田 英典
    • 学会等名
      日本遺伝学会
    • 発表場所
      慶応大学
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] アンプリコンシークエンス解析による 塩基配列多型データに基づく針葉樹ヌ マスギの集団構造の推定2013

    • 著者名/発表者名
      池崎 由佳、陶山 佳久、 Beth A. Middleton、津村 義彦、 手島 康介、舘田 英典、楠見 淳子
    • 学会等名
      日本遺伝学会
    • 発表場所
      慶応大学
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書

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公開日: 2014-07-25   更新日: 2019-07-29  

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