強力なゲノムワイド遺伝子×遺伝子および遺伝子×環境相互作用解析法の開発

• 研究課題/領域番号: 25870074
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 基金
• 研究分野: 統計科学; 人類遺伝学
• 研究機関: 久留米大学 (2015); 東北大学 (2013-2014)
• 研究代表者: 植木 優夫 久留米大学, バイオ統計センター, 准教授 (10515860)
• 研究期間 (年度): 2013-04-01 – 2016-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2015年度)
• 配分額: 2,340千円 (直接経費: 1,800千円、間接経費: 540千円); 2015年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円); 2014年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円); 2013年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円)
• キーワード: 遺伝的相互作用解析 / ゲノムワイド関連解析 / 高次元回帰モデル / ゲノムワイド遺伝子×遺伝子相互作用

研究成果の概要

ゲノムワイド関連解析（GWAS)における一塩基多型（SNP)データに対し、遺伝子x遺伝子相互作用、あるいは遺伝子×環境相互作用解析のための統計手法は充分に整備されていない。本課題においては、相互作用の検定において、自由度を分割表の観察頻度に応じて適応的に変化させる強力な検定手法を開発した。さらに、遺伝的予測問題において、次世代シーケンシングデータのような大規模データであっても迅速に実行可能で、なおかつ高精度なスパースモデリング手法、smooth-threshold multivariate genetic prediction (STMGP)法を開発した。

研究成果

• [雑誌論文] Smooth-threshold multivariate genetic prediction with unbiased model selection (2016)
  • 著者名/発表者名: Ueki M, Tamiya G
  • 雑誌名: Genetic Epidemiology 巻: 40 号: 3 ページ: 233-243
  • DOI: 10.1002/gepi.21958
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Immunohistopathological analysis of frizzled-4-positive immature (2015)
  • 著者名/発表者名: Okamura K, Ohe R, Abe Y, Ueki M, Hozumi Y, Tamiya G, Matsunaga K,
  • 雑誌名: Journal of Dermatological Science 巻: 80 号: 2 ページ: 156-158
  • DOI: 10.1016/j.jdermsci.2015.07.015
  • 査読あり
• [雑誌論文] Sparse predictive modeling for bank telemarketing success using smooth-threshold estimating equations (2015)
  • 著者名/発表者名: Kawasaki Y, Ueki M
  • 雑誌名: Journal of the Japanese Society of Computational Statistics 巻: 28 ページ: 53-66
  • NAID: 130005434011
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Positive selection with diversity in oculocutaneous albinisms type 2 gene (OCA2) among Japanese. (2015)
  • 著者名/発表者名: Shimanuki M, Abe Y, Tamiya G, Ueki M, Hozumi Y, Suzuki T.
  • 雑誌名: Pigment Cell Melanoma Res 巻: 28 号: 2 ページ: 233-5
  • DOI: 10.1111/pcmr.12337
  • 査読あり
• [雑誌論文] On the choice of degrees of freedom for testing gene-gene interactions (2014)
  • 著者名/発表者名: Ueki, M.
  • 雑誌名: Statistics in Medicine 巻: 33 号: 28 ページ: 4934-4948
  • DOI: 10.1002/sim.6264
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] A mutation of COX6A1 causes a recessive axonal or mixed form of Charcot-Marie-Tooth disease. (2014)
  • 著者名/発表者名: Tamiya G, Makino S, Hayashi M, Abe A, Numakura C, Ueki M, Tanaka A, Ito C, Toshimori K, Ogawa N, Terashima T, Maegawa H, Yanagisawa D, Tooyama I, Tada M, Onodera O, Hayasaka K.
  • 雑誌名: Am J Hum Genet. 巻: 95 号: 3 ページ: 294-300
  • DOI: 10.1016/j.ajhg.2014.07.013
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Pleiotropic effect of common variants at ABO glycosyltranferase locus in 9q32 on plasma levels of pancreatic lipase and angiotensin converting enzyme (2014)
  • 著者名/発表者名: Yamagata University Genomic Cohort Consortium (YUGCC)
  • 雑誌名: PLOS ONE 巻: 9 号: 2 ページ: e55903-e55903
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0055903
  • 査読あり
• [雑誌論文] A pollen coat-inducible autoinhibited Ca^<2+>-ATPase expressed in stigmatic papilla cells is required for compatible pollination in the Brassicaceae (2014)
  • 著者名/発表者名: Iwano, M., Igarashi, M., Tarutani, Y., Kaothien-Nakayama, P., Nakayama, H., Moriyama, H., Yakabe, R., Entani, T., Shimosato-Asano, H., Ueki, M., Tamiya, G., and Takayama, S
  • 雑誌名: Plant Cell 巻: 26 (2) 号: 2 ページ: 636-649
  • DOI: 10.1105/tpc.113.121350
  • 査読あり
• [雑誌論文] Multiple choice from competing regression models under multicollinearity based on standardized update (2013)
  • 著者名/発表者名: Ueki, M.and Kawasaki, Y.
  • 雑誌名: Computational Statistics and Data Analysis 巻: 63 ページ: 31-41
  • DOI: 10.1016/j.csda.2013.01.019
  • 査読あり
• [雑誌論文] The confounding effect of cryptic relatedness for environmental risks of systolic blood pressure on cohort studies. (2013)
  • 著者名/発表者名: Shibata K, Hozawa A, Tamiya G, Ueki M, Nakamura T, et al.
  • 雑誌名: Mol Genet Genomic Med 巻: 1 号: 1 ページ: 45-53
  • DOI: 10.1002/mgg3.4
  • 査読あり
• [学会発表] 超高次元スパース回帰法によるゲノムデータ解析 (2016)
  • 著者名/発表者名: 植木優夫, 嶋村海人, 川野秀一, 小西貞則, 田宮元
  • 学会等名: 岡山大学IPSR × 九州大学IMI × 理研CSRS シンポジウム 生命データ科学による新たな社会的価値の創造 ～医療、農業、環境分野における役割と作物設計への応用
  • 発表場所: 理化学研究所 横浜キャンパス (神奈川)
  • 年月日: 2016-02-23
  • 招待講演
• [学会発表] ヒトゲノムデータから見た統計科学 (2016)
  • 著者名/発表者名: 植木優夫
  • 学会等名: 遺伝学と統計学における数理とモデリング
  • 発表場所: 政策研究大学院大学 (東京)
  • 年月日: 2016-01-25
  • 招待講演
• [学会発表] Multivariate smooth-threshold genetic prediction with unbiased model selection (2015)
  • 著者名/発表者名: Ueki M, Tamiya G
  • 学会等名: East Asia Regional Biometric Conference 2015
  • 発表場所: Conference Hall, Kyushu University Station-I for Collaborative Research (福岡)
  • 年月日: 2015-12-20
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Smooth-threshold multivariate genetic prediction with unbiased model selection (2015)
  • 著者名/発表者名: Ueki M, Tamiya G
  • 学会等名: 広島統計談話会
  • 発表場所: 放射線影響研究所 (広島)
  • 年月日: 2015-12-04
  • 招待講演
• [学会発表] 円滑閾値型推定方程式による遺伝的予測 (2015)
  • 著者名/発表者名: 植木優夫, 田宮元
  • 学会等名: 科研費シンポジウム: 生命科学データ解析の方法論と健康科学への応用
  • 発表場所: 東京大学 医科学研究所(東京)
  • 年月日: 2015-10-16
• [学会発表] Bayesian generalized fused lasso modeling via NEG distribution (2015)
  • 著者名/発表者名: 嶋村海人, 植木優夫, 小西貞則
  • 学会等名: 2015年度 統計関連学会連合大会
  • 発表場所: 岡山大学 津島キャンパス(岡山)
  • 年月日: 2015-09-06
• [学会発表] 円滑閾値型推定方程式による遺伝的予測 (2015)
  • 著者名/発表者名: 植木優夫, 田宮元
  • 学会等名: 2015年度 統計関連学会連合大会
  • 発表場所: 岡山大学 津島キャンパス(岡山)
  • 年月日: 2015-09-06
• [学会発表] ゲノムワイドな遺伝子x遺伝子間相互作用の探索 (2015)
  • 著者名/発表者名: 植木優夫
  • 学会等名: 科学研究費・基盤研究(A)「非対称・非線形統計理論と経済・生体科学への応用」 シンポジウム 「バイオ統計学の挑戦と貢献」
  • 発表場所: 九州大学医学部百年講堂（福岡県福岡市）
  • 年月日: 2015-02-02 – 2015-02-04
• [学会発表] Choosing multiple good regression models under multicollinearity (2014)
  • 著者名/発表者名: Ueki M, Kawasaki Y
  • 学会等名: CSA-KSS-JSS joint International Session
  • 発表場所: National Chiao Tung University (Taipei, Taiwan)
  • 年月日: 2014-12-06
  • 招待講演
• [学会発表] ゲノムワイド疾患関連解析における統計的諸問題 (2014)
  • 著者名/発表者名: 植木優夫
  • 学会等名: 第13回久留米大学バイオ統計学フォーラム
  • 発表場所: ＪＲ博多シティ（福岡県福岡市）
  • 年月日: 2014-09-26
  • 招待講演
• [学会発表] 遺伝子x遺伝子間相互作用検定の自由度について (2014)
  • 著者名/発表者名: 植木優夫
  • 学会等名: 2014年度統計関連学会連合大会
  • 発表場所: 東京大学本郷キャンパス（東京都）
  • 年月日: 2014-09-13 – 2014-09-16
• [学会発表] Ultrahigh-dimensional variable selection for genome-wide SNP-SNP interaction analysis (2014)
  • 著者名/発表者名: Ueki M, Tamiya G
  • 学会等名: The 3rd Institute of Mathematical Statistics Asia Pacific Rim Meeting
  • 発表場所: Howard International House (Taipei, Taiwan)
  • 年月日: 2014-06-29 – 2014-07-03
  • 招待講演
• [学会発表] Variable selection method for genome-wide SNP-SNP interaction analysis (2013)
  • 著者名/発表者名: Ueki M
  • 学会等名: 2nd International Symposium on Statistical Genetics (ISSG)
  • 発表場所: Korea, Seoul (Seoul National University)
  • 招待講演
• [学会発表] Variable selection method for whole-genome gene-gene interaction analysis (2013)
  • 著者名/発表者名: Ueki M, Tamiya G
  • 学会等名: Joint Meeting of the IASC Satellite Conference for the 59th ISI WSC and the 8th Conference of the Asian Regional Section(ARS) of the IASC
  • 発表場所: Korea, Seoul (Yonsei University)
  • 招待講演
• [学会発表] ゲノムワイドSNP-SNP相互作用解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 植木優夫
  • 学会等名: 2013年度統計関連学会連合大会
  • 発表場所: 豊中市（大阪大学）
  • 招待講演
• [図書] ゲノム医学のための遺伝統計学 (2015)
  • 著者名/発表者名: 田宮元、植木優夫、小森理
  • 総ページ数: 264
  • 出版者: 共立出版
• [備考] 東北大学プレスリリース
  • URL: http://www.tohoku.ac.jp/japanese/2016/04/press20160415-02.html