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腫瘍組織におけるゲノム不安定性に寄与する可動因子の同定

研究課題

研究課題/領域番号 25870298
研究種目

若手研究(B)

配分区分基金
研究分野 実験病理学
腫瘍生物学
研究機関浜松医科大学

研究代表者

華表 友暁  浜松医科大学, 医学部, 助教 (40416665)

研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2015-03-31
研究課題ステータス 完了 (2014年度)
配分額 *注記
4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
2014年度: 2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円)
2013年度: 2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円)
キーワードがん / ゲノム / 遺伝性疾患 / 内在性レトロウイルス / 高速DNAシーケンス / レトロトランスポゾン / 変異 / 腫瘍 / 次世代シーケンサー / 多型 / 次世代DNAシーケンサー / ヒト内在性レトロトランスポゾン / レトロトランスポジション / 挿入変異 / がんゲノム / システム病理
研究成果の概要

可動因子であるヒト内在性レトロウイルス(HERV)の挙動を調べることで腫瘍組織のゲノム不安定性を議論することは、その反復配列としての性質上技術的に困難であった。本研究では、HERVに隣接する領域をinverse PCR法で増幅させて高速DNAシーケンサーで解読することで、効率的にHERV部位を同定する手法を開発した。HML2グループのLTR領域を標的とした解析では、既知LTR領域の約50%を再現性高く同定することができた。また、腫瘍ゲノムにおいて新規LTR部位と推定される部位も複数同定することに成功し、これまで報告のなかった活性型HERVの存在と機能を解明する重要な手がかりを得ることができた。

報告書

(3件)
  • 2014 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2013 実施状況報告書
  • 研究成果

    (6件)

すべて 2014 2013 その他

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件) 学会発表 (5件)

  • [雑誌論文] Identification and association study with lung cancer for novel insertion polymorphisms of human endogenous retrovirus.2013

    • 著者名/発表者名
      Kahyo T, Sugimura H et al.
    • 雑誌名

      Carcinogenesis.

      巻: 34 号: 11 ページ: 2531-8

    • DOI

      10.1093/carcin/bgt253

    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 高速DNAシーケンス技術を用いた腫瘍組織におけるヒト内在性レトロウイルス配列の同定2014

    • 著者名/発表者名
      華表友暁
    • 学会等名
      第37回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2014-11-25
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Genome-wide investigation of insertional variations of human endogenous retrovirus2014

    • 著者名/発表者名
      華表友暁
    • 学会等名
      第73回日本癌学会学術総会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2014-09-26
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Analysis of novel insertion polymorphisms of human endogenous retrovirus in lung cancer patients2013

    • 著者名/発表者名
      Tomoaki Kahyo, Hong Tao, Kazuya Shinmura, Hiroki Mori, Kazuhito Funai, Nobuya Kurabe, Masaya Suzuki, Hiroshi Ogawa, Fumihiko Tanioka , Suminori Kono, Keitaro Matsuo, and Haruhiko Sugimura
    • 学会等名
      American Association for Cancer Research Annual Meeting 2013
    • 発表場所
      Washington Convention Center (USA)
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] NGS初心者が挑むヒト内在性レトロウイルス部位の同定2013

    • 著者名/発表者名
      華表友暁、足立 直樹、谷岡 書彦、椙村春彦
    • 学会等名
      NGS現場の会第三回研究会
    • 発表場所
      神戸国際会議場
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] 腫瘍性疾患におけるヒト内在性レトロウイルス配列の同定と解析

    • 著者名/発表者名
      華表友暁、椙村春彦
    • 学会等名
      「ゲノムを支える非コードDNA領域の機能」公開シンポジウム
    • 発表場所
      東京大学
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書

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公開日: 2014-07-25   更新日: 2019-07-29  

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