• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 前のページに戻る

Drug candidate discovery by development of a context-sensitive target network similarity metric

研究課題

研究課題/領域番号 25870336
研究種目

若手研究(B)

配分区分基金
研究分野 生命・健康・医療情報学
システムゲノム科学
研究機関京都大学

研究代表者

Brown John (BROWN John)  京都大学, 医学研究科, 講師 (90583188)

研究協力者 シュナイダー ギズバート  ETH Zurich
レカー ダニエル  Massachusetts Institute of Technology
研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2017-03-31
研究課題ステータス 完了 (2016年度)
配分額 *注記
4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2016年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2015年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2014年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2013年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
キーワードchemogenomics / comput. drug discovery / pattern recognition / life science informatics / ケモジェノミクス / 計算創薬 / 統計パターン認識 / 生命情報科学 / 化合物 / タンパク質 / 相互作用 / 遺伝子発言 / 個別化化学療法 / マイクロアレイ / トランスクリプトーム / 分子相互作用 / 臨床情報 / オミックス / ケモジェノミックス / バーチャルスクリーニング / 遺伝子発現 / 機械学習 / 分子ネットワーク / 国際研究者交流 ドイツ / 国際研究者交流 フランス
研究成果の概要

本研究では、計算創薬の予測技術研究を行った。多くの薬の原理は、化合物をタンパク質に結合させ、生体内の信号伝達を阻止することである。どの化合物とどのタンパク質が結合するかは複雑であるが、最近は計算で相互作用を予測することができ、薬の開発費用を抑えることが期待されてきた。
この研究では相互作用を予測する、新しい予測技術を開発した。新手法の特徴は、膨大なデータまたは複雑な人工知能(AI)を用いずに、正確な予測モデルを構築することができること。本研究では主流になってきたビッグデータ創薬を覆す手法であり、手法の再現性も証明できた。今後は、製薬会社と連携して実際の医薬品開発に適用する。

報告書

(5件)
  • 2016 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2015 実施状況報告書
  • 2014 実施状況報告書
  • 2013 実施状況報告書
  • 研究成果

    (33件)

すべて 2017 2016 2014 2013 その他

すべて 国際共同研究 (3件) 雑誌論文 (9件) (うち国際共著 2件、 査読あり 9件、 オープンアクセス 3件、 謝辞記載あり 4件) 学会発表 (17件) (うち国際学会 1件、 招待講演 11件) 備考 (4件)

  • [国際共同研究] スイス連邦工科大学チューリッヒ校(スイス)

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [国際共同研究] マサチューセッツ工科大学(米国)

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [国際共同研究] スイス連邦工科大学チューリッヒ校(スイス)

    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Active learning for computational chemogenomics.2017

    • 著者名/発表者名
      Reker D, Schneider P, Schneider G, Brown JB
    • 雑誌名

      Future Med Chem.

      巻: 9 号: 4 ページ: 381-402

    • DOI

      10.4155/fmc-2016-0197

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Prediction of taxane and platinum sensitivity in ovarian cancer based on gene expression profiles.2016

    • 著者名/発表者名
      Murakami R, Matsumura N, Brown JB, Wang Z, Yamaguchi K, Abiko K, Yoshioka Y, Hamanishi J, Baba T, Koshiyama M, Mandai M, Yamada R, Konishi I.
    • 雑誌名

      Gynecol Oncol.

      巻: 141 号: 1 ページ: 49-56

    • DOI

      10.1016/j.ygyno.2016.02.027

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Prediction of taxane and platinum sensitivity in ovarian cancer based on gene expression profiles2016

    • 著者名/発表者名
      R Murakami, N Matsumura, J.B. Brown, Z Wang, K Yamaguchi, K Abiko, Y Yoshioka, J Hamanishi, T Baba, M Koshiyama, M Mandai, R Yamada, I Konishi
    • 雑誌名

      Gynecologic Oncology

      巻: 141 ページ: 49-56

    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Computational chemogenomics - is it more than inductive transfer?2014

    • 著者名/発表者名
      J.B. Brown, Yasushi Okuno, Gilles Marcou, Alexandre Varnek, Dragos Horvath
    • 雑誌名

      Journal of Computer-Aided Molecular Design

      巻: 28 号: 6 ページ: 597-618

    • DOI

      10.1007/s10822-014-9743-1

    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Constructing a foundational platform driven by Japan's K supercomputer for next-generation drug discovery2014

    • 著者名/発表者名
      J.B. Brown*, Masahiko Nakatsui*, Yasushi Okuno
    • 雑誌名

      Molecular Informatics

      巻: 33 号: 11-12 ページ: 732-741

    • DOI

      10.1002/minf.201400067

    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Reliable preeclampsia pathways based on multiple independent microarray data sets2014

    • 著者名/発表者名
      Kaoru Kawasaki, Eiji Kondoh, Yoshitsugu Chigusa, Mari Ujita, Ryusuke Murakami, Haruta Mogami, J.B. Brown, Yasushi Okuno, Ikuo Konishi
    • 雑誌名

      Molecular Human Reproduction

      巻: 21 号: 2 ページ: 217-224

    • DOI

      10.1093/molehr/gau096

    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] An Evolutionary Optimizer of libsvm Models2014

    • 著者名/発表者名
      Dragos Horvath, J.B. Brown, Gilles Marcou, Alexandre Varnek
    • 雑誌名

      Challenges

      巻: 5 号: 2 ページ: 450-472

    • DOI

      10.3390/challe5020450

    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Computational chemogenomics - is it more than inductive transfer?2014

    • 著者名/発表者名
      J.B. Brown, Y. Okuno, G. Marcou, A. Varnek, D. Horvath
    • 雑誌名

      Journal of Computer-Aided Molecular Design

      巻: 28

    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Compound-protein interaction prediction within chemogenomics: theoretical concepts, practical usage, and future directions2013

    • 著者名/発表者名
      J.B. Brown, S. Niijima, Y. Okuno
    • 雑誌名

      Molecular Informatics

      巻: 32 号: 11-12 ページ: 906-906

    • DOI

      10.1002/minf.201300101

    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Active learning for computational chemogenomics2017

    • 著者名/発表者名
      J.B. Brown
    • 学会等名
      記者会見
    • 発表場所
      京都大学
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Visualization for computational chemogenomics2016

    • 著者名/発表者名
      J.B. Brown
    • 学会等名
      NII Shonan Meeting on Web Molecular Graphics
    • 発表場所
      湘南
    • 年月日
      2016-09-05
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Do you really need big data for drug discovery and repurposing? A critical investigation.2016

    • 著者名/発表者名
      J.B. Brown
    • 学会等名
      第15回駿河台シンポジウム/第7回難治疾患共同研究拠点シンポジウム
    • 発表場所
      東京医科歯科大学
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] An approach to finding a reduced set of key ligand-target pairs in chemogenomic datasets2016

    • 著者名/発表者名
      J.B. Brown
    • 学会等名
      京都大学医学研究科形態形成機構学研究室
    • 発表場所
      京都大学
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Computational chemogenomics: core concepts, applications, and critical aspects of model building2016

    • 著者名/発表者名
      J.B. Brown
    • 学会等名
      東京電気大学ケモインフォマティクスと構造解析の講義シリーズ
    • 発表場所
      東京電気大学
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Next-generation life-science informatics: the ongoing explosion of data2016

    • 著者名/発表者名
      J.B. Brown
    • 学会等名
      ビッグデータストレージ時代研究会(主催者:㈱ニューテック)
    • 発表場所
      東京
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Leveraging the power of the K computer for chemogenomics -- what have we done, and what do we need to do?2014

    • 著者名/発表者名
      J.B. Brown
    • 学会等名
      RIKEN Advanced Institute for Computational Science seminar series
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      2014-07-04
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Computational chemogenomics - is it more than inductive transfer?2014

    • 著者名/発表者名
      J.B. Brown, Y. Okuno, G. Marcou, A. Varnek, D. Horvath(*)
    • 学会等名
      Chemical Computing Group User Group Meeting and Conference 2014
    • 発表場所
      ストラスブール、フランス
    • 年月日
      2014-04-22 – 2014-04-25
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] Drug discovery and the need for new post-ligation downstream network analysis algorithms incorporating contextualization2013

    • 著者名/発表者名
      J.B. Brown
    • 学会等名
      KUBIC-NII Joint Seminar on Bioinformatics 2013
    • 発表場所
      京都
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] Polypharmacology, promiscuity, and perplexity2013

    • 著者名/発表者名
      J.B. Brown
    • 学会等名
      JCUP IV
    • 発表場所
      東京
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] In Silico Methods for Chemogenomic Predictions and Application to Analyses of Major Drug Target Families2013

    • 著者名/発表者名
      J.B. Brown, S. Niijima, Y. Okuno
    • 学会等名
      The 2nd HD Physiology International Symposium
    • 発表場所
      東京
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] Reductionism and Chemogenomics: Conflicting or Complementary2013

    • 著者名/発表者名
      J.B. Brown
    • 学会等名
      Strasbourg University Dept. of Chemoinformatics
    • 発表場所
      ストラスブール大学、フランス
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Next-generation life science informaticians2013

    • 著者名/発表者名
      J.B. Brown
    • 学会等名
      University of Bonn Life Science Informatics Retreat 2013
    • 発表場所
      ボン大学、ドイツ
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Chemogenomics: theory, translational benefits, and challenges2013

    • 著者名/発表者名
      J.B. Brown
    • 学会等名
      University of Bonn Life Science Informatics Retreat 2013
    • 発表場所
      ボン大学、ドイツ
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Resisting the black box: more than just SVMs for data analysis2013

    • 著者名/発表者名
      J.B. Brown
    • 学会等名
      University of Bonn Life Science Informatics Retreat 2013
    • 発表場所
      ボン大学、ドイツ
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 生命ネットワーク分子科学の中心となっている化合物の研究進展と化学情報学の重要性2013

    • 著者名/発表者名
      J.B. Brown
    • 学会等名
      日本化学会情報化学部会第一回若手の会
    • 発表場所
      東京
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] Systems Chemical Biology via Computational Compound-Protein Interaction Prediction: Core Ideas, Translational Validity, and Important Perspectives2013

    • 著者名/発表者名
      J.B. Brown
    • 学会等名
      Autumn Schoo of Chemoinformatics in Nara
    • 発表場所
      奈良
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [備考] J.B. Brown: 研究業績

    • URL

      http://statlsi.med.kyoto-u.ac.jp/~jbbrown/publications

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [備考] GPCR / Kinaseリガンドのクロスファミリースクリーニング結果

    • URL

      http://pharminfo.pharm.kyoto-u.ac.jp/services/cross-family/

    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [備考] Molecular Human Reproduction 21:217 論文追加データ公開サイト

    • URL

      http://pharminfo.pharm.kyoto-u.ac.jp/~jbbrown/other/mhr-2014-suppData/

    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [備考] Cross-family相互作用予測結果

    • URL

      http://pharminfo.pharm.kyoto-u.ac.jp/services/cross-family

    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書

URL: 

公開日: 2014-07-25   更新日: 2019-07-29  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi