LC-QqQ/MSを用いたメタボロミクス研究に資するデータ解析システムの開発

• 研究課題/領域番号: 25871136
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 基金
• 研究分野: 生命・健康・医療情報学; 生物分子化学
• 研究機関: 独立行政法人理化学研究所
• 研究代表者: 津川 裕司 独立行政法人理化学研究所, 環境資源科学研究センター, 特別研究員 (30647235)
• 研究期間 (年度): 2013-04-01 – 2015-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2014年度)
• 配分額: 3,510千円 (直接経費: 2,700千円、間接経費: 810千円); 2014年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円); 2013年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
• キーワード: メタボロミクス / データ処理 / 化合物同定 / 質量分析 / LC/QqQ/MS / ワイドターゲット解析 / データ解析 / バイオインフォマティクス / 液体クロマトグラフィー

研究成果の概要

当該研究では，液体クロマトグラフィー三連四重極型質量分析を用いた「ワイドターゲットメタボロミクス」のためのデータ解析基盤を構築した．三連四重極型質量分析装置はMultiple Reaction Monitoring法を用いることにより，高い選択性を持った代謝物の高感度分析が可能である．しかしながら，粗抽出物を分析する際得られる複雑なクロマトグラムから客観的に目的化合物を判定する基準ならびに大規模検体分析に特化したソフトウェア最適化は行われていなかった．そこで同定の信頼性を担保し，かつ本来の目的である定量メタボロミクスを円滑に実行するためのソフトウェアMRMPROBSを開発した．

研究成果

• [雑誌論文] MRM-DIFF: Data Processing Strategy for Differential Analysis in Large Scale MRM-based Lipidomics Studies. (2015)
  • 著者名/発表者名: Tsugawa H, Ohta E, Izumi Y, Ogiwara A, Yukihira D, Bamba T, Fukusaki E, Arita M.
  • 雑誌名: Frontiers in Genetics. 巻: 5 ページ: 471-471
  • DOI: 10.3389/fgene.2014.00471
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] MRMPROBS suite for metabolomics using large-scale MRM assays (2014)
  • 著者名/発表者名: Hiroshi Tsugawa, Mitsuhiro Kanazawa, Atsushi Ogiwara, Masanori Arita
  • 雑誌名: Bioinformatics 巻: 30 号: 16 ページ: 2379-2380
  • DOI: 10.1093/bioinformatics/btu203
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Highly sensitive and selective analysis of widely targeted metabolomics using gas chromatography/triple-quadrupole mass spectrometry (2014)
  • 著者名/発表者名: Hiroshi Tsugawa, Yuki Tsujimoto, Kuniyo Sugitate, Norihiro Sakui, Shin Nishiumi, Takeshi Bamba, Eiichiro Fukusaki
  • 雑誌名: Journal of bioscience and bioengineering 巻: 117 ページ: 122-128
  • NAID: 110009766615
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Highly sensitive and selective analysis of widely targeted metabolomics using gas chromatography/triple-quadrupole mass spectrometry (2014)
  • 著者名/発表者名: Hiroshi Tsugawa, Yuki Tsujimoto, Kuniyo Sugitate, Norihiro Sakui, Shin Nishiumi, Takeshi Bamba, Eiichiro Fukusaki
  • 雑誌名: Journal of Bioscience and Bioengineering 巻: 117 号: 1 ページ: 122-128
  • DOI: 10.1016/j.jbiosc.2013.06.009
  • NAID: 110009766615
  • 査読あり
• [雑誌論文] Different-batch metabolome analysis of Saccharomyces cerevisiae based on gas chromatography/mass spectrometry (2014)
  • 著者名/発表者名: Naoki Kawase, Hiroshi Tsugawa, Takeshi Bamba, Eiichiro Fukusaki
  • 雑誌名: Journal of Bioscience and Bioengineering 巻: 117 号: 2 ページ: 248-255
  • DOI: 10.1016/j.jbiosc.2013.07.008
  • NAID: 110009804081
  • 査読あり
• [雑誌論文] Data Assessment and Metabolite Identification Tool for Large-scale MRM-based Widely Targeted Metabolomics (2013)
  • 著者名/発表者名: Tsugawa, H., Arita, M., Kanazawa, M., Ogiwara, A., Bamba, T., Fukusaki, E
  • 雑誌名: Anal. Chem 巻: 85(10) 号: 10 ページ: 5191-5199
  • DOI: 10.1021/ac400515s
  • 査読あり
• [雑誌論文] Method for assessing the statistical significance of mass spectral similarities using basic local alignment search tool statistics (2013)
  • 著者名/発表者名: 松田史生、福崎英一郎
  • 雑誌名: Analytical Chemistry 巻: 85 号: 17 ページ: 8291-8217
  • DOI: 10.1021/ac401564v
  • 査読あり
• [学会発表] MRMPROBS: Data Assessment and Metabolite Identification Tool for Large-scale MRM-based Widely Targeted Metabolomics (2013)
  • 著者名/発表者名: Hiroshi Tsugawa
  • 学会等名: American Society for Mass Spectrometry Annual Conference
  • 発表場所: ミネアポリス，USA
• [学会発表] MRMPROBS: Multiple reaction monitoringを用いた 定量メタボロミクス研究に資するピーク評価方法ならびにデータ解析ソフトウェアの開発 (2013)
  • 著者名/発表者名: 津川裕司
  • 学会等名: 第８回メタボロームシンポジウム
  • 発表場所: 九州大学, 福岡市東区馬出３丁目１番１号
• [学会発表] MRMPROBS：Multiple reaction monitoringを用いたワイドターゲットメタボローム解析のための ピーク評価法ならびにデータ解析ソフトウェアの開発 (2013)
  • 著者名/発表者名: 津川裕司
  • 学会等名: 第61回質量分析討論会
  • 発表場所: つくば国際会議場, 茨城県つくば市竹園２丁目２０－３
• [備考] RIKEN PRIMe
  • URL: http://prime.psc.riken.jp/Metabolomics_Software/
• [備考] PRIMe
  • URL: http://prime.psc.riken.jp/Metabolomics_Software/