哺乳類29種の内在性ウイルス配列の比較ゲノム進化解析

• 研究課題/領域番号: 25891023
• 研究種目: 研究活動スタート支援
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 進化生物学
• 研究機関: 東海大学
• 研究代表者: 中川 草 東海大学, 医学部, 助教 (70510014)
• 研究期間 (年度): 2013-08-30 – 2015-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2014年度)
• 配分額: 2,340千円 (直接経費: 1,800千円、間接経費: 540千円); 2014年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円); 2013年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
• キーワード: 比較ゲノム / 内在性レトロウイルス / レトロトランスポゾン / ジャンクDNA / 分子進化 / バイオインフォマティクス / ゲノム進化 / データベース / 内在性ウイルス / ゲノムアノテーション / 胎盤

研究成果の概要

哺乳類19種の20ゲノム配列を対象に、網羅的に内在性ウイルス（endogenous viral element, EVE）を探索した。その結果736,765配列のERV/EVEを発見し、それぞれについてゲノムでのローカス、塩基・アミノ酸配列、機能モチーフ、最も近い内在性・外来性ウイルス配列などを同定した。それらの情報をまとめてデータベースとして公開した（gEVE, http://geve.med.u-tokai.ac.jp）。

研究成果

• [雑誌論文] Multiple invasions of an infectious retrovirus in cat genomes (2015)
  • 著者名/発表者名: Shimode S, Nakagawa S, Miyazawa T
  • 雑誌名: Scientific Reports 巻: 5 号: 1 ページ: 8164-8164
  • DOI: 10.1038/srep08164
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Simian Retrovirus 4 Induces Lethal Acute Thrombocytopenia in Japanese Macaques. (2015)
  • 著者名/発表者名: Yoshikawa Y, Okamoto M, Sakaguchi S, Nakagawa S, Miura T, Hirai H, Miyazawa T.
  • 雑誌名: Journal of Virology 巻: 89 号: 7 ページ: 3965-3975
  • DOI: 10.1128/jvi.03611-14
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Construction of an infectious clone of simian foamy virus of Japanese macaque (SFVjm) and phylogenetic analyses of SFVjm isolates (2014)
  • 著者名/発表者名: Yoshikawa R, Nakagawa S, Okamoto M, Miyazawa T.
  • 雑誌名: Gene 巻: 548 号: 1 ページ: 149-154
  • DOI: 10.1016/j.gene.2014.07.025
  • 査読あり
• [雑誌論文] Heterogeneity of koala retrovirus isolates. (2014)
  • 著者名/発表者名: Shimode S, Nakagawa S, Yoshikawa R, Shojima T, Miyazawa T.
  • 雑誌名: FEBS Letters 巻: 588 号: 1 ページ: 41-46
  • DOI: 10.1016/j.febslet.2013.10.046
  • 査読あり
• [学会発表] 哺乳類のゲノムに内在化するウイルス由来の配列の比較解析 (2014)
  • 著者名/発表者名: 中川草
  • 学会等名: 日本分子生物学会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2014-11-25 – 2014-11-27
• [学会発表] RNA-seq analysis of endogenous retroviral elements in bovine conceptuses during the period of placentation (2014)
  • 著者名/発表者名: NAKAGAWA, So
  • 学会等名: The American Society of Human Genetics
  • 発表場所: San Diego, USA
  • 年月日: 2014-10-17 – 2014-10-22
• [学会発表] 次世代シーケンサを用いたウシ胎盤形成に関与する内在性ウイルス由来の遺伝子の分子進化解析 (2014)
  • 著者名/発表者名: 中川草
  • 学会等名: 第３回生命医薬情報学連合大会
  • 発表場所: 仙台
  • 年月日: 2014-10-02 – 2014-10-04
• [学会発表] ゲノムに内在化したウイルス由来の配列の比較ゲノム解析 (2014)
  • 著者名/発表者名: 中川草
  • 学会等名: 日本遺伝学会
  • 発表場所: 長浜
  • 年月日: 2014-09-17 – 2014-09-19
• [学会発表] 哺乳類のゲノムに内在化したウイルス由来の配列データベース (2014)
  • 著者名/発表者名: 中川草
  • 学会等名: 日本進化学会
  • 発表場所: 高槻
  • 年月日: 2014-08-21 – 2014-08-24
• [学会発表] TRANSCRIPTOME ANALYSIS OF ERV-DERIVED GENES IN BOVINE CONCEPTUSES DURING THE PERIOD OF PLACENTATION (2014)
  • 著者名/発表者名: NAKAGAWA, So
  • 学会等名: Workshop on Endogenous Retroviruses
  • 発表場所: West Virginia, USA
  • 年月日: 2014-08-07 – 2014-08-10
• [学会発表] 内在性ウイルスのデータベース作成に向けて (2014)
  • 著者名/発表者名: 中川草
  • 学会等名: 日本レトロウイルス研究会夏期セミナー
  • 発表場所: 熱海
  • 年月日: 2014-07-03 – 2014-07-05
• [備考] Biomedical Informatics Laboratory
  • URL: http://bmi.med.u-tokai.ac.jp
• [備考] 東海大学マイクロ・ナノ研究開発センター
  • URL: http://www.mnc.u-tokai.ac.jp
• [備考] So Nakagawa Website
  • URL: https://sites.google.com/site/sonakagawa/