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微生物細胞集団における不均一性メカニズムのゲノムワイド解析手法の確立

研究課題

研究課題/領域番号 25892034
研究種目

研究活動スタート支援

配分区分補助金
研究分野 応用微生物学
研究機関独立行政法人産業技術総合研究所

研究代表者

宮崎 亮  独立行政法人産業技術総合研究所, その他部局等, 研究員 (80712489)

研究期間 (年度) 2013-08-30 – 2015-03-31
研究課題ステータス 採択後辞退 (2014年度)
配分額 *注記
2,730千円 (直接経費: 2,100千円、間接経費: 630千円)
2014年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2013年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
キーワード遺伝子発現 / 一細胞解析 / 国際情報交換 / スイス
研究概要

細菌は、均一なゲノムを持ったクローン細胞集団であっても、個々の細胞レベルの生理状態は完全に均一ではなく、mRNAやタンパク質の“ばらつき”に依存して、特異的な機能や個性的な挙動を示す。本研究は、従来の微生物学において見過ごされてきたこのような「クローン細胞集団における一細胞レベルの不均一性」をゲノムワイドに解析する独自の手法を構築するとともに、その生物学的意義を明らかにしようとするものである。
今年度は、細菌一細胞の動態を高精度に検出するための顕微鏡システムと解析ステーションを立ち上げ、実験的な条件検討を進めた。本システムは細菌の一細胞レベルでの遺伝子発現・挙動解析をリアルタイムで計測することが可能である。また、これら高精度な一細胞ライブイメージングに適した解析用レポーター株を構築し、一細胞レベルの遺伝子発現や細胞活性を正確にトラッキングできるようシステムの最適化を行った。このような不均一な表現系を生み出す分子メカニズムの解明に向けて、外部研究機関との共同研究を立ち上げ、少数細胞をゲノムワイドに解析する手法の構築を進めている。また、本研究で用いる細菌株のゲノムを解読し、今後のゲノム解析に向けた基盤を整えた。
本研究で構築するゲノムワイド解析手法の完成に先駆け、複数の外部研究機関との共同研究によって、生物進化における「一細胞レベルの不均一性」が有する重要性を追求する新しいプロジェクトも立ち上げた。

現在までの達成度 (区分)
理由

翌年度、交付申請を辞退するため、記入しない。

今後の研究の推進方策

翌年度、交付申請を辞退するため、記入しない。

報告書

(1件)
  • 2013 実績報告書
  • 研究成果

    (5件)

すべて 2014 2013

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 4件) 学会発表 (1件) (うち招待講演 1件)

  • [雑誌論文] クローン細胞集団における遺伝子発現の不均一性とその生物学的意義2013

    • 著者名/発表者名
      宮崎亮
    • 雑誌名

      化学と生物

      巻: 51 ページ: 548-553

    • NAID

      10031190492

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A new large-DNA-fragment delivery system based on integrase activity from an integrative and conjugative element2013

    • 著者名/発表者名
      Ryo Miyazaki and Jan Roelof van der Meer
    • 雑誌名

      Applied and Environmental Microbiology

      巻: 79 号: 14 ページ: 4440-4447

    • DOI

      10.1128/aem.00711-13

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Community-wide plasmid gene mobilization and selection2013

    • 著者名/発表者名
      Vladimir Sentchilo, Antonia P Mayer, Lionel Guy, Ryo Miyazaki, Susannah Green Tringe, Kerrie Barry, Stephanie Malfatti, Alexander Goessmann, Marc Robinson-Rechavi and Jan R van der Meer
    • 雑誌名

      ISME Journal

      巻: 7 号: 6 ページ: 1173-1186

    • DOI

      10.1038/ismej.2013.13

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Inhibitory effect of Pseudomonas putida nitrogen-related phosphotransferase system on conjugative transfer of IncP-9 plasmid from Escherichia coli2013

    • 著者名/発表者名
      Inoue K, Miyazaki R, Ohtsubo Y, Nagata Y, Tsuda M
    • 雑誌名

      FEMS microbiology letters

      巻: 345 号: 2 ページ: 102-109

    • DOI

      10.1111/1574-6968.12188

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Like a complete unknown:一細胞解析で見える新しい生命現象2014

    • 著者名/発表者名
      宮崎亮
    • 学会等名
      日本農芸化学会2014大会
    • 発表場所
      明治大学 (東京)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演

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公開日: 2013-09-12   更新日: 2019-07-29  

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