堆積物の古代DNA解析で解き明かす過去の微生物生態系

• 研究課題/領域番号: 25K02349
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 基金
• 応募区分: 一般
• 審査区分: 小区分45040:生態学および環境学関連
• 研究機関: 国立遺伝学研究所
• 研究代表者: 森 宙史 国立遺伝学研究所, 情報研究系, 准教授 (40610837)
• 研究分担者: 瀬川 高弘 山梨大学, 大学院総合研究部, 講師 (90425835)
• 研究期間 (年度): 2025-04-01 – 2028-03-31
• 研究課題ステータス: 交付 (2025年度)
• 配分額: 18,330千円 (直接経費: 14,100千円、間接経費: 4,230千円); 2027年度: 5,590千円 (直接経費: 4,300千円、間接経費: 1,290千円); 2026年度: 6,500千円 (直接経費: 5,000千円、間接経費: 1,500千円); 2025年度: 6,240千円 (直接経費: 4,800千円、間接経費: 1,440千円)
• キーワード: Ancient DNA / 堆積物 / メタゲノム / バイオインフォマティクス

研究開始時の研究の概要

古代の環境や生態系の推定は手がかりになる情報が少なく、各地域の数千から数万年レベルでの環境変動や生態系の変遷の歴史は多くが不明なままである。微生物は環境に依存して生息しており、環境が変わると微生物の系統組成も変わる。つまり、微生物の組成がわかれば環境の種類や温度等の環境パラメータを推定可能である。本研究では湖底や洞窟堆積物に対して古代DNA解析を行い、当時の微生物群集の組成を復元し環境を推定するソフトウェアを開発する。本手法を様々な湖底堆積物や洞窟堆積物等に適用し、過去から現在までの生態系の変遷を記述し予測手法を改良することで、環境変動によって生態系がどう変遷するかを予測可能にする。