薬効発揮に重要な長時間ダイナミクスを抽出・解析する分子シミュレーション手法の開発

• 研究課題/領域番号: 25K03214
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 基金
• 応募区分: 一般
• 審査区分: 小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
• 研究機関: 筑波大学
• 研究代表者: 原田 隆平 筑波大学, 計算科学研究センター, 准教授 (60612174)
• 研究期間 (年度): 2025-04-01 – 2029-03-31
• 研究課題ステータス: 交付 (2025年度)
• 配分額: 18,720千円 (直接経費: 14,400千円、間接経費: 4,320千円); 2028年度: 3,120千円 (直接経費: 2,400千円、間接経費: 720千円); 2027年度: 5,200千円 (直接経費: 4,000千円、間接経費: 1,200千円); 2026年度: 5,200千円 (直接経費: 4,000千円、間接経費: 1,200千円); 2025年度: 5,200千円 (直接経費: 4,000千円、間接経費: 1,200千円)
• キーワード: インシリコ創薬 / 分子シミュレーション

研究開始時の研究の概要

薬剤の作用機序を解明するため, 薬効発揮に重要な長時間ダイナミクスとして「生体膜の透過 → 標的分子との結合 → 活性サイトでの反応 → 標的分子からの解離」を抽出・解析できる計算手法を開発する. 具体的には, 代表者が独自に開発した計算手法 (PaCS-MD/OFLOOD)を拡張することで実現する. 長時間ダイナミクス抽出後の解析として, 作用機構を記述する自由エネルギーに加え, 膜透過係数・結合定数・解離定数・反応エネルギーを見積り, 実験値と定量的に比較できるレベルに到達することを目指す. 最終的に, 開発手法を計算プログラムとして公開し, インシリコ創薬を加速する.